崇祯十四年八月底，刘钧进宫面圣，向天子禀报了京畿兵马的严重问题。朱慈烺听说禁卫大营三镇九万兵额，结果仅有不到三万人马时，大为吃惊。他虽年轻，可也知道这个问题的严重性。
随即，朱慈烺派人召周延儒、吴甡、刘宗周三顾命大臣，又召兵部尚陈新甲以及几位侍郎入宫。
几人匆匆奉召入宫，见到刘钧坐在上书房里陪着皇帝下棋，都暗为惊讶。等皇帝把王德化的那份名册帐本摆在几人面前时，他们更惊讶了。
不过这些都没有里面的内容让他们更惊讶。
“陛下，切不可听信片面之辞啊。”陈新甲现在已经没有回头路可走了，只能硬撑着。
朱慈烺见陈新甲到了此时还嘴硬，心里十分恼怒。“召王德化前来。”
此言一出，连周延儒等人都大为震惊，谁都没想到禁卫大营内臣提督王德化居然出首了。
周延儒脑子迅速的转动着，陈新甲看来完了，现在要考虑的是如何弃卒保车，禁卫营拿下几个都无所谓，最关键的还是不能让刘钧借机深入查下去。周延儒很担心刘钧会借此，进一步插手到京营里去。
“陛下，此事是臣等失查，请陛下将此事交于总理处彻查。”
本来崇祯立了顾命大臣，那么皇帝年幼，未亲政前，军国大事都归总理处的。可说是那样说，但朱慈烺毕竟是皇帝，这大明朝都是他的家天下。他要插手，周延儒这个大管家还能说什么？
王德化入内，拜见皇帝。
“王德化，你跟诸位大人们说说，京营的真实情况，还有徐永祯他们那些人的打算。”
王德化应声称是，然后就把京营里吃空饷克扣军饷，占役买闲等等种种弊处。都一一道明。又特别指出，禁卫大营三镇额兵九万，但实际却不足三万，还有不少老弱占名者。更严重的是。他们为了应对此次的点验，还准备串通其它两大营六镇，借兵来假冒顶替点验，蒙混过关。
“陛下，这是欺君之罪！”刘钧先扔出一顶大帽子。
刘宗周也适时的站了出来。“陛下，臣请求彻查！”
周延儒眉头紧皱，他现在对刘宗周是越来越不满了，掌控着都察院，有监督弹劾大权，可却态度观测。刘钧入总理处后，刘宗周对他是相当支持。
“陛下，我们一定立即彻查。”
刘钧冷笑一声，“周阁老，你打算如何彻查？三大营九镇从上到下都还是原来京营的那套。烂到根了。就这样的兵，还指望他们守卫京畿，护卫陛下？”说着他转头面向皇帝，“陛下，臣以为，那些京军连他们自己都护卫不了。为了陛下的安全，当立即整顿京军。”
“郡王，事涉京营，莫操之过急，万一引起变乱就不好了。”周延儒说这话的时候。已经带着几分暗暗的威胁之意了。
“阁老说的也有道理，这些骄兵，真要逼急了，他们很可能就要乱来了。”说着。刘钧话锋突然一转。
“陛下，臣以为，当立即重建侍卫亲军，以守护紫禁城和皇城。从今天起，禁卫大营只负责京师内外城的守卫。”
小皇帝看了刘钧一眼，“那些京军还可信吗？”
“陛下。城外卢沟桥和西山还驻着三万北洋精锐。陛下何不从中选拔忠勇精锐，再以勋臣勇武子弟，组建新的侍卫亲军呢？”说话的是王德化，他好不容易见了圣，当然要尽量表现，以期能重返宫中。
在明开国之初，曾经建立了亲军上十二卫，负责护驾左右，护卫宫禁，是直属皇帝的侍卫禁军，这些亲卫直属皇帝，不归属兵部、五府。
在永乐朝时，又增设了十卫，宣德朝又增设四卫，最后合称二十六卫。
这军亲军设立的目的，就是建立一直由皇帝本人亲自掌握的禁卫军，可随着皇帝的权力逐渐被文官，尤其是被内阁所侵夺后，亲军二十六卫，除了一个锦衣卫之外，都逐渐被兵部所控制。
当初整合京营，设立九镇的时候，就是把京军三大营和侍卫亲军都给整合到了一起，现在的第一镇，就包含着原来的侍卫亲军。
不过京军都早腐化了，侍卫亲军也好不到哪去。
