根据周士相和宋襄公事先商定并集合现有武器装备，太平军自即日起整编为步军左营步军右营，亲兵营炮营辎重六营，另编水营一部骑营一部，同时成立军帅府并增设预备兵营。
步军左右营由原陷阵营雄威营震虏三营合并而成，不足兵员由近卫虎捷抽调。
整编后的步军左右营各3000人，其中步军左营武器标配为刀1000把矛2000杆，弓160张弩30具，另有铁甲150具，棉甲1200幅盾900面。
步军右营为半火器兵，武器标配为铳1200杆刀500把矛1200杆，斧120把，另铁甲60具棉甲600幅盾300面。
亲兵营由原近卫营改编，全营兵力1000人，武器标配为刀200把矛800杆；
炮营全营兵力1000人，设有大小铜炮116门，铳炮130杆虎尊小炮40门，另有炮车150辆双轮推车100辆，拉炮用驽马驴骡合计400头。
辎重营由近卫虎捷二营剩余兵力并抽调原后营保安团丁组成，兵员配制为1500人，武器以刀矛为主。太平军原先拥有可拉车的牲畜除调拨炮营外全部集中于辎重营，供运输使用。
水营以新招香山渔民及原降兵中的潮州兵组成，暂定800人，因水营为新组建，故还没有战船配署。
为解决水营有名无实的尴尬，周士相让廖瑞祥尽量从渔民手中收购渔船，将其改建为可在内河驶行的小型战船，供水营先行训练起来。另外还要重金聘期工匠到香山为水营打造能在珠江谭江上面航行的战船。最好还能在海上航行。
这个要求显然有些不切实际，公库的资金也不足以承担打造水师的要求，因此周士相便只能耐性子缓步发展。抱着试一试的心态。他派人到新会向陈奇策购船，还让人到沿海地区要渔民带话给洋上海盗。若他们愿归顺太平军，周士相将予以重用。
骑营由邵成国的骑兵队扩充，因战马骑手不足，短期内无法进行大规模扩充，故暂定兵员300人，实际有战马52匹，驽马80匹。
整编后，太平军建制兵员10600人。
步军左右两营营兵力配制为10人一伍。50人一队，300人一卫，600人一旅，全营为一师（营）。
一伍设伍长一名，小旗衔副伍长一名，军士衔；一队设队长一名，总旗衔副队长两名，小旗衔；一卫设卫长一名，百户衔副卫长两名，试百户衔；一旅设旅长一名。千户衔副旅长两名，总旗衔；一师设师长（营官）一名，卫指挥使衔副师长两名。指挥同知衔。
同时于各队设安军小使一名，小旗衔；各卫设安军中使一名，总旗衔；各旅设安军大使一名，百户衔；各师设安军使一名，千户衔。
亲兵营和辎重营炮营参照步军左右营定制编员，水营和骑营因规模不及以上诸营，暂以一旅定制，对外则称全营。
各营营官人选分别为：
步军左营营官葛义，副营官姜樊宋二牛；
步军右营营官铁毅。副营官郑铁柱王有喜；
亲兵营营官邵九公，副营官管三水朱庆来；
炮营营官齐豪。副营官牛根生江四海；
辎重营营官赵四海，副营官陆武崔豹；
水营营官唐正兵。副营官郑庆钱来；
骑营营官邵成国，副营官王化鲍德。
以上诸营成立后，各营即挑选所属士兵入营整训，剩余人员则编入预备兵营，同时各乡保安队战时也归预备兵营提调，用以补充作为野战军种的其它各营。自成军之日起，有来投太平军的也全部集中到预备兵营进行训练，训练合格后方可获得补充至野战军的资格。
预备兵营营官暂以受伤的蒋和担任，待其伤愈后再行择将。预备兵营主官职衔等同战兵各营，以则各降一等。
同时成立太平军军帅府，各营归军帅府直接指挥，军帅自然由周士相担任，副军帅则由向来稳重的秦智生担任。
宋襄公则担任军帅府总幕僚一职，负责军帅府日常运作，公文军令军纪制定粮草物资分发等，同时协调地方事务，战时与预备兵营营官一同补充兵员至前线。
各营驻地也要进行变动，原先驻各乡太平军太过分散，不利力量集中，也不利应付突发战事需要。故重新整编后，步军左营进驻增城一线的银瓶嘴山，步军右营和炮营则全部进驻良字都。亲兵营和骑营驻香山县城，辎重营驻龙眼都，水营驻永乐乡。以上诸营为野战军种，不事生产，而预备兵营则在训练同时要进行生产，故又名生产建设兵团，驻地为前山寨。
新的军制和官制都是周士相结合卫所军制和后世军制自创的新军制，当中肯定有不合理之处，但时间不等人，周士相也只能先如此安排了。不过为了满足部们升官发财的愿望，周士相在太平军内部实行自己那一套军制，对外则是按普通明军建制进行封官。
秦智生和蒋和被授予副将衔，葛义邵九公赵四海齐豪，铁毅被授予参将衔，其他副营官旅长等都被授予游击都司守备等官职，一时间，太平军之内大人称呼不绝于耳，当然，这些大人们全是记名的，还没有永历朝廷正式授予的官凭和官印。
