警报声大响墨菲斯、尼奥和崔尼蒂全部都来到了主控室。
“林克！怎么了？”墨菲斯立刻上前问道。
林克一脸的惨色的指向操作台，此时尼布甲尼撒号已经将探查到的数据构成了三维立体图像，正是在整个黑客帝国系列中让人见着就胆颤的电子乌贼。纵观整个黑客帝国中国能够彻底并且最快捷的消灭它们的武器只有电子脉冲武器。
而屏幕上显示的电子乌贼似乎在操纵或者安放什么东西，只可惜电脑并不能模拟出来。
林克看着电子乌贼的动作，惊讶的说道：“他们都干了什么？”
一会电脑有进行了一次模拟，崔尼蒂看了之后，说道：“刚超出电子炸弹范围。”
尼奥紧盯着电子乌贼脑海中突然想到什么，立刻说出：“那是炸弹！”
众人一听这话急忙看向尼奥，程毅这时开口说道：“我想我们应该立刻离开这！你们认为呢？”
墨菲斯立刻站了起来，开口说道：“崔尼蒂、林克你们俩那好电子脉冲炮。毅，你要跟紧我们！”
“ok！”众人拿好武器立刻向出口走去。
而此时在不远处，一群电子乌贼似乎感受到了什么，朝着程毅等人的方向飞了过去。
程毅紧跟着众人跑下飞船，等走下船时他也第一次接触到了这个所谓的现实世界。到处都是废墟再程毅看来能够描述眼前场景的词语只有“末日”两字了。这里是城市的下水道，但是程毅估计地面上的情形怕是比这也好不到哪去。
“毅！现在可不是观光的时候！快走！”墨菲斯对着四处乱瞅的程毅说道。
程毅急忙把目光收回，说道：“抱歉！”
这里各种垃圾以及废弃物太多，几人前进的速度根本算不上快。就在这时背后突然传来一声巨响。
“砰！”不知道是什么打中了尼布甲尼撒号，它的整个船体瞬间成了一片火海。
“砰！‘又是一阵巨响，尼布甲尼撒号炸成了两节。墨菲斯众人感伤的看着已经被炸成两半的尼布甲尼撒号，跟随众人战斗多年的飞船在众人面前彻底的变成了一片火海。
墨菲斯愣愣的看着眼前这一幕，有些哽咽的说道：“我曾经梦到过这一幕……没想到梦会变成现实！”
崔尼蒂等人眼中也都含满泪水看着变成废墟的尼布甲尼撒号。程毅很想劝劝众人，不过他却不知道怎么开口。但是在下一刻程毅突然发现五只已经飞了过来。
“各位！乌贼来了！墨菲斯，我们快走！”程毅立刻通知大家。
墨菲斯最后看了一眼自己的船便领着众人继续向前逃去。但是这个的障碍物是在太多照这个速度被追上是迟早的事，而且电子乌贼带有红外感应的侦查雷达，所以众人躲都没法躲。
尼奥停了下来看着身后追来的电子乌贼，说道：“我们逃不掉的！”
“总要试试！”崔尼蒂立刻说道。
稍许，尼奥突然停下了脚步慢慢的向后看去，在他前面的崔尼蒂急忙说道：“快走！”
尼奥看了看身后，说道：“事情有些奇怪！”
“什么？”崔尼蒂问道。
尼奥看着崔尼蒂，说道：“我能感应到他们！”
此时前面一直更在墨菲斯身后的程毅突然感到不对劲急忙向身后看去，果然尼奥和崔尼蒂两人都没有跟来。
“墨菲斯！尼奥和崔尼蒂没有跟上！”程毅向墨菲斯提醒道。
“什么？”墨菲斯这时也发现了两人不见了踪影，急忙就往回跑：“我们去找他们！”
当三人找到二人时，尼奥已经躺在崔尼蒂的怀里，他们面前有着五个电子乌贼的残骸。几只乌贼似乎全身闪着火花似乎像是被雷电击中。
“怎么一回事？”墨菲斯问道。
崔尼蒂双眼流泪双手不停的抚摸尼奥的脸庞，说道：“我也不知道！”
就在这时远处突然传来一阵电击声，林克听到后脸上露出兴奋的笑容，开口说道：“是榔头号！我们得救了！”
话音刚落，程毅便看到一艘和尼布甲尼撒号相似的气垫船飞到了众人的头顶之上。
墨菲斯对还在哭泣的崔尼蒂，说道：“崔尼蒂，快把尼奥送上榔头号！”
而这时程毅走到崔尼蒂身旁，说道：“我来背着尼奥吧！毕竟我看你身上还有伤！”
崔尼蒂并没有拒绝程毅的好意，她擦了擦眼泪对程毅笑了笑，说道：“毅！谢谢你！”
程毅笑道：“呵呵！不客气！”
程毅把尼奥背在背上，此时榔头号也已经降落舱门也打开了，从里面走出了几人，为首的是一位穿着红色线衣的中年男人。这人正是榔头号的船长——罗兰船长。
“上帝啊！总算找到你们了！快，先上船！”罗兰说道。
程毅背起尼奥往船上走去，走到罗兰身旁时他看了程毅一眼，然后他对墨菲斯说道：“墨菲斯！刚才那人是谁？”
“罗兰！他不是敌人，一会儿我会向你解释的！”墨菲斯说完众人便都上了榔头号。
尼奥被送到医疗室进行治疗，崔尼蒂留在了医护室照顾尼奥。
而程毅却和墨菲斯等人来到了榔头号的控制甲板上。
“好了！墨菲斯，介绍下你身边的这位朋友吧！”罗兰开口说道。
墨菲斯也做了下来，对程毅说道：“毅！你自我介绍下吧！”
程毅看了看众人，开口说道：“你们好！我叫程毅，刚从母体中逃了出来，正宗的新人一枚！尼布甲尼撒号的船员……”
程毅一说他尼布甲尼撒号的船员，罗兰船长的人还有墨菲斯和林克都看向程毅。
程毅笑了笑，说道：“当然，如果墨菲斯船长同意的话！我就是！”
听到这话，墨菲斯笑了笑然后对罗兰船长说道：“他是我的新船员！”
“叮！恭喜宿主完成第一项任务：成为尼布甲尼撒号船员！”墨菲斯话音一落，系统的提示音便响了起来。
“哦！够了，墨菲斯，你知道我们现在面临的是什么样情况吗？你还有心情去拯救被母体控制的人！现在保护锡安才是我们的重中之重！”罗兰船长气急败坏的说道。
墨菲斯听了这话并没有反驳对方，而是开口说道：“没错！我完全认同你的想法，但是毅并不是我救他出来的，他是第一个独立从母体中逃出来的人类！”
;“什么？”众人都是一脸惊讶的看着程毅，而程毅并没有说话只是对着众人笑了笑。
众人感到惊讶并不是没有理由，在母体中生存的人类有很多，也有一些人能感受到母体并不是真实的世界，比如尼奥和第一部中反叛的赛佛。而在现实中的人发觉到这些人就会组织人手把他们从母体中拯救出来，当然也有人愿意生活在虚拟的世界中。
但是即使这样目前还没有一个人能独立的葱花母体中脱离出来。因为一旦有人对母体产生疑惑，获得情报的不止现实中的人类还有母体的特工，这些人回来阻止对母体产生疑惑的人。在没有人帮助的前提下逃脱特工的追查回到现实，这在他们看来简直就是白日做梦。
当然在程毅看来也的确如此，不过自己只能顺着墨菲斯的话承认，难不成还要把事情的真想告诉他们！
罗兰船长这时也无话可说，只得承认了程毅的身份。