而现在，王德化提议从城外的北洋镇兵中抽调精锐，重新组建一支直属皇帝的侍卫亲军，这个提议，还真让朱慈烺很动心。
他从小懂事起，就经常听到父亲崇祯为军事所困。因此现在他对于军事很感兴趣，对于有一支直属自己的亲军的提议更为心动。
他望向刘钧，“皇兄，你以为如何。”
“北洋镇兵能被选入侍卫亲军，那是他们的荣耀。而且从陛下的安全来看，建立一支侍卫亲军，独立于京营，确实很有必要。如此，宫城皇城有侍卫亲军，内外城另有京营守卫，相互制约监督，方是正道。”刘钧对于这个提议自然是同意的，王德化这个提议，其实就是他所授意。
表面上看来，建立一支新的侍卫亲军，不归属京畿三大营，也不归属兵部五府，看起来刘钧这个直隶总督削了权，实际上如果从北洋镇中选侍卫亲军，他的实际控制力还增强了。
况且，宫城和皇城的守卫权，刘钧也不怎么在乎。当他连京军都还没控制的时候，没必要急着去争宫城和皇城的控制权。现在适当的放下权，正好避免大家都盯着他。
王德化提议，皇帝首肯，然后刘钧支持，事情差不多就定了。
周延儒也表态支持，他觉得此时同意另建侍卫亲军，那么一来可以削弱刘钧一些权力，毕竟刘钧这个直隶总督原本是统领所有京畿兵马，现在分出一支来，当然更好。而且，这个时候同意建立侍卫亲军，也能让皇帝的注意力从京营腐化中转移出来，他也能免些责任。
吴甡和刘宗周也同意。
陈新甲倒是不想同意，兵部这些年权利越来越大。不但把五军都督府的权利都侵夺了，连侍卫亲军也都纳入了麾下，除了一个锦衣卫他们管不着，其它二十五卫亲军。实际上早已经跟普通京军没区别了。
甚至在整理京营，建立九营后，整个京畿内外兵马，也都归入兵部之下。
现在要建一支独立于兵部和五军府之外，直属皇帝管辖的侍卫亲军他当然不愿意。可这个时候他哪敢反对。自己头上还顶着一盆子屎呢。
原来侍卫亲军分为两大部份，一部份是护驾侍卫亲军，一部份是守卫侍卫亲军。刘钧提议，侍卫亲军分为三部份，皇城守卫侍卫亲军，宫城守卫侍卫亲军，以及护驾侍卫亲军，并另建一支负责执掌御驾所用仪仗金鼓旗帜的侍卫亲军仪仗队。
皇城守卫亲军、宫城守卫亲军、护驾侍卫亲军，再加上一个皇家仪仗队。不设亲军都指挥使，而是三部侍卫亲军各设一个统领。都直接隶属皇帝直接指挥。
皇城守卫亲军负责守备皇城，同时兼负防盗防火防止贼寇入侵。宫城侍卫亲军则守卫紫禁宫城，负责巡查宫城、守御宫门、杂役等职守，守卫宫禁的绝对安宁。
护驾亲军则负责随驾左右护卫，保护皇帝安全。
至于数量，则每部亲军三千人，仪仗队一千，总计一万人马。
“皇兄，这一万侍卫亲军朕可以亲自挑选吗？”朱慈烺问。
“当然可以，陛下。能被陛下亲自挑选加入侍卫亲军，那是他们的荣耀。”
“我要从京郊外的北洋兵马中挑选。”朱慈烺兴奋的道。
这时周延儒突然上奏，请求把守卫内城外的京军，也从直隶总督下分离出来。独成一军。他的理由是直隶总督统领的兵马过多，不利于相互监督。
说完，周延儒有些得意的望向刘钧。
“陛下，臣同意周阁老提议。可以将禁卫大营三镇兵马整合，裁去老弱，清理空额占名。然后增添部份精锐，补充器械，独成一军。臣以为，此部可定名为禁卫军，其统领长官可称为提督，全称提督京师内城九门兼巡防外城七门禁卫兵马。”
“其职责为掌京师内内外守卫、稽查、门禁、巡夜、禁令、保甲、缉捕等。”
听到刘钧居然如此痛快的把京城守卫交给了这个禁卫军，周延儒有些意外。
不过如此一来，京畿九镇，以后可就剩下六镇了。
侍卫亲军把守宫城皇城和护驾左右，禁卫军负责防守京师内外城，都不再隶属直隶总督统领，侍卫亲军直属皇帝指挥，而禁卫军归属兵部。
不过让周延儒没想到的是，刘钧今天似乎有些发疯。
