整个五月份就在拓荒者们辛勤的劳作中渡过了。过了这个月，从南非方向就再也没有新的移民船过来了，本年度的东方移民工作正式结束。而等到七月份的时候，前往欧洲的护航船队也将携带另外一批移民（大部分是女奴）和物资返回东岸本土，到了那个时候，官方组织的移民活动才将正式终止。
而在移民活动进入尾声的时候，西大荒地区的大豆秋收工作也进入了临战状态。公司租赁的马拉大豆收割机已经就位，农业工人们也养精蓄锐了好久，就待正式开动。不过，就在这个时候，一场不期而遇的疾病突然爆发了起来。
5月25日，一间住满了意大利工人的窝棚内突然爆发了卫生部明确记载的十二种东岸常见传染病之一的猩红热。消息传出后，巡警立刻出动，采取了严格的隔离措施：爆发这种疾病的房屋立刻封锁，由巡警站岗看守，禁止屋内的患病工人与外界居民有任何形式的接触，直到这些人所患的疾病痊愈或者达到规定的隔离时间为止。
在此期间内，只有两座农场唯一的一位医生可以进出房屋，但医生也必须遵守严格的预防措施，避免将病菌带出病房。为此，在农场场部和闻讯紧急骑马赶来的地区行政公署卫生局工作人员在屋内外准备多套医用罩袍和简单的消毒设施。
处于隔离期的工人工资照发，一应食水也都由看守他们的巡警递送。在隔离期满后，这间犯病房屋内的一切家什都将被严格消毒。甚至于，在患病的工人隔离期满走出房屋后，巡警还将奉命将这间房屋全部烧毁——反正也是不值钱的简易窝棚——以免有什么病菌再度传染给别人。
这不是危言耸听、小题大做，东岸人已经吃过这种亏了——当然是在老定居点。新开拓的土地由于在过去千万年间都是荒芜着的，没人居住的这片土地污染程度相当轻，病菌数量也相对较少。因此，在这些边陲拓荒点内，疾病大多来自于新移入的居民，就像这次爆发的猩红热一样，疾病很可能来自于瓦伦蒂诺从旧大陆介绍来的意大利工人。这些人在码头隔离的时候很显然没有显现出任何症状，又或者他们是在码头时被别人给传染了，总之灌木农场内原有的不到五百多居民中从未爆发过这种传染病，这种可怕的传染病只可能是被别人从外界带入的。
与新拓荒点相比，本土的老定居点各种传染病的发病率往往就要高上很多了。东岸共和国的居民们勤劳、坚韧，无所畏惧，恶劣的自然环境和艰辛的工作击倒不了他们，但看不见摸不着的疾病却在肆无忌惮地摧残着他们的意志。这些疾病主要在儿童和老人中流行，如麻疹、天花、猩红热和白喉等传染病，在青壮年中流行的主要是黄热病，偶尔还会有一些可怕的伤害、痢疾和霍乱。
在去年下半年的时候，北方平安县曾经爆发了一次可怕的霍乱流行病。最初的传染源据信来自北方热拉尔山脉间的葡萄牙人，这位做小商品批发的商人在保安乡、平安乡这两个人口稠密的乡镇引发了一场大灾难。整整六百人被传染后隔离，当时整个工业区的生产都受到了一定程度的影响，巡警们紧急出动封锁隔离的街区，县民兵大队被紧急动员起来，其场面不亚于一场小型战争。
邻近县乡的医生、护士也被紧急抽调到平安县帮忙，刚刚在东岸推广没多久的吊瓶输液技术被应用到了霍乱病的治疗之上，但效果总的来说仍然不理想。以前没吊瓶输液技术的时候，霍乱病在东岸的死亡率总体维持在75%左右，但是现在有了这项技术，也仅仅是把死亡率堪堪降低到了66%，大量感染了病毒的人相继死亡，其中包括一些熟练技术工人——这尤其令该县县长钱浩感到痛惜。
而就在采取了紧急措施，城区的病情被抑制住以后，霍乱病又在乡间流行了起来。尤其是那些瓜拉尼雇工们聚居的村落，更是重灾区，死亡率几乎是100%。而更可怕的是，不知道是不信任东岸的医生，还是害怕东岸军队将这些患病村子整个隔离，瓜拉尼人对这种疾病进行了隐瞒。他们偷偷将病死者的尸体草草掩埋到村外，又或者让一些患病者携带一定量的食水独自前往深山，断绝与村子的交往，妄图以这种方式隐瞒疾病爆发的事实，并被动地等待疾病自然消逝掉。
