当太阳照射入房间时，千钧心满意足的从床上起来，有了女人的感觉还真是不一样啊。他惊奇的发现体内的生命源泉充满了生命原力，他终于知道了生命源泉除了通过从9种自然力量那里转换外，可以从相爱的人那里得到补充，他有点好笑的感觉。自己这些年来费了多少自然力量，居然在昨晚一夜之间就得到了同等的生命原力。
而且，他察觉那9颗各系力量晶石突然间把体内的生命原力一下子吸光了，于是9颗晶石恢复强大的感应和储备能力，那颗代表地球和生命的蓝色晶石也光芒四射，现在通过蓝色晶石能够感应到其他的力量晶石，这个还真够邪门的。千钧却坐在床上喘气，真是够呛啊，现在生命源泉几乎枯竭，自己可不想再通过其他9种自然力量进行转换，太不划算了，恩，今天晚上可以找绫花来慢慢恢复，这个速度可快多了。千钧拿起那颗靛青色的风之晶石，就把它送给绫花吧，她一定很开心的。
千钧奇怪绫花怎么今天没喊自己起床吃饭，这才发现绫花突然不见了，只看到餐桌上留下的一封泪水印湿的信。他感觉绫花可能有事情了，打开信，果然写满了离情别绪，最后面写着，“与君四年相知，蒙君怜惜，恩爱如蜜，今日相别，只恐相见无期，望君珍重。红颜挚爱吉野绫花别笔，×××。”手中的信飘落在地，千钧呆呆发愣，多情自古伤离别，这种事情自己怎么会碰到。
发了一会呆，千钧逐渐恢复过来，强行压下心里的悲伤，自己得想办法把她找回来，继而摇了摇头，瞧信里的意思，她好像要去做一件重要的事情，恐怕事情结束前就算把她带回来她也不会开心。千钧感叹，天要下雨娘要嫁人，让她去吧。如果有缘，还会再见面的。当他看到绫花留给自己的早饭，还有好多地方都贴满了温馨的纸条，提醒自己各种事项，心里的悲伤再也忍耐不住，眼泪不争气的往下掉。
吉野绫花平时就像个好妻子好姐姐一样，把所有的事情都不声不响地替自己做好了，现在她突然走了，千钧的心里空落落的。千钧恼怒，可恶，我可是好久没有掉过眼泪，这个死丫头，下次见到一定要她好看。
正当千钧化悲愤为食欲努力与早餐较劲时，却意外接到阿笠博士的电话，让他赶快过去一趟，出了大事情。当千钧看到眼前这个缩小版的新一时，大惊失色，“博士，这个是新一的弟弟吗？我k，工藤大叔与有希子姐姐造人的速度是不是太快了点？不会是双胞胎还有一个吧？”千钧没有一眼认出是柯南来，是因为他印象中的柯南一直戴着个大眼镜。博士差点晕倒，新一也是一脸黑线。原来新一因喝下尚未研制成功的神秘毒药，身体神奇般的变小了，甩开了到处寻找受伤孩子的两个巡警，在天亮时逃回自己家，然而却不够高打不开大门。
这时刚好听见一声爆炸，博士再次从倒塌的墙下爬来出来，实验又失败了。阿笠博士起初认为他是新一家的亲戚，还好心指路。新一只好说出自己的身份，他现在需要别人的帮助，为了让博士相信，新一说出博士的秘密。博士今年五十二岁了，新一说他虽然自称是天才，其实制造的东西多是破铜烂铁，唯一的成绩是花了十年时间才研究出了最新的手机。
博士屁股有黑痣，长毛，博士十分生气，怀疑工藤新一把自己的事情到处乱传。新一解释说自己是因为喝了毒药变小，博士根本不相信有这种药物，认为他是个奇怪的小鬼头，胡说自己是新一。因此博士要拉他见警察，新一只好用推理证明了身份。
