卷十五，皮部论篇第五十六，经络论篇第五十七，气穴论篇第五十八，气府论篇第五十九。
卷十六，骨空论篇第六十，水热穴论篇第六十一。
卷十七，调经论篇第六十二。
卷十八，缪刺论篇第六十三，四时刺逆从论篇第六十四，标本病传论篇第六十五。
卷十九，天元纪大论篇第六十六，五运行大论篇第六十七，六微旨大论篇第六十八。
卷二十，气交变大论篇第六十九，五常政大论篇第七十。
卷二十一，六元正经大论篇第七十一，刺法论篇第七十二（遗篇），本病论篇第七十三（遗篇）。
卷二十二，至真要大论篇第七十四。
卷二十三，著至教论篇第七十五，示从容论篇第七十六，疏五过论篇第七十七，徵四失论篇第七十八。
卷二十四，阴阳类论篇第七十九，方盛衰论篇第八十，解精微论篇第八十一。
枢目录
卷一、九针十二原第一，本输第二，小针解第三，邪气藏府病形第四
卷二、根结第五，寿夭刚柔第六，官针第七，本神第八，终始第九
卷三、经脉第十，经别第十一，经水第十二
卷四、经筋第十三，骨度第十四，五十营第十五，营气第十六，脉度第十七营卫生会第十八，四时气第十九
卷五、五邪第二十，寒热病第二十一，癫狂第二十二，热病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，杂病第二十六，周痹第二十七，口问第二十八
卷六、师传第二十九，决气第三十，肠胃第三十一，平人绝谷第三十二，海论第三十三五乱第三十四，胀论第三十五，五癃津液别第三十六，五阅五使第三十七，逆顺肥瘦第三十八血络论第三十九，阴阳清浊第四十
卷七、阴阳繋日月第四十一，病传第四十二，淫邪发梦第四十三，顺气一日分为四时第四十四，外揣第四十五，五变第四十六，本藏第四十七
卷八、禁服第四十八，五色第四十九，论勇第五十，背俞第五十一，卫气第五十二论痛第五十三，天年第五十四，逆顺第五十五，五味第五十六
卷九、水胀第五十七，贼风第五十八，卫气失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一动输第六十二，五味论第六十三，阴阳二十五人第六十四
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行针第六十七，上膈第六十八，忧恚无言第六十九寒热第七十，邪客第七十一，通天第七十二
卷十一、官能第七十三，论疾诊尺第七十四，刺节真邪第七十五，卫气行第七十六，九宫八风第七十七
卷十二、九针论第七十八，岁露论第七十九，大惑论第八十，痈疽第八十一。
黄帝内经》基本理论精神包括：整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等：
①“整体观念”强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。
②“阴阳五行”是用来说明事物之间对立统一关系的理论。
③“藏象经络”是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。
④“病因病机”阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。
⑤“诊法治则”是中医认识和治疗疾病的基本原则。
⑥“预防养生”系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。
⑦“运气学说”研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
历代医家用分类法对《黄帝内经》进行研究。其中分类最繁的是杨上善，分做18类；最简的是沈又彭，分做4卷。各家的认识较为一致的是脏象（包括经络）、病机、诊法和治则四大学说。这四大学说是《黄帝内经》理论体系的主要内容。
脏象学说
脏象学说是研究人体脏腑组织和经络系统的生理功能、相互之间的联系以及在外的表象乃至与外环境的联系等等之学说。
脏象学说是以五脏六腑十二经脉为物质基础的。当然有关解剖学之内容还远不止此，但更重要的还是通过大量的医疗实践不断认识、反复论证而使此学说逐渐丰富起来的，最终达到了指导临床的高度。
《黄帝内经》充分认识到“有诸内必形诸外”的辩证法则，使脏象学说系统而完善。脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神三部分。脏腑又由五脏、六腑和奇恒之腑组成。
五脏，即肝、心、脾、肺、肾。
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。这里边胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。
脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相互为用的。
经络系统可以分经脉、络脉和腧穴三部分。经脉有正经十二：手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经。十二经脉首尾相联如环无端，经气流行其中周而复始。另有别于正经的奇经八脉：督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉、阳维脉。（注：“奇经八脉”一名始于《难经·二十七难》）
经脉之间相交通联络的称络脉。其小者为孙络不计其数；其大者有十五，称十五络脉。《灵枢·经脉》叙述的非常详细。
腧穴为经气游行出入之所，有如运输，是以名之。《黄帝内经》言腧穴者，首见《素问·气穴论》，再见于《素问·气府论》，两论皆言三百六十五穴。实际《气穴论》载穴三百四十二，《气府论》载穴三百八十六。