除了各百人队的旗帜之外，先锋部队将设有五色军旗，一般只允许举一面旗。五色旗的主要作用为：行军途中遇到树林，就把青色的军旗高举；遇到沼泽，就把黑色的军旗高举；遇到其他军队，就把白旗高举；遇到山势险要的地方，就把黄旗高举；遇到烟火，就把红旗高举。一旦走过，就要把相应的军旗收起来。
如果道路只可以行军一列，就举一面旗帜；如果可以行军两列，就举两面旗帜；可行军三列，就举三面旗帜；可行军四列，就举四面旗帜；拔营行军的时候，就举五面旗帜，后面的部队依次传递。
而如果前面的哨兵发现敌人，形势危急，就挥动红旗；形势不是很危急，就挥动黄旗；敌人人数众多，就挥动青旗；人数不多，就挥动白旗；前方无路可行，就挥动黑旗。前面的士兵挥动军旗，后面的就要跟着依次挥动。如果敌人没有来进攻，就停止摇动军旗。绝对不允许遇见敌人，挥动军旗之后，不论敌人是否进攻就一窝蜂地后撤，否则军法严惩。同样如何胡乱竖立和挥舞军旗，同样要军法严惩。
统一了号令，那么接下来就是军法，王千军现在根本就没有一个成文的军纪，不过王千军也是幸运的，因为手下人各自出身的不同，都互相监视着不敢乱来，所以扰民的事情发生得极少，而王千军也一再要求不许屠杀俘虏，看着无数的敌人自动地扔掉了手中的兵器，乖乖在那里投降，尝到甜头的手下人也渐渐习惯了不屠杀俘虏，可王千军知道，如此自觉的事情并不会维持太久，一定要有完善正规的军纪才可以。
“在没有我的命令和主帅的命令随意砍伐百姓树木，糟蹋百姓田产，烧毁百姓房屋，偷盗财物者，初归还百姓财物，赔偿百姓损失之外，还要根据情节大小进行惩罚，最少十军棍，最高则为一百军棍！”
“在没有我的命令和主帅的命令之下，杀戮百姓，*妇女，杀戮俘虏和侮俘虏的妇女者，杀无赦！军队中严禁出现割取阵亡将士之首级，妄杀无辜百姓冒充敌人首级之事，违者杀无赦！”
这是王千军规定的军纪的前一小部分，所有人听了之后在内心都感觉有些奇怪，不过很多人想一想也就明白了，真到了某些时候，王千军也会下达洗劫和屠杀的命令，到时候只要遵守命令就行了，在这个乱世，他们这些人还真没有见过什么对百姓秋毫无犯，仁义无比的军队，有的时候官兵比土匪还要可怕！
“军队前进后退子有旗帜金鼓来指挥，没有命令不许私自开口说话，特别是在夜间行军，必须保持队伍的整齐，严禁开口和插队，违反者将严加惩处。”
“战斗之中，敌人如抛撒金银财宝、布帛兵器，所有士兵不许拣拿和抢夺，因为那是敌人在引诱我军士兵争夺钱财，好趁机逃跑或者反攻。今后如果在战争中遇到敌人抛撒财物，有人胆敢违令贪图钱财，而导致战败，或者使敌人得以逃脱，凡是抢夺财物的士兵，不管是带头的还是跟随的，全部都要斩首！”
“凡是临阵退缩者，执法队可就地格杀逃兵，允许队长割后退士兵的耳朵，百户割后退队长的耳朵，千户割后退百户的耳朵。收兵回营之后，凡是没有耳朵者，都要进行审查和清点，弄清情况后将违反军纪者斩首。如果有人纵容属下，眼见有人退缩而不肯割人耳朵，那么就要连坐并罚，但退缩之人不予追究。”
“如果伏击敌人，遇到敌人的时候没有及时冲杀的，或者过早冲杀的，领兵的百户就要依照军纪斩首，士兵则要扣其口粮，并要捆绑起来鞭打。如果大队人马看到奇兵和伏兵已经开始冲杀，而不立即响应的，同例。每一队士兵，如果一个士兵奋勇冲杀，而其他人不去相救至使其阵亡，那么全队都要予以斩首！”
“凡是冲锋在前的人，一队被围困，而二队不去营救；一百人队被围困，而同一千人队其他各百人队不去营救，至十被围困者阵亡，依照军纪斩杀队长、百户、千户。凡是阵亡一人而本队没有斩杀一个敌人，那么每一个士兵都要扣罚一个月的口粮，并由全队来支付阵亡者家属的抚恤！”
等等…
当王千军念完所有的军纪之后，所有人都认为王千军疯了，这比官兵的军纪还要严格，连坐之法到了极至，一个不小心一个士兵违反了军法，那么整队的士兵，甚至整个百人队的人都要被牵连，连同千户都有危险。很多人都开口希望王千军将军纪中的一些条例给改一改，甚至连柳玉蓉都开口了，可王千军就是一意孤行，最后军纪就这样被定了下来。
