在KM的故事结束十五六年后，邪神一族的阴影再次在世界上掀起了风波。出身于初代决斗王·武藤游戏所在的童实野町的少年高桥俊也通过朋友的渠道购得了一套限量发行的卡组“K”，却因此而惹来了连串麻烦。想从俊也手中夺取这副珍稀卡组的决斗好手接踵而至，?..因“K”之卡组而引起的风波平息后，新一届的海马杯决斗大赛（简称KC大赛）终于在俊也等人的暑假中迎来了开幕式。作为怪兽决斗的热衷者，俊也和神原等人理所当然的也参加了大赛。但是，在这场大赛的幕后，却有着错综复杂的事情不断发生：