把京师的防御兵马都划了出去后，刘钧再次向皇帝奏请，见于京军空额严重，因此重新整编清理警备和卫戍两大营，警备大营昌平、通州、密云三镇，由镇改为师，每师压缩整编为三协一万五千人，卫戍大营山海、天津、保定三镇，同样由镇改师，各辖一万五千人。”
就连禁卫军，也只剩下一镇规模，三万编额。
如此一来，整个京畿，侍卫三军一万人，禁卫军三万人，警备营改称警备军，四万五千人，卫戍营改称卫戍军，一样只保留三师编制四万五千人。
整个京畿地区的兵马，加起来只剩下十三万人，还分成三大块。
直属皇帝的侍卫亲军一万人，直属兵部的禁卫军三万人，隶属直隶总督的警备军和卫戍军加起来六万人。
原来是二十七万京畿兵马，整编过后，将只剩下十三万人，而且这还是要包括刘钧的三万北洋兵。这相当于，原来的二十七万京畿九镇兵马，最后只能保留十万人。
而且还得是择优录用，如果条件不合适的则一律裁撤淘汰，招募新军。
连陈新甲都为刘钧的这个计划而震惊了，别的将领都怕自己的兵少，从不会嫌兵多。唯有刘钧，手下原本有九镇二十七万兵，加上三万北洋兵，他都有三十万人马。可他偏偏要来这么一锤子，结果三十万只剩下十三万。
在众人惊叹之时，刘宗周第一个站了出来，再一次第一个支持刘钧。
对于这个倔老头来说，他对人不对事，刘钧的这计划，他觉得对大明朝廷有好处，自然就全力支持。
这个计划通过，那么朝廷的粮饷支出要减少许多，兵也足编足数了。尤其是京畿兵马分成这三大部份后，再不用担心刘钧这样的重臣控制京畿兵马了。
辽东王是个实在人啊，刘宗周心里感叹着道。
而刘钧也再次表态，只要京畿兵马按此方案整顿过后，他愿意负责筹措这十三万人的军饷，以及负责这十三万人的装备更换。
当天，再次整编京军的命令就已经通过了兵部、内阁和总理处、司礼监和司通政、六科整套流程，最后成为一道正式有效的命令，下达到了京畿三大营九镇军营。
这个命令一下，无数官员被免职、调职、降职。六位内外提督、六位巡抚、六位巡按，全都接到了调职令。
现在整个京军系统，只保留一位直隶总督，一位九门提督，以及三位副将衔亲军统领。另外警备、卫戍两军设两个总兵。
原来七位巡抚，现在除了刘钧兼任的顺天巡抚，其余六巡抚全都撤消，相应的六位巡按也都撤消了。
现在直隶做为一个省，只设一位总督兼巡抚，另设一位巡按，其余的各巡抚和巡按全都撤除，减少了事权重叠。
警备和卫戍两镇总兵，有内臣监军和文臣监军取代原来巡抚和巡按对总兵的监督，但又突出了军官们的指挥权。
也是在这次的会议上，正式确立了总督和巡抚做为地方正式官员，而不再只是临时派遣官员。总督从一品，巡抚正二品。
各承宣布政使司，则正式更名为省。
每省设一巡抚，而一省或数省设一总督，如重要的直隶省虽只一省单设总督，但由总督兼巡抚，不再另设巡抚。
南直隶也正式设省，一分为二，长江以北设江北省，长江以南设江南省，江南江北二省与江西省三省设三江总督，三省各设一巡抚。
大明全国正式划分为二十一省，直隶、山西、河南、山东、辽东、辽西、陕西、甘肃、四川、湖南、湖北、江西、江北、江南、浙江、福建、台湾、广东、广西、云南、贵州。
在原来两京十三省的基础上，从湖广省分出湖北省，福建省分出台湾省，陕西省分出了甘肃省，又把两京设立直隶、江北、江南三省，加上从山东省分出的关外辽东和辽西二省，使得大明的省达到了二十一个。
直隶总督、山东总督、辽西总督、辽东总督、陕甘总督、山西总督、三江总督，川湖总督、云贵总督、河南总督、东南总督、两广总督，二十一省分为十二总督。
十二总督下，二十一省每省只各设一巡抚、巡按，原来一省之内设立的多位巡抚、巡按，都只保留一位。。