李玄都已经有十余天没有入睡，也没有入定神游，因为现在的他很忙，除了要规划道门之外，还要忙于新朝之事，而且他和秦素的婚事也正式提上了日程，由李家着手准备。
当初两人选择了三处大婚地点，分别是辽东、齐州、芦州，如今辽东和芦州已经不合时宜，帝京城内局势未定，前朝宗室、勋贵还未处理完毕，景修又因为清查国库而掀起了一场大案，城内气氛颇为肃杀，也不适合举办婚礼。最终李玄都决定在八景别院与秦素完婚，这个重担便落在了李家人的头上，张海石为此专门返回蓬莱岛，将船队的事情交由李太一暂且掌管。
李玄都已经和秦清议定，大玄朝廷不能像大魏朝廷那样闭关禁海，不仅要开放海禁，还要兴建水师，初步定为三大水师，分别是：北海水师、东海水师、南海水师。其中北海水师以补天宗的船队为主，东海水师以清微宗的船队为主，南海水师以慈航宗的船队为主，三宗也不是将船队全部交出，仍旧保留了半数以