但这样的草率的对策显然是极为不负责任的，疾病非但没能隐瞒，相反在周围地区大规模流行了起来。不但对疾病抵抗力弱的瓜拉尼人大量患病并死去，定居在他们附近的东岸居民内也有很多人患病——这是因为一些患病的瓜拉尼人逃离了村子，然后将疾病带到外地，不然以东岸乡间的人口密度，任何一种传染病都不是那么容易能够流行起来的。
事情闹大以后，北鸭子湖地区行政公署派出巡警火速封锁各条道路，拦截一切可疑分子并就地隔离。同时，陆军部下令隔壁的西湖县民兵大队抽调两个中队前往病情最严重的煤河乡，对确定患病的以及疑似患病的村落都进行了封锁。其中，东岸人自己的村落由医生全面进驻排查情况，瓜拉尼村落则被立刻封锁，若有不从者立刻射杀。
鸭子湖流域三个县的医生大部被调集到了煤河乡，他们穿戴着严格消毒的医用罩袍，前往几乎已整体死绝的瓜拉尼村落，收殓病死者尸体并进行解剖，以确定他们的死因。与此同时，另外一支队伍也被派往村外，去寻找瓜拉尼人处理掉的患病者尸体。没掩埋的立刻掩埋，草草挖好的坟茔也被进行了加固，最后还由专人进行了统一的消毒。
在经历此事后，东岸卫生部门更是对城乡居民加大了常见传染病的科普力度。比如可怕的霍乱病，以前就曾被人当做普通的肠胃病或急腹症，这往往会引起极大的灾难。等到病情被确诊时，事情往往已经不可收拾了，因此，适当的科普以及医疗应急措施，是对付此类恶性流行病的唯一办法。小小的东岸积攒人口不易，要是每个月都来这么几场大规模流行病的话，那么这个国家啥也不用干了，整天咬牙切齿地去和疾病折腾吧。
此次事件还有一个意外的副作用。那就是东岸居民对瓜拉尼人的容忍度大幅降低，他们开始排斥瓜拉尼人进入东岸共和国的领地内定居或寻找工作机会，基层的东岸民兵、巡警甚至普通村民都对瓜拉尼人横眉冷眼，进行言语侮辱或者人身攻击，而政府往往对此视而不见。虽然这些瓜拉尼人也是传染病的受害者，那些患病的瓜拉尼村落甚至全村全村地病死，但失去亲人的东岸居民可不会换位思考，他们只需要知道这些瓜拉尼人是“不详”的，给自己带来了灾难，因此需要驱逐他们。瓜拉尼人的处境，仿佛在一夜之间就大幅度恶化了！
六月初，地区行署卫生局的工作人员在走遍大荒农场、灌木农场后，发现此次猩红热没在其他地方爆发，这让大家松了一口气。现在这两座农场内的人口越来越多，其中老人和小孩的数量也增加地很快。麻疹、天花、猩红热和白喉之类反复在东岸发作的流行病虽然对成年人来说不是什么特别大的麻烦，但一旦在体弱的儿童中大肆流行，很显然会导致东岸新生儿的大量夭折。近些年来，东岸共和国各县乡的婴幼儿夭折率居高不下，未尝没有这些反复发作、折磨地东岸人********的疾病的一份“功劳”。
在这些可怕的疾病中，除了天花可以依靠牛痘等稍稍抑制（效果其实也不太显著）一下以外，其余疾病往往令人束手无策，东岸每年有大量的新生儿无法摆脱各类疾病的折磨而死去。尤其是那些人口相对较多、污染程度相对更严重、人口流动相对更频繁的老定居点，疾病发病率相当高，婴幼儿大批死亡。
而每当出现发病症状的时候，巡警们往往如临大敌，将发病人及其家属严格限制在自己的房屋内，以尽量减少传染的可能。当然以上也就是他们所能做的极限了，东岸政府对疾病、病菌的研究还很肤浅——他们甚至连一台高倍率的医用显微镜都没有，各种针对性药物的研发也进展缓慢，这些都是导致疾病多发且致死率偏高的原因所在。
好在东岸还是地广人稀的新大陆地区呢，若是在人烟稠密的旧大陆，一次大规模流行病往往就能让一个城市元气大伤。在这个年代的记录中，死亡人数在几万乃至十几万的地区流行病（传播范围极小，但死亡率很高）比比皆是，东岸每次爆发流行病只有区区几十最多数百的死亡人数，已经充分说明政府运转高效，措施应对得力了。
1649年6月20日，西岭地区行署解除了隔离令，宣告此次猩红热未及大规模爆发便被扑灭于萌芽状态。与此同时，西大荒地区广泛播种的“先锋1649”大豆也获得了大丰收，上到农场经营者、下至普通农业雇工们，全都喜气洋洋。