祖大寿一回到锦州城就组织防御，抗击建奴。孙承宗一概不参与祖大寿的布置，而祖大寿在担心皇太极会继续进犯的同时，不敢再落入皇太极的手中，同时也想在皇太极和大明朝廷之间，两方面都展示一下自己的实力！因此，在接下来的半个月当中，皇太极除了得到了一座空城大凌河城堡之外，一无所获。
辽东巡抚丘禾嘉向朝廷参奏祖大寿率队献城投降，崇祯皇帝朱由检不仅没有降罪，反而通过无线电，让京师的王承恩以他的名义下诏，提升祖大寿为左都督，领锦州。
同时，崇祯皇帝朱由检通过无线电，让京师的王承恩三次下诏，命祖大寿进京觐见，祖大寿都借故推辞，始终坚守在锦州城里。
后金方面，皇太极三番五次派密使前来，提醒祖大寿不要忘记以前的约定，即刻动手夺下锦州城。祖大寿以各种理由搪塞，并且多次与后金军队激战。皇太极对留在后金军营中的祖大寿之子祖可法等人，一直以礼相待，并且频繁给祖大寿写信。
崇祯皇帝朱由检让祖大寿进京觐见，绝不是要杀他，祖大寿不是袁崇焕，崇祯皇帝朱由检也没有像是孙承宗以为的那般鲁莽，崇祯皇帝朱由检还是很有政治城府的，他想的是，能够跟祖大寿在京师见上一面，以皇帝的身份，对祖大寿好言相劝，通过明升暗降，将辽东将门分化瓦解，将祖大寿等人慢慢的从辽东调离。再逐步换上自己在御林军当中的亲信将领。
从祖大寿借故推辞中。崇祯皇帝朱由检看见了要和平解决辽东问题。基本上是不可能的，也就打消了这个念头，他相信，这次祖大寿在大凌河城吃了大亏，一定会对建奴加紧防备！崇祯皇帝朱由检调将不成，又起了调兵的念头，他想将何可纲和那一万二千多名，他当初许诺过。突围就全部编入御林军的大凌河驻军调走！
皇太极想拉拢祖大寿和他的军队，崇祯皇帝朱由检并不想拉拢祖大寿，但是想要祖大寿的这支辽东最精锐的军队，一场围绕祖大寿的争夺，在悄悄的展开。
崇祯皇帝朱由检的御林军已经打过几次大仗了，但是他们的经验跟辽东这帮跟建奴浴血奋战多年的边军还是无法比拟的，对于一支军队来说，战斗经验是非常重要的，不管是在古代还是在现代，这一点都至关重要。
崇祯皇帝朱由检虽然对孙承宗有些气。并不是他这个人的气量太小，对于孙承宗说了自己几句便怀恨在心。只是因为孙承宗小看了他，他又一时半会没有办法证明自己的能力这才是最让崇祯皇帝朱由检不开心的地方！硬是要说，自己马上会怎么怎么样？谁能够相信？
崇祯皇帝朱由检这段时间都还是跟孙承宗住在一个城楼当中，孙承宗在哪个地方，都是要住城楼的，只是来回住，并不固定，但是皇帝在他身边养伤，也就让孙承宗放弃了以前几个城楼轮流住的习惯，都守在皇帝的跟前，准备等着皇上的再次召唤，孙承宗很奇怪，皇帝出来也有半个月了，为什么不急着回京？
“圣上，辽东现在暂时又太平了，在祖大寿的坚决抵抗之下，老臣估计，半年内都应该能够保证太平，建奴发兵虽然容易，但要是论起持久消耗，是比不过我大明的。”孙承宗拐弯抹角，现在也算是学乖了一些，并不直接说让皇帝马上回去的话，其实孙承宗也并不是少脑子，或者说是不会说话，只是有些骄傲，尤其是在二十出头的皇帝面前，加上现在是朝中的领袖级的老臣，有些倚老卖老，才会屡次惹得崇祯皇帝朱由检不开心。
