在一个叫“神奇宝贝”的世界里有着一种生物——神奇宝贝。
神奇宝贝是一种非常非常不可思议的生物，其种类有……100、200、300、400……不，可能更多也说不定。
不管是在陆地上、海洋里、天空中、森林里、火山中、雪山中、城市里……在世界上的各种地方都可以见到他们的身影。
人和神奇宝贝会以成为神奇宝贝对战这项竞赛的冠军为目标，彼此同心协力并肩作战；会以朋友的身份、伙伴的身份，彼此心意相同，一起共同生活……
有多少神奇宝贝就有多少个梦想，有多少神奇宝贝就有多少邂逅，有多少神奇宝贝就有多少次冒险在等着你……
……
而这个故事，要从这里开始……
……
在神奇宝贝世界的一个扭曲的时空夹缝之中，这个空间时间于空间在互相碰撞，时不时传来一阵阵气场，怒气笼罩了这个时空夹缝，而这怒气的来源于两只精灵身上。
“唲~！”
一只蜷曲着的大型紫色神奇宝贝吼叫着，“啊！”而在它的对面是一只蓝色的大型神奇宝贝。
它们在这里激战了很久很久，不知道碰撞了多少次已经不知道过了多久它们的体力快不行了，各自用出了大招。紫色精灵的手臂上那珍珠在闪耀着，它在在手上凝聚了出了一团粉色能量，手一挥，划出一道散发着空间能量的粉色弯月冲向蓝色精灵，蓝色精灵胸口的钻石也在闪耀，它从嘴里射出一道充满着时间能量的能量柱。
“轰~”
两股强大的能量碰撞在一起，周围的空间、时间仿佛破碎了似的…………。
……
在一个昏暗的房间里，在一台电脑前，一位正在玩口袋妖怪的少年。“乎～，终于抓到你了。”少年道。这位少年叫阿桂，是一个高中生，他从小就很喜欢神奇宝贝，也喜欢玩神奇宝贝的游戏——口袋妖怪。阿桂现在是个孤儿，父亲在阿桂刚出生的时候就去世了，母亲在阿桂还是读小学的时候也去世了，他也没有什么亲人，他可以说是生无可恋了。
突然，在他的身后出现了一个犹如深渊的黑洞，“啊！”强大的吸引力把阿桂吸了进去。阿桂感觉精神一恍惚，就被吸到了里面，在这里面，像一条长长的隧道，阿桂在嘶吼着，阿桂感觉得到自己的身体在不断的变小，变小，终于，阿桂的身体消失了，只剩下了一个灵魂在飘荡着，阿桂感觉自己就像不存在一样，在这个条长长的隧道飘着，也不知道飘了多久，也不知道过了多久，在他的背后出现了升起一道光芒，光芒照耀在阿桂的灵魂上，灵魂仿佛在闪耀着，最终这光芒把阿桂吞没，阿桂也昏了过去，这光芒有着强大的吸力把阿桂吸了进去......。
......
“啊，啊……啊……”在一个小镇上，传来一阵阵女人的嘶吼声。
女人吼叫了一会，最终平息下来了，但是这个女人还是大声的喘着气，这时，一个男人高兴的抱着这个新生的生命说道：“生了，生了，是个男孩！太好了！”
男人抱着小婴儿跑出家门，看着家门前那棵开着黄色的花儿桂花树，闻着空气中从桂花树上带来的清香。
男人看了看桂花树，又看了看在怀中熟睡的小婴儿……
这时，那个女人也从屋中走了出来，她看着那桂花树和闻着桂花香，全身舒服了不少，然后，又看向了抱在男人怀里的小婴儿……
“他的名字就叫……”男人和女人同时说道，他们都知道对方想说什么。
……
阿桂被光芒弄的昏了过去，然后，又莫名其妙的陷入了无尽的沉睡当中……
……
两年后
一个晴朗的早晨，在一个明亮的房间里的一张床上静静的躺着一个人，斜阳射在了他的脸上。
仿佛睡了很久很久，睁开眼，“少年”看到了白色的天花板，在心里想“这是哪？”他站了起来看向四周，这是一个干净、整洁的房间，他来到了镜子前看了看自己，他惊讶的发现自己变成了一个两三岁的孩子，粉嫩光洁的皮肤，一头浓黑的头发，大大的眼睛仿佛闪着光。他在心里想“这是怎么回事？是不是我穿越了？”
