对于五位军机大臣的人员确定，朱怡成是存了些心思的，从表面上来，文官三人，武将二人，但实际上邬思道属于朱怡成的夹带，而其余四人中，也就是廖焕之是真正的文臣，再者他本就是文官之首，入军机更是理所当然。
除去廖焕之和邬思道外，王樊虽属于文官，但王樊实际上代表的是商人阶级，这也是朱怡成用这种方式来表示他对商人阶级的重视，更是向天下人表明如今大明已不存在四民划分，提高商人地位的实质性决策。
董大山作为军中第一人，同样也代表着陆军，董大山入军机类似于廖焕之。至于王东，则代表新兴的海军势力，所以这一次军机处的成立和军机大臣的人选从归根结底来讲分别是：文官、商人、陆军、海军然后再加邬思道这个皇帝夹带中人。
就此，大明军机处成立，各军机大臣正式上任，也标志着大明政治格局的第一次改变。对于军机处的成立，朝中众人并未有太多反应，因为大多数人仅以为这个军机处只是类似于内阁的机构。不过担任军机大臣的五人却清晰的明白自己未来的职权，也知道朱怡成为什么建立军机处的目的。
在军机处成立的同时，还有一个部门，也就是通事处也成立了。和大张旗鼓的军机处不同，通事处的成立很少有人知道，仅仅只限于极少数人知晓。
通事处的办公地点也不起眼，它的位置在离锦衣卫不远的地方，门口也仅只是挂了个牌子。但许多人不清楚，这个通事处的成立其实代表和大明海外情报机构的建立，同时也是对锦衣卫独揽情报大权的一次拆分。
通事处的主官品级不高，仅为从三品，本官称提督四夷通事，以此官名来看，类似于之前的四夷馆馆职，也是因为这个原因，普通官员只以为通事处和之前的四夷馆没什么两样，不过他们并不清楚，朱怡成之所以这么做正是这个原因。
大明复国后，并未成立四夷馆，现在开设通事处并立提督四夷通事，朱怡成就是要用这种方式来混淆视听，从而掩饰这个机构的真正职能。
提督四夷通事由邓秉担任，邓秉此人之前不起眼，仅只是大都督府的一员指挥佥事，实际工作是协助朱怡成处理军务，也就是说此人原来的本职是朱怡成以皇帝身份担任大都督的军事秘书。
由此可见，邓秉是朱怡成极度信任的身边人，再加上邓秉此人虽秀才出身，但文武兼备，性格沉稳，对情报工作颇有见解，是很合适的一个人选。
通事处挂牌成立后不久，就给朱怡成带来了个好消息，这消息正是来自于澳门方面。
费尔南多回到澳门后，先想办法稳住了澳门总督贾士度和葡萄牙舰队最高指挥官安德拉德将军，告诉他们自己在南京已见到了大明最高统治者，然后拿出一些早就准备好的条件来让他们进行商议。
这些条件当然不会是朱怡成所需的，如果是这样的话肯定是不行的，费尔南多非常清楚贾士度和安德拉德的底线在哪里，更明白他们根本无法接受大明的要求。所以这些所谓的条件全是费尔南多自己所捏造的东西。
果然不出所料，当贾士度和安德拉德看到这些所谓的条件后顿时大为苦恼，然后让费尔南多稍等些时日，因为他们需要考虑一下。费尔南多当然不会拒绝，很是恭敬的答应下来，随后告退。
离开总督府后，费尔南多并没有等待贾士度他们所谓的结果，而是先了解了一下他离开澳门这些日子澳门的情况，当得知随着时间的推移，总督府方面和澳门议事会的矛盾越来越大，澳门不满贾士度和安德拉德的人也越来越多后，费尔南多就悄悄开始了他的行动。
用了人脉和手段，费尔南多很快就取得了议事会主要人员的信任，随后向他们权衡利弊托出了大明的态度。当得知大明打算在拿下广东后直接收回澳门的消息时，议事会的主要人员个个惊恐不已，更是对贾士度和安德拉德痛恨万分。
要知道他们同贾士度和安德拉德不一样，贾士度和安德拉德是国王派遣的总督和舰队指挥官，无论是何者都是有任期的，任期一满就将回到本土。而议事会的主要成员中，许多人已经在澳门生活了数十年甚至更长的时间，还有人就出生在澳门，在他们眼中，澳门不是什么可有可无的殖民地，而是他们的家园。
丢失了澳门，等于丢失了自己的家园，就算能够回到本土又怎么样呢？难道去那个名义上的祖国，然后在陌生的地方继续自己的生活？这根本就是无法令人接受的事。
除了这些人外，还有商人们同样如此，丢失了澳门代表着他们再也无法来到远东进行贸易了，中国有句老话，叫夺人钱财犹如杀人父母，这样的结果如何让人可以接受呢？
费尔南多很轻易地就挑起了议事会、商人同贾士度和安德拉德之间的队列，使得他们之间本就加剧的矛盾越加恶化。随后，费尔南多很“适当”地又站在议事会和商人的角度给他们出了些主意，同时又把本土对澳门的政策详细讲述了一下，最终得出一个结论，那就是想要保住澳门，保住他们这些人的未来，必须做出一个选择，或者说是一种取舍。
在费尔南多的劝说下，一个以费尔南多为核心的组织开始成立了，这个组织的目标不是别的，是为了结束和大明之间的战争，取得大明的原谅，同时利用这战争的契机让澳门成为一个由议事会和商人为主的自由贸易的城市，从而脱离葡萄牙王国的管辖。