《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络”这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰”，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰”，可知《灵枢》即《针经》。而其他《素问》注中所引《针经》，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
《灵枢》名称的演变大略如此，而其命名之义则需具体分析。马翃和张介宾认为是因为枢机之玄奥。《灵枢》主要研究的是针刺问题，故称《针经》；因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。
元代胡氏“古林书堂”刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只有二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少的缘故。
总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的版本。
史崧改编的二十四卷本《灵枢》是现存最早和唯一行世的版本。
黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。
《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。
《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
素问目录
南朝·全元起篇
卷一，平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。
卷三，阴阳离合论第十九，十二脏相使篇第二十，六节藏象论第二十一，阳明脉解篇第二十二，五脏举痛第二十三，长刺节篇第二十四，凡六篇。
卷四，生气通天论第二十五，全匮真言论第二十六，阴阳别论第二十七，经脉别论第二十八，通评虚实论第二十九，太阴阳明表里篇第三十，逆调论第三十一，痿论第三十二，凡八篇。
卷五，五脏别论第三十三，汤液醪醴论第三十四，热论第三十五，刺热篇第三十六，评热病论第三十七，疟论第三十八，腹中论第三十九，厥论第四十，病能论第四十一，奇病论第四十二，凡十篇。
卷六，脉要精微论第四十三，玉机真藏论第四十四，刺疟篇第四十五，刺腰痛篇第四十六，刺齐论第四十七，刺禁论第四十八，刺志论第四十九，针解篇第五十，四时刺逆从论第五十一，凡八篇。
卷七，阙。
卷八，痹论第五十二，水热穴论第五十三，从容别白黑第五十四，论过失第五十五，方论得失明著第五十六，阴阳类论第五十七，四时病类论第五十八，方盛衰论第五十九，方论解第六十，凡九篇。
卷九，上古天真论第六十一，四气调神大论第六十二，阴阳应象大论第六十三，五脏生成篇第六十四，异法方宜论第六十五，咳论第六十六，风论第六十七，厥论第六十八，大奇论第六十九，脉解篇第七十，凡十篇。
以上八卷，合七十篇也。
唐·王冰篇
摄生，阴阳，脏腑，治法，脉法，病机，病证，刺法，精气血，运气，四诊合参
卷一，上古天真论篇第一，四气调神大论篇第二，生气通天论篇第三，金匮真言论篇第四。
卷二，阴阳应象大论篇第五，阴阳离合论篇第六，阴阳别论篇第七。
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卷三，灵兰秘典论篇第八，六节藏象论篇第九，五藏生成篇第十，五藏别论篇第十一。
卷四，异法方宜论篇第十二，移精变气论篇第十三，汤液醪醴论篇第十四，玉版论要篇第十五，诊要经终论篇第十六。
卷五，脉要精微论篇第十七，平人气象论篇第十八。
卷六，玉机真藏论篇第十九，三部九候论篇第二十。
卷七，经脉别论篇第二十一，藏气法时论篇第二十二，宣明五气篇第二十三，血气形志篇第二十四。
卷八，宝命全形论篇第二十五，八正神明论篇第二十六，离合真邪论篇第二十七，通评虚实论篇第二十八，太阴阳明论篇第二十九，阳明脉解篇第三十。
卷九，热论篇第三十一，刺热篇第三十二，评热病论篇第三十三，逆调论篇第三十四。
卷十，疟论篇第三十五，刺疟篇第三十六，气厥论篇第三十七，咳论篇第三十八。
卷十一，举痛论篇第三十九，腹中论篇第四十，刺腰痛篇第四十一。
卷十二，风论篇第四十二，痹论篇第四十三，痿论篇第四十四，厥论篇第四十五。
卷十三，病能论篇第四十六，奇病论篇第四十七，大奇论篇第四十八，脉解篇第四十九。
卷十四，刺要论篇第五十，刺齐论篇第五十一，刺禁论篇第五十二，刺志论篇第五十三，针解篇第五十四，长刺节论篇第五十五。