六月，天气转热，京师一切照旧。但是二十日这一天，一封来自辽东的请罪奏书在皇城里激起了不小的波澜，奏书是出自袁崇焕之手。
毛文龙死了。
事情经过，简略交代：
二年五月二十五日，袁督师一行从宁远海上扬帆起航，二十八日，抵达旅顺口外四十里的双岛。
二十九日，袁督师慰问岛上官兵，赏赐酒食。当晚，毛文龙从皮岛乘船来到双岛，因夜已晚，没有相见。
六月初一日，东江总兵毛文龙拜谒袁督师，进礼单，设茶饭。袁崇焕拒收礼单，但同意与毛文龙共进茶饭。袁崇焕说：“辽东海外，止我两人之事，必同心共济，方可成功。历险至此，欲商进取大计。”表达了团结毛文龙，希望同心协力、共谋进取大计的愿望。
毛文龙说：“某海外八年，屡立微功。因被谗言，粮饷缺乏，少器械马匹，不能遂心。若钱粮充足，相助成功，亦非难事。”对钱粮器械提出了要求。
袁崇焕告辞时，对毛文龙说：船上不便举行宴会，需借毛帅帐房，在岛岸宴饮。毛文龙应允。
袁崇焕和毛文龙在岛岸上宴饮，边饮边聊。酒席间，袁督师说：“皇上神圣，与尧、舜、汤、武合为一君。臣子当勉旃疆场。”称赞当今万岁崇祯皇帝圣明，因此，作为臣子应当尽力国事。
毛文龙怏怏不乐，只说熹宗恩遇之隆，言外之意是并不认同袁崇焕对崇祯皇帝的评价。袁崇焕十分惊讶，但是压下心头的不快，又进一步询问复辽方略。毛文龙答道：“关、宁兵马俱无用，止用东江二三千人，藏云隐雾，一把火遂灭了东夷！”直截了当地告诉袁崇焕，你手下的千军万马都没有用处，有我这两三千人就够了。实际上根本没有把袁崇焕放在眼里。袁崇焕当然很不高兴，但还是把这口气忍下去了，继续同毛文龙推心置腹地慢慢交谈，一直谈到二更天才结束。
初二日，毛文龙请袁崇焕登岛。袁崇焕上岛后，接受东江官将行礼毕，赏部分兵丁每人银一两、米一石、布一匹。毛文龙侍从佩刀环绕，袁督师命他们退下。袁崇焕和毛文龙又秘密交谈，三更方散。内容无非还是东江要受朝廷节制，共同为实现五年复辽目标努力之事。
初三日，毛文龙请袁督师登岛赴宴。看来，袁督师前面的努力并未奏效。袁崇焕这次对毛文龙说的话已经比较直接了：“久劳边塞，杭州西湖，尽有乐地。”毛帅你这些年在边塞很辛苦了，我劝你回你们老家杭州，那儿风景很好，你养老去吧。话里有话，绵里藏针。言外之意就是，你毛文龙要不就接受朝廷节制，要不就辞职回你的老家杭州吧。毛文龙道：“久有此心，但灭了东奴，朝鲜文弱，可袭而有之！”毛文龙显然不愿交出兵权，并不买袁督师的账。这天夜里，袁崇焕传副将汪翥密语，直至二更。
初四日，袁督师颁赏东江官兵3570员，官每员3两至5两、兵每名一钱，又将饷银10万两交卸给东江。袁崇焕传令徐旗鼓、王副将、谢参将叙话。并出行文：旅顺以东行毛总兵印信，以西行袁督师印信。又定营制等。袁崇焕又作了一次让步，他希望达成一个折中协议：旅顺以东归东江总兵毛文龙节制，以西归袁督师节制。但毛文龙依旧不肯遵依。
初五日，袁督师崇焕传令：登岸摆围，较射颁赏。毛文龙来到袁督师帐房，问道：“老大人何日起行？”袁崇焕告诉他第二天就返回，今天要在岛上观兵较射。也就是比赛射箭，优者给赏。毛文龙同意了。谢参将传号令，命各营兵四面摆围。毛文龙及其随行官百余员，都被绕在围内，随行兵丁被截在营外。
袁崇焕问东江各官姓名，都说“姓毛”。毛文龙说：“俱是敝户小孙。”袁崇焕说：“岂有俱姓毛之理？你们海外劳苦，每名领米一斛，且家口分食，你们受本部院一拜！为国家出力，自后不愁无饷！”各官感泣叩首。
袁崇焕问文龙曰：“本部院节制四镇，请严海禁，恐天津、登、莱，受腹心之患，今请设东江饷部，钱粮由宁远达东江，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登、莱，又议移镇、定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用？本部院披沥肝胆，与你谈了三日，望你回头是岸，那晓得你狼子野心，一片欺诓，目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂能相容！”袁崇焕要立斩东江总兵毛文龙。
袁督师西向叩头请皇命，拿下文龙，剥去冠裳。毛文龙尚倔强，不肯就缚。袁督师又云：“你道本部院是个书生？本部院乃是朝廷一员大将，你这毛文龙有应斩十二罪。”袁督师宣布毛文龙的十二条罪状是：