千钧听完介绍大吃一惊，晕啊，昨天新一是碰到黑暗组织的琴酒和伏特加了，小兰也没有向自己提起云霄飞车事件。偏偏自己昨晚忙着推倒绫花，不然的话把他们两个干掉，以后就不用担心同时与两个庞大组织作战了，这两线作战是兵家之大忌。在帮着新一穿上小时候的衣服后，千钧生气埋怨，“可恶，新一，你逞什么能啊？发现事情不对你为什么不赶快通知我就单独行动？你看看现在弄成这个样子，跟踪偷窥不是你的特长。要是我在早把他们都抓起来了，真是的。”新一也是悔得肠子都青了，果然是术业有专攻，可是现在只能想办法变回去才是正理。
新一要求阿笠博士赶快给自己制造解药。博士苦笑，不知道药的成分，没法弄啊。博士提醒他保密，否则会引来不可预料的杀机。千钧皱着眉头，“新一，这个组织能发明出这么厉害的药物，绝不简单。你说的那两个家伙肯定也是了不起的高手，才能那么快就发现你。现在倒是有一个人能帮助我们，他是专门对付这种奇怪的组织的，前提是你不怕他把你解剖分析就行。”新一满脸冷汗，“切，我早想过了，不行啊，我可不想被山本一夫那个屠夫拿去做实验，那家伙出了名的没人性。”倒是博士第一次听说山本一夫的名字，千钧向他解释了秘密调查局的事情。千钧提出让博士给他与新一弄个小型的通讯器便于联络，手机的话，现在小孩子用太显眼了。
趁着博士忙着去找通讯器材，千钧急忙低身问：“新一，你昨天把小兰给推倒了吗？”新一一脸郁闷，“没有，根本就没来得及啊。”千钧一脸幸灾乐祸，“让你早点动手，你就是不听。现在弄得鸡飞蛋打……”新一也是黑着脸，“你还说，你是不是我搭档？可恶，赶紧给我想办法，我这个样子怎么去见小兰和麻美啊？”千钧挠了挠头，“新一，这个我可真没办法了，你知道我对药理学一窍不通啊。不过，这个组织研究这种药品是不是想找到长生不老的办法？”
新一也吃了一惊，“有这种可能，可现在资料太少怎么办？孙子兵法里面还说知己知彼百战不殆呢。”千钧说道：“新一，你首先得有个新的身份吧，否则他们发现你没死肯定会找上门了，有千日做贼的哪有千日防贼的啊。”新一低头陷入沉思。博士兴冲冲的过来，拿来了一个徽章和一个腕表，徽章交给新一，腕表交给千钧，并解释了使用方法。千钧忍不住赞叹博士可真行，博士笑，“呵呵，这个实际上是我研究手机时不成功的两个实验品，两个器材只能彼此相互联系，其实没太大用。”
早上，小兰一晚上没睡好，天亮打电话到新一家，没人接听。而毛利大叔在家里又制造了一堆垃圾，小兰很是生气，说妈妈就是这样被气跑的。小五郎恼怒，“我也有选择工作的权力，当侦探的没有一个好东西，以后你少跟那个装腔作势的新一来往。”小兰苦笑，“爸爸，你自己不也是侦探吗？”小兰担心新一，而工藤夫妇3年前就都去了美国，决定立即出去找，大叔郁闷大叫我的早餐呢？
小兰一路疾跑赶到工藤宅，发现门开了，心里大喜，以为新一已经回来了，就大喊着进去。阿笠博士和千钧都吓了一跳，急忙让新一先躲起来，小兰进来后见到博士和千钧，奇怪新一怎么不在，千钧开始扯谎，“小兰，新一突然接到一件超大的案子，不得不连夜到外面办案去了，一时间没办法回来，托了我和博士照看一下家里，顺便告诉你一声。”
