第二平行宇宙的战事告一段落，时空战舰的虫洞封锁消除，五大势力心照不宣的回到属于自己的统治范围。
经过第二平行宇宙的一系列变故，整个平行宇宙的战争瞬息销声匿迹，包括冥界雪宫在内，所有掌权者都在彻查自己的内部。
时空战舰在第十一平行宇宙自爆，重演了异世界发生的那一幕，神族联盟在搜查无果后只能放弃，索恩就如同蒸发一般，没有人知道他的下落。
而此时历经独眼巨人摧残的青龙族主城，也在缓慢的重建中，诸族在斩杀独眼巨人的战斗中将这座古城摧毁大半，历经磨难的青龙族白龙族众人在如此这般情况下也终于撇去前嫌，两族之间的裂痕得以消除。
玄武飞船停靠在被破坏掉的青龙大殿残骸上，苗条俊一行人走下飞船，看着毁于一旦的青龙城，心情异常复杂。
战争带给人们的，往往都只是伤痕，没有人希望有战事，却又无法制止战事，看到青龙城的惨状，身为超兽战士的苗条俊一行人，自知自己仍然是任重而道远。
众人到达青龙城废墟不久，火麟飞、龙戬、龙莹也来到这里。
该来的事情终究会来，在命运的驱使下，超兽战士必定要再次携手，为平行宇宙的将来做出他们应有的贡献。
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一行人聚集在玄武飞船的时候，时间也到了深夜，确切来讲是平行宇宙间重合七天时间的第三天深夜，留给超兽战队的时间已所剩无几。
所幸的是龙戬解救龙莹的时候，在关押的地方一并找到了剑龙和龙飞，青龙城繁琐事务他们两个自会处理，苗条俊一众人也就没有必要在第二平行多做停留。
而根据神殿传递来的消息，距神域之门开启的时间仅剩下一天，超兽战队可直接前往第十二平行宇宙去，值得一提的是神殿发生鬼谷也出现在那里。
苗条俊和众人简单商量过后，决定先去第五平行宇宙找到天羽，然后与冥王等人一同开赴第十二平行宇宙。
……
与此同时，神域之门将要开启的事情如同飓风一般席卷平行宇宙。
鬼王阵营所属火翎、青黎、溟空昱接到鬼谷的命令，即刻动身赶往第十二平行宇宙与他汇合。
神殿几个祭祀也接到墨麒麟先知的命令，明皇率领夜家兄妹、狮鹫王、暗月、残阳及三个分身随即前往第十二平行宇宙。
定居在第十二平行宇宙的神凤族、圣麒麟族、黑暗妖龙族那更是忙翻天，他们要为前来的其他势力成员安排暂居之地，又要确保魔族不会在他们的地盘闹事。
这万一处理不好，可就会引起争端，再起战事诸族可承受不起，在第十二平行宇宙对抗独眼巨人他们都损失太多精锐了。
诸神之门的开启，对于平行宇宙的任何一方都是大事，因为这关乎着“神的契约”，而对于时空战舰的人来说，这也是一个新的契机....
（到这里终于可以开始正文了，使命最后的一部分剧情可以开始了，要结局了哟。）