为了解决这个问题，周士相头一次以记名潮州总兵的身份向昆明的永历朝廷发去奏章，奏章是宋襄公一个字一个字写来的，字里行间反复推敲又推敲，做到没什么犯讳这才送到新会，请陈奇策派人送到雷州的总督衙门，再由两广总督连城壁代为上呈朝廷。
奏章中。周士相向永历帝表明了自己身为明臣，坚决抗清的忠心态度，并详细记录了太平军自罗定立营后的大小战事。及为朝廷夺取新会香山的经过。周士相请求朝廷能给予自己合适的身份，毕竟他麾已有上万人马。单一记名总兵的身份无法让地方士绅信服，也无法让自己的部安心，所以为了广东抗清的大局，也为了安定人心，天子最好能给自己一个实授的总兵封号，并且给予自己的部实授官缺。
这份奏章是摆明了跟永历朝廷要官的，这不是一个臣子应有的态度，宋襄公劝周士相不要这样写。只说说功劳就行，永历朝廷里那帮大臣们不是傻子，会知道接来怎么办。
可周士相偏不同意，非要这么写，他的理由是太平军是自己一手拉起来的，新会也是自己夺守住再交给陈奇策的，更别说自己还重创了清军，如今太平军在香山，朝廷一文铜板也没拨过，一粒粮食也没给过。他周士相却偏偏替朝廷收复了香山，牵制了广东清军，并且正在部署收复广州。收复广州肯定是虚张声势。夸大其词，不过周士相爱怎么写就怎么写，永历帝总不会因为他虚张声势就抹杀他的功劳吧，也不能不给他回应吧！
周士相并非是真的要官，只是不想让部们失望而矣。他任命得再好听，也都是些记名，而能去掉这个“记名”的只有永历朝廷，否则除了他扯旗自己干就一点办法也没有。毕竟有正统的大明皇帝给自己授官，一众土匪贫民降兵出身的太平军官们会觉得身价倍增。这个官也是有名有实，能光耀祖上门楣的。最重要的是有了永历朝廷正式的任命。这些人对于永历政权才能有最切实的认知，对于南明的忠诚才会慢慢建立。
周士相不会昏了头学孙可望。所以他要宋襄公写了这封要官的奏章，至于永历帝怎么想就是他的事了。雷州的连城壁又是如何看待他这份奏章，周士相也不在乎，甚至这份奏章是不是能送到昆明他也不在乎。他实际就是表明一个态度，而这个态度本质上是让连城壁瞧的——你到底给不给我实授？
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新的编制和各将主官任命后，太平军上就迅速忙碌起来，连带着各乡公所也跟着忙，毕竟军队移防的事情要牵涉到他们。所有人都在忙，周士相也没闲着，他要挑选自己的亲兵。
亲兵营的营官是邵九公，但亲兵营同样也是归军帅府直接指挥的力量，所以周士相决定自己挑兵，他让宋襄公把风放了出去，结果回去的各营主官很快就将手的精壮新兵送到了仁厚坊，足有2000多人。
最终周士相从这2000多人中选了600人出来，这样加上原先近卫营的400人，正好凑齐1000人。那600个新兵听说自己被抽中调入总兵大人的亲兵营后，兴奋的不得了。
什么是亲兵营，那不就是总兵大人的家丁嘛！想到以后能享受将领亲信家丁的待遇，这六百人想想也高兴。另外一千多人虽然没有被选中但也没有失望，因为成为总兵亲兵家丁固然是好，但丧命的风险也大，打起仗来这些人可是要冲在前头的。
经个大半个月的重组，新建的太平军诸营方才稍稍定当来，军帅府制定的新训练大纲也派发了去，各项规章制度也在不断的出台。随着一道道军令发出，太平军也越来越像个军队的样子。
宋襄公跟廖瑞祥要了10多个秀才进入军帅府，以协助他这总幕僚处理公务。因为军中大半将领都不怎么识字，请示周士相后，军帅府行文各营的安军使，让他们在本职安军工作之余，也要担任主将的参谋一职。这个参谋不是帮助参谋军情，而是帮着看公文写公文。
廖瑞祥的衙门差事干得不错，花了近两个月时间，他在香山境内共设置了12处驿站，并全部交接给太平军。驿站对于军情和公文传递有着十分重要的作用，因此周士相又让宋襄公将这些驿站管起来，将其中几处位于交通要道的驿站升级为兵站，负责补给物资接收伤病员招待过往军队等。兵站由军帅府直接从公库拨银，免得廖瑞祥老来诉苦说县衙没钱，周士相对他盘剥太狠。
刚进入三月，张安传来重要情报，由满州正蓝旗固山额真噶来道噶统率的南八旗兵已经到达广州。
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(未完待续。)