小兰听了脸上都是失望和恼怒，开始埋怨起新一来，而新一在里面听见忍不住腹诽，结果弄出动静，被小兰发现。他情急之下带上了父亲的平板大眼镜，小兰过来，一见大喜，觉得这孩子好可爱，一把就搂在怀里。新一的脸蛋紧贴着小兰的柔胸，小手还不老实的摸起来，幸福得脸都红了，脑子里自然是想入非非。
博士急忙解释这孩子的亲人在意外事故中受了伤而拜托自己看顾的，小兰热情的抱着新一，松开后问他的名字，新一说，“我是新，啊，不不……江户川……柯南……”他恰好看到了书架上《江户川乱步》全集，而他爸爸又是柯南道尔的书迷，于是灵感一动，就以江户川柯南之名来掩饰身份。千钧苦笑原来柯南这个名字是这么诞生的啊。
江户川乱步是日本著名推理作家、评论家。被誉为“日本侦探推理小说之父”，本名平井太郎，是日本推理“本格派”的创始人。他的小说有丰富的想象力，风格怪异，情节曲折离奇。江户川乱步侦探小说奖，奖品是一尊夏洛克·福尔摩斯座像。
阿瑟·柯南·道尔，中文完整译音是柯南德伊鲁（名侦探柯南动画版就是如此翻译），是世界著名小说家，堪称侦探悬疑小说的鼻祖。因成功的塑造了侦探人物――夏洛克·福尔摩斯而成为侦探小说历史上最重要的小说家之一。“真实如钢，耿直如剑”是柯南道尔爵士的墓志铭。他的另一部著名的小说——《失落的世界》更是一部跨时代的作品，开创了探索史前生物之谜的先河，现在看到电影《侏罗纪公园》这些作品的最早源头都来自于柯南道尔的这部小说。
小兰觉得柯南这个名字好奇怪，一般的日本人很少用这种名字的。阿笠博士灵机一动，就提出想把柯南寄放到小兰那里，理由是他是单身汉不方便（小兰误解柯南为博士的亲戚）。柯南大惊失色，博士只好告诉他借助毛利侦探作为掩护可以来查找黑衣组织的下落。小兰说回去跟父亲说一下，笑着拉着柯南离开了。
回去的路上，小兰牵着柯南的手承认了自己很喜欢新一，又责怪新一不解风情，不过在紧急的时候很可靠很勇敢。小兰问柯南有没有喜欢的女孩，柯南只好红着脸说没有。当柯南在毛利侦探事务所门口看着珠泪连连的小兰，忍不住即将说出自己的真实身份时，毛利小五郎从楼上以夸张的姿态滚下来，打断了柯南，“事件在呼唤我名侦探毛利小五郎。”
柯南嘲笑，“不是名侦探，是迷侦探吧。”原来毛利侦探接到了多年来第一件刑事案件委托，谷社长的千金被绑架了，冲上出租车的小五郎发现女儿带着个孩子，大怒，想让他们下去，小兰生气说，“现在已经上了高速公路了，怎么下去啊？”小五郎不赞成收养柯南，理由是没人付寄养费，柯南黑着脸吐槽。
等赶到弥生镇谷宅，小五郎和柯南弄清楚了事情的起因。被绑架的孩子是十岁的小女孩谷晶子，管家麻生先生说他曾亲眼看到黑衣犯人，犯人绑架正在院子里玩耍的谷晶子，交换条件是公司关闭一个月，不许报警，然后爬上松树逃走了。柯南和小五郎又询问女仆甲乙，她们都说没有看到绑匪。柯南颠着足球陷入沉思，却令小兰想到了新一思考的习惯。
柯南明白了事情的真相，开始在现场捣乱以此提醒毛利叔叔，却被小五郎打了满头包。因为没有人听到家里的狗叫声，经过提示的小五郎也断定犯人就是麻生先生，麻生先生也承认了。就在此时犯人又打来电话想要3亿赎金，这次谷晶子真的被绑架了。谷晶子在电话里说她被关在能看见烟囱的学校仓库。柯南依靠天生的狗缘，骑上谷先生家的大狗巨无霸，开始了艰难的搜寻。