第一，兵戎重任，祖制非五府官不领兵，即专征于外，必请文臣为监。文龙夜郎自雄，专制一方。九年以来，兵马钱粮，不受经、抚管核，专恣孰甚！一当斩！
第二，文龙自开镇来，一切奏报，有一事一语核实否？捕零夷，杀降夷，杀难民，全无征战，却报首功。刘兴祚忠顺奔来，止二十余人，而曰率数百众，当阵捉降，欺诳孰甚！二当斩！
第三，文龙刚愎撒泼，无人臣礼。前后章疏，具在御前。近且有“牧马登州，取南京如反掌”等语。据登莱道申报，岂堪听闻？大臣不道，三当斩！
第四，文龙总兵以来，每岁饷银数十万，无分毫给兵，每月止散米三斗五升，侵盗边海钱粮，四当斩！
第五，皮岛自开马市，私通外夷。五当斩！
第六，命姓赐氏，即朝廷不多行。文龙部下官兵，毛其姓者数千人。且以总兵而给副、参、游、守之札，不下千人。其走使、舆台，俱参、游名色，亵朝廷名器，树自己爪牙，犯上无等。六当斩！
第七，由宁远回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其银九百两，没其货，夺其舡，仍禁其人，恬不为怪。积岁所为，劫赃无算，躬为盗贼。七当斩！
第八，收部将之女为妾，凡民间妇女有姿色者，俱设法致之，或收不复出，或旋入旋出。身为不法，故官丁效尤，俱以虏掠财货、子女为常，好色诲淫，八当斩！
第九，人命关天。文龙拘锢难民，不令一人渡海，日给之米一碗，令往夷地掘参，遭夷屠杀无算。其畏死不肯往者，听其饿死岛中，皮岛白骨如山。草菅人命，九当斩！
第十，疏请内臣出镇，用其腹爪陈汝明、孟斌、周显谟等，辇金长安，拜魏忠贤为父，绘冕旒像于岛中。至今陈汝明等一伙，仍盘踞京中。皇上登极之赏，俱留费都门，是何缘故？交结近侍，十当斩！
第十一，奴酋攻破铁山，杀辽人无算。文龙逃窜皮岛，且掩败为功。十一当斩！
第十二，开镇八年，不能复辽东寸土，观望养寇，十二当斩！
督师袁崇焕历数毛文龙十二大罪状后，毛文龙神丧气夺，口不能言，惟叩头求生。袁督师严厉地说：“尔不知国法久了，若不杀尔，东江一块土，非皇上有也！”然后问东江各官等道：“文龙罪状明否？”各官唯唯，没人敢说话。又问众兵，同样也唯唯无辞。只有几个毛文龙门下私人，称其数年劳苦。袁崇焕厉声斥责说：“毛文龙，不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆，官至都督，满门封荫，酬劳足够了吧？他竟然敢欺骗朝廷，无法无天！我们要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐给我尚方宝剑，正是这个原因。”这些人吓得唯唯诺诺，不敢仰视。
袁督师叩头请旨道：“臣今诛文龙，以肃军政。镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。”又说：“臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣！”袁督师宣谕后，立即取下尚方剑，令水营都司赵不忮、何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑，斩毛文龙于帐前。这时毛文龙的兵将在帐外汹汹，但袁崇焕军威严肃，且事出意外，这些兵将还不敢挑起正面冲突。
袁崇焕计斩毛文龙后，命将毛文龙的遗体，装棺安葬。
袁崇焕亲自到毛文龙灵柩前拜祭，祭奠其亡灵。祭词云：“昨日斩尔，乃朝廷大法；今日祭尔，乃僚友私情。”遂下泪祭拜。
只杀毛文龙一人，其余不问，照旧任职。这样就稳住了东江的局势。皮岛的副、参、游、都、守等官员，不下千员，既多又滥。如旅顺参将毛永义所管3600员名，经过袁崇焕亲自点核，能为兵者，不过千人。因此，对毛文龙的部众，进行核查整编。分东江官兵为四协：用毛文龙之子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协，另二协由东江各官举游击刘兴祚、副将陈继盛二员分管。将毛文龙的印与剑、以及东江的事权，令副将陈继盛代管。
分赏东江官兵。将带来饷银10万两，分给各岛官兵。安抚各岛军民，释放狱中无辜。袁督师核查，毛文龙虽曾经夸口说有众数十万，其实官兵不过2万人，不需设一“赘帅”，因此上疏请求皇上，应停此缺，“省糜费而杜隐忧”。
移咨朝鲜国王。向朝鲜国王李倧，通报此事。立即奏报皇上。
袁督师处理完东江事后，于五月初九日，扬帆回航宁远。