因为风暴偏离了航线，使得郑森大军没有直达马尼拉湾，这也就失去了攻打的突然性，使得攻打马尼拉城困难了许多。
西班牙人在吕宋总人数也就不到两千，其中还有一半是家属。不到一千的军队控制着这么大的岛屿，自然非常的吃力。
不过吕宋的土著大都被西班牙人杀怕了，早已没了反抗的勇气，有马尼拉城堡和炮台在，荷兰人、英吉利人也不敢打马尼拉的主意。
所以，在西班牙人眼里，并没有能威胁到他们再在吕宋的存在的势力。唯一有威胁的恐怕就是越来越多的明人移民，不过西班牙统治者一直在压制明人，并挑拨本地土著和明人之间的关系，玩弄平衡玩的非常溜。
当郑森带军抵达吕宋岛时，西班牙人大都分散在马尼拉四周的广阔空间，忙着收集香料以及向土著部落收税。闻听有明军船队到来匆匆集结军队，退守在马尼拉城。不过集结的军队总数也就五六百人而已。
然而就这点人马，也给郑森带来了沉重打击。
两万多军队登陆马尼拉，面对的不过是数百西班牙军，不管是郑森还是郑军诸将，都认为打下马尼拉城并无问题。
登陆的第三日，在郑森的命令下，周全斌等将带着五千军队开始向马尼拉城展开进攻，士兵们抬着匆匆扎就的攻城竹梯，向着马尼拉城冲去。然而等待他们的先是猛烈的火炮，然后是犀利的火铳。
在马尼拉城堡外有西班牙人的炮台，用以控制附近海湾，协助守城。正是这炮台逼得郑军船队不得不在远离马尼拉城十里的海岸下锚停泊。而现在又给攻城的郑军带来了极大的打击。
沉重的弹丸呼啸而来，落在行军的郑军队列中，被砸在擦着碰着均是骨断筋折。虽然造成的伤亡不算很大，但对士气的打击却是很大。哪怕再坚固的盾牌，在巨炮面前也是白搭。
好容易攻到了炮台附近，周全斌指挥着士兵进攻炮台时，却遭到不远处马尼拉城的猛烈射击。炮台就在马尼拉城外五十步的地方，不论从哪个地方进攻都会遭到城头的攻击。
仅仅是攻打炮台的战斗，便付出了三百多人的伤亡，而炮台却未伤分毫。
攻打马尼拉城堡的行动更是虎头蛇尾，在坚固的棱堡面前，每一个进攻的士兵都要面临来自三面的打击，而棱堡的结构又让进攻方的兵力完全无法展开。
死伤了一千多人，周全斌等将不得不撤了下去，第一次进攻败了。
郑森召集诸将，筹划攻城的办法，可面对坚固的城堡，所有人都没了主意。这种棱堡和大明四四方方的城池不同，就如同长满利刺的刺猬，简直让人无处下嘴。
“总制，咱们的粮食不多了，必须得尽早拿出办法。”郑芝豹说道。
“强攻不行，咱们就围着！
三叔你负责带人发动吕宋所有明人，把他们召集起来为咱们所用。吕宋大部分庄园的主人都是咱们明人，总人数有两万多人，咱们没有粮食他们却有，花钱从他们手里收购粮食，并警告他们不许给城里的西班牙人提供任何粮食物品。
全斌你们负责带领一半的军队和召集的明人民夫，拿着从本地百姓家里找到的工具，在马尼拉城外三里的地方挖土修墙，给我修筑土墙把马尼拉城围起来，我要把城里的西班牙人彻底困死！
剩下的军队则在河流两岸平坦的地方开垦田地，进行屯田。咱们已经没有了任何后援，只能自己种粮自己吃，现在才刚刚入夏，这吕宋气候温暖湿润，现在种下粮种，秋后还能收获一季秋稻。”
郑森把盘算好的一一吩咐下去。强攻马尼拉城堡失败，他便做出打持久战的准备。手下就剩下这点人马，他不愿再耗费在无谓的攻城之中。
你马尼拉城堡不是坚固吗？老子便把你围起来困死，看你城堡里的粮食能够坚持多久？
接下来的日子，在郑森的指挥下，两万多军队挖沟筑墙、开荒种地，忙的是热火朝天。
而对郑军的到来，吕宋的数万明人都持欢迎态度，吕宋的明人大都来自闽粤两省，没有不听说郑家名声的。这些人为了生活背井离乡远赴海外，然而来到海外依然遭到西班牙人的残酷压迫。
担心越来越多的明人威胁到自己的统治，西班牙人扶持吕宋土著极力压制着明人，不仅征收沉重的税赋，没过一段时间都会进行一次屠杀。历史上西班牙人对明人的大屠杀共发生过两次，一次是万历三十五年，一次是崇祯十二年，每一次都是人头滚滚，数以万计的明人惨死在西班牙和土著们的屠刀下。崇祯十二年的大屠杀，共计五万明人惨死。
然而明知道西班牙人对待明人残忍的态度，可还是有无数的明人漂洋过海来到这里谋生，这不能不说是一种悲哀。因为西班牙人的统治固然残酷，可吕宋温暖湿润的气候，无数肥沃的土地还是让闽粤一带无地的贫民趋之若鹜。西班牙人赋税虽重，却重不过士绅地主，只要辛苦劳作，赚取养家糊口的银子丝毫没有问题，在吕宋，大部分明人过得要远比在家乡好。
不过明人到底是明人，不管走到哪里都认同自己华夏的身份，现在来自大陆的军队虽然让他们不安，却还是积极帮助着郑军将士在岛上立足。
他们拿出自家的粮食，他们帮着军队修筑围城的土墙，修筑防御工事。因为他们知道，一旦郑军败走，西班牙人绝对饶不了同为明人的他们。
看着明人军队竟然做出长久围困的姿态，眼看着城外的土墙越伸越长，城堡内的西班牙人也急了，若是这样持续下去，马尼拉城便会被明人彻底围死。城内虽然有不少粮食物质，可又能撑多久？
而诺大的吕宋群岛，西班牙人也只拥有马尼拉和宿务两个据点，宿务岛上的西班牙人更少，人数只有二百余人，便是知道这边被围也无力援救。而距离马尼拉最近的军队便是新大陆，西班牙人在墨西哥有着强大的军队。可是新大陆距离吕宋数万里之遥，等到墨西哥总督知道吕宋的消息再派军队前来，哪里还来得及？
所以，西班牙总督知道，必须得主动出击，只有击败明人军队，马尼拉才有守住的希望！