王千军很自信，他相信所订立的军纪并没有错，他没有疯，一切都是古人的智慧，军纪中的很多部分都是王千军在现代的旧货市场上，无意之中买到的一本兵书上记载着，那就是抗倭名将戚继光所著的《纪效新书》，也只有如此严苛的军纪才能锻炼出一支铁血无敌的军队，如果军法中都是人情，军纪中条条都讲仁义，那么什么仗都不用打了，所有人干脆都回家抱孩子得了。
军队号令与军法军纪的手抄本马上就分了下去，县城内的书局还在忙着排版，很快就会大量印制，然后由县城内识字能说的书生，还有军中识字之人一条一条地讲给所有士兵听，每个士兵平时无事都要大声地背诵军队的号令与军纪军法，背熟后再不断地复习。
折腾了这么多东西，但还没完，这些不过是号令与军法军纪而已，还有更重要的，那就是阵行队列，与敌交锋之法，王千军的手下军队只会普通的队列阵行，进攻的时候除了紧记要投枪外，其他的简直就是一塌糊涂，所有的士兵都要重新训练，否则再严苛军法军纪也没用，打不赢敌人士兵们照样逃跑。
王千军规定，二十人为一小队，除了队长之外，挑选年少健壮的四人持盾牌，两人持长牌，两人持圆牌；再挑选身材高大强壮的四人持巨大的山斧；其他十一人中，六人持长枪，两人持钢刀等短兵刃，最后三人为弓弩手。
进攻之时，士兵们在各小队的盾牌之后隐蔽身体，缓步前进。手持盾牌的士兵在最前面只管低着头向前前进；山斧长枪在盾牌的两旁伸出，身体隐蔽在盾牌的后面，紧跟着盾牌前进，弓弩手在最后。
在与敌交锋之时，盾牌挡敌之弓弩，防敌之兵器，山斧保护盾牌砍杀前方之敌，长枪配合山斧杀敌，单刀短兵则在长枪与山斧使老与敌人近身上前拼杀，保护使用山斧与长枪的士兵，盾牌手则在保护好身后同伴的前提下，寻找机会用单刀杀敌。各队弓弩手都要集中听从百户的命令进行齐射，压制和削弱敌人。
此外，盾牌手后背都插有标枪，手持山斧者随身带有手斧，在冲击敌阵或者防御之时可投枪与掷斧来削弱敌人。
同时王千军还规定，听到命令而队伍不前进就是队长与持盾者的责任，如果队长和持盾者被杀害，其他的士兵必须马上顶替队长与持盾者的职责，倘若其他士兵因为队长和持盾者战死而逃跑，全队都要斩首。
这就是戚继光的鸳鸯阵的翻版，同时在作战过程中，根据不同的情况，鸳鸯阵的一队人也可以分成两队，组成两仪阵，人分成两队后，兵器也随人分成两队。除此之外还可以将两仪阵再变成三才阵，队长居中，两边配以四山斧两短兵，左右两翼各有两盾牌三长枪。弓弩手依旧在后，如此一来就能将二十人的队伍在一条直线上展开。
对于王千军这样的安排，大部分人都觉得很头大，也头晕，特别是村勇与土匪出身的人，都觉得这实在是太麻烦了，打仗哪里管那么多，直接冲过去拼杀一阵就行了，只有军户出身的江明扬和姜飞骑眼睛一亮，完全贯彻了王千军的练兵之法，其他人则私底下都完全不上心，尽量应付着。
但很快，当江明扬率领一百人以勉强熟练的鸳鸯阵在对练过程中大破翻天猴与老马头所组成的两百人后，所有人不敢再有一丝的摸鱼，全力训练手下排兵布阵，王千军也趁机开始了一场轰轰烈烈的大练兵。
对军队的大整顿和大练兵就这样持续了一个多月的时间，而夏季也过去了一个多月，王千军得到了比较满意的成果，那就是绝大部分的士兵都把行军号令还有军法军纪都背了下来，对新阵行队列也越来越熟悉。但至于能否贯彻执行，那就是要看一个为将为帅者的决心和魄力，同时军中各百人队的大比武的最高潮也终于是开始了。
王千军从来都不会克扣军饷，每月的军饷都是足额发放，还让每个士兵顿顿都能吃饱饭，顿顿都有肉和菜，不过王千军手下士兵的军饷跟官军正规士兵的军饷却是一样的。但与官兵不同的是，王千军给予士兵的奖励和抚恤要比官兵规定的要多得多，同时士兵的家人在赋税和租子上都有特殊的照顾，就算是在没有战事的情况下，各百人队之中也会进行大练兵，根据在练兵过程中的排名和表现进行奖励。