正当他惊讶的时候。门开了，走进来了一男一女，他们好像是四十几岁的样子。女的对着男孩道:“宝贝你醒了，走，去吃早饭。”男孩在心里想“这是我妈妈？”男孩下意识的答应了一声。来到餐厅，在里面有一个蛋型生物正在摆碗具。男孩看着发呆，因为他再熟悉不过眼前这个生物了——吉利蛋。
他瞬间懵了。
“这里难道是……”
“对，这里是神奇宝贝的世界。”
他很心喜，因为他在前世是一个神奇宝贝迷，他在前世能够把神奇宝贝图鉴背的烂熟。他在心里想“我不是在玩口袋妖怪吗？怎么真的到神奇宝贝的世界了。”
这时，在他心中有一个梦想开始发芽生根了——神奇宝贝大师。
在夜晚，少年静静的躺在床上。心里想着“我是怎么来到这里的？”突然，在他的脑海中浮现了两只精灵。这两只精灵的出现很是让少年惊讶，而且，他在穿越前捉的精灵正是这两只精灵的其中一个……。
那两只精灵满脸歉意的说道:“对不起。”
少年疑惑的问道:“为什么要说对不起？”
两只精灵带有歉意的说道:“我们在战斗的时候不小心把空间和时间撕裂了，把你吸到了这个世界。”
“哦！原来是这样啊！”少年仿佛知道它们能撕裂空间和时间一般，并没有太惊讶！
“你现在回不去了，因为是我们的原因把你拉进了这个世界，所以就由我们来偿还吧！说吧，你想要什么？只要不越过我们的底线就行。”两精灵知道它们这次犯了大错，如果让那个家伙知道的话，它们就会很惨，虽然那个家伙还在沉睡。
“以后再说吧！”阿桂摆了摆手说道。
……
在今后的日子里他知道了自己的名字——林勇豪桂，不过平时别人都叫他阿桂。
他的爸爸叫林勇野龙，是一位在科学界很有名气的科学家。
他的妈妈叫大木玲蓝，是神奇宝贝九级饲育家，还是大木博士的女儿。
他还有一个哥哥和两个姐，哥哥叫林勇武，是现任的关东联盟冠军，也是家中的老大。
老二是大木蓉，是城都地区有名的神奇宝贝研究员，现在自己开了一个研究所。
老三是大木彤，是个神奇宝贝七级饲育家，在丰缘地区开了一家神奇宝贝饲育屋，
林勇武的妻子是现任关东地区四天王的草系天王芳琳希。
阿桂的外公就是大名鼎鼎的小精灵研究家——大木博士，全名大木雪成。
他也知道了他家就住在梦想的初始城镇——真新镇。
……
他在今后的日子里跟妈妈学习饲育神奇宝贝，还时不时地跟爸爸学科学，还经常去大木博士那里学习神奇宝贝知识。因为阿桂上一世父母都死了，所以，他为了自强，学了五门功夫。他也每天坚持练武。
······
两年后。
“阿桂，你舅舅有儿子了，还有你花子阿姨也有儿子了。”妈妈开心的说道。
阿桂的舅舅是大木博士的儿子大木森，是现任城都地区的冠军，他的儿子叫大木茂，就是人称“茂爷”的——小茂。
而花子阿姨是阿桂他妈妈的一个在镇上的好朋友，她的儿子就是大家所熟知的神奇宝贝的主角，人称“智爷”的——小智。
……
一天，爸爸严肃的对阿桂说：“阿桂，你也四岁了，该去上神奇宝贝学校了。”
“嗯”阿桂答应了一声。
……
次日，阿桂就去上神奇宝贝学校了。阿桂来到学校，走进教室，老师热情的说道：“这是今天我们班新来的同学，你做个自我介绍吧！”
“大家好，我叫阿桂，希望在今后的日子里与大家好好相处。”阿桂也是高兴的说道。
“好，阿桂同学，你就跟冰霜坐吧！”老师指给了阿桂一个位置。
阿桂来到坐位坐下，这时，他的同桌说道：“你好阿桂，我叫冰霜，你可以叫我阿冰，很高兴认识你！”
“我也很高兴认识你！”
在今后的一年中，阿桂和阿冰成为了好朋友，阿桂也知道了，阿冰的爷爷是希鲁夫公司的老板，阿桂和阿冰还成了一个组合，这个组合是——火龙队。阿桂和阿冰因为成绩优秀紧用了一年就完成了学业。
在离开前一天，阿桂和阿冰在夕阳的照耀下依依惜别，阿桂道：“阿冰，我一定会记得你的，你是我永远的好兄弟。”
“嗯，你也是我的好兄弟。”
“对了，阿冰，你十岁时也要旅行吧！”
“嗯。”
“好，那么六年之后石英大会上见。”
第二天，阿桂从学校返回到了家中……。