这时候，千钧和博士忙着分头到相关部门给柯南制造新的档案，还好小孩子的档案管理也比较松懈。千钧通过腕表接到柯南请求帮助的信息，立即驱车赶过去。千钧抱怨有烟囱的学校太多了，让柯南提供点更有用的信息。柯南也是疑惑，自己和千钧分头找了不少学校，都没有线索。忽然间他明白过来，那个谷晶子只是个孩子，她说的烟囱其实是大楼的侧面，因为很高有看不到亮光，误以为是烟囱。
柯南率先找到地点二桥中学，绑匪正打算杀人灭口。“柯南，我是个侦探”，摆谱后因为身体变小，坏人凶恶，差点送命。还好那条大狗冲上去挡了一阵，才没有酿成悲剧。这时候千钧率先杀到，从车中拿出七夕剑，剑未出鞘，只轻轻一击就打倒了穷凶极恶的绑匪。这时候小兰和小五郎也先后赶到，毛利大叔还在歹徒身上踩上几脚，声明是名侦探小五郎所擒。
事后谷晶子说出最先想出绑架的其实是她自己，谷社长因为工作很忙，所以不能经常陪女儿晶子，于是她就串通管家麻生策划了一次伪装的绑架事件。谁知道最后真出现了绑匪，弄假成真了。最后谷先生答应陪女儿去欧洲旅行一个礼拜。谷晶子又机警又可爱，先过来感谢千钧，“怪叔叔，谢谢你打倒了那个坏蛋。”
千钧又揍人的冲动，“喂喂，我只比你大七岁，看上去有那么老吗？”柯南忍不住捂着肚子哈哈大笑，小兰也忍俊不已。谷晶子也莞尔，“呵呵，对不起了怪哥哥。”千钧这下无语了，为什么非要带那个怪字？谷晶子转而对柯南说：“谢谢你，侦探先生。”柯南一看小兰有疑惑，赶紧说指的是毛利叔叔，毛利侦探闻言，大笑不止，丑态毕露，还说放狗寻找是自己多年的丰富经验，柯南暗道那是我想出来的办法。
谷社长说随后就会把委托费付给毛利侦探，而这时目暮警官接到报案，带人把那个可怜而又没有名字的绑匪逮捕，后来这个绑匪因绑架罪被法庭判处2年徒刑。目暮警官脸色不善的看着毛利小五郎，大吼：“毛利，为什么发生绑架案你不马上报警通知我？你是不是信不过我们警方？……”
小五郎满头大汗，一个劲地鞠躬道歉，请求目暮警官原谅。由于小五郎此次抓获了绑匪救出女孩，目暮警官还是让警视厅给以了c级奖励，本来应该是b级的。绑匪因绑架勒索意图杀人灭口被法庭判处6年徒刑。毛利小五郎起初对家里多出个人有所不满，由于顺利的侦破了他半年来的第一个刑事案件，他大喜过望，认为是柯南带来的好运――福神降临，拍着柯南的头说做儿子都行，一口答应柯南住下来，柯南头上满是黑线。
回到千钧宅，千钧觉得自己脑子里面乱糟糟的，今天发生了太多的事情，先是吉野绫花不告而别，接着又是柯南突然从远方走来，后面又是绑架案，最让他郁闷的是今天再次被人呼为怪叔叔。家里的黑闪突然跑过来，冲着自己哀叫，千钧想起来经过这一天的折腾，黑闪的午饭都还没吃过。绫花不在，自己和黑闪成了难兄难弟，总不能效仿阿笠博士天天到外面餐厅吃饭吧。
门口这时候传来汽车喇叭的声音，原来是由美回来了，千钧终于松了口气。由美像往常一样笑盈盈的把车停好后下来往屋里面走，千钧过来紧紧把她抱在怀里，感受着她身上的体香和柔软。由美让他温存了一会儿，使劲把他推开，“千钧，你好了没有啊，真是的，又乱摸我。”当由美听到绫花已经留书里去后，也是十分难过，鼻子酸酸的，她们四年相处早已是情同姐妹。;