到了七十多岁，在古代早已经是随时等死的年纪，这样的年纪的人，也是最麻烦的人，什么都不怕，老狂。老头和小孩，都很难用正常思维去理解，尤其是向孙承宗这种，不将察言观色放在心上的人，他就只管对皇帝来说，到底好不好？
崇祯皇帝朱由检没有走的一个主要原因是想将何可纲的人马拉走，这段时间，一直在想这个问题，而且，他有无线电和京师练习，大部分的事情都可以遥控指挥，加上政务方面，现在他的体系已经形成，即便是皇帝不在，整个京畿地区的运转也不会出什么问题的。
崇祯皇帝朱由检知道孙承宗一定不同意他要将何可纲的人马都拉走的主意，一定以为他在战场上面的那一番鼓动就是随口提升士气之用，而且自己也不可能将人马拉走，所以，崇祯皇帝朱由检压根就没有打算跟孙承宗谈这件事情。
崇祯皇帝朱由检望着自己的鞋子，这双鞋是他这次出来的时候带着的，已经有些脏了，崇祯皇帝朱由检是一个有洁癖的人，他不允许自己的身上，有任何的东西不干净，尤其是衣服和鞋子，他开始怀念在京师的日子了，怀念在京师的生活，但他却并没有后悔这次来辽东，即便是伤重的差点没有救过来，他也不后悔！任何苦难都阻止不了崇祯皇帝朱由检那狂热而执着的信念，那希望大明富强的信念！
一个店，一个公司，成不成功，还是要看老板，拜神拜菩萨，说穿了都是在拜自己，因为信佛之人，其实心中有佛！求来求去，到头来，求的还是自己的心。
“怎么？朕在这里，碍着老师的事情了吗？”崇祯皇帝朱由检不咸不淡的道。
孙承宗不是傻子，当然立刻就能够听的出来皇帝的不满，至于皇帝是哪里不满，他却理解的不是很清楚，在他看来，他教训皇帝，给皇帝忠告的每一句话，都是很有道理的，是他这个忠勇老臣的经验之谈，是为了皇帝好。
“老臣怎么敢有这个意思？皇帝莫要多心，老臣是觉得，京师的条件，要比这锦州城好的多。”孙承宗并不是很将皇帝的冷淡放在心上，他到底是一个耿直之臣，并不是王承恩和曹化淳那帮大太监，成天就在察言观色，将皇帝的一言一行，皇帝的喜好都悉心揣摩。
“老师，你今天能不能安排朕跟那个祖大寿见一面？”崇祯皇帝朱由检不再跟老头东拉西扯，皇帝本来就不是一个喜欢胡扯的人，他忽然问道。
孙承宗一惊，不知道皇帝忽然要见祖大寿是什么意思？起了杀心了吗？否则见祖大寿做什么？有事跟老臣说不就可以了吗？“皇上，老臣僭越的问一声，您找祖大寿做什么？”
崇祯皇帝朱由检更加的不高兴了，倚老卖老，得有个界限，朕的事情，是你能够过问的？遂决定敲打老头一下，“怎么？孙爱卿要给朕当家？”
孙承宗大惊，急忙跪倒，双掌伏地，一头载的很深，“老臣岂敢？老臣只是请皇上以大明的大局为重，此时，万万动不得祖大寿啊。”
崇祯皇帝朱由检强忍着想骂人的冲动，淡淡道，“孙爱卿，一个臣子，胡乱猜测朕的意思，这是哪家的君臣之道？”
孙承宗见皇帝说的这么直接，等于是指着自己的鼻子大骂了，急忙磕头，“老臣荒惫，老臣荒惫，老臣绝无此意，老臣只是想提醒皇上，在建奴没有解决之前，对辽东的这帮人，还是以怀柔为主的为好，万万不可激化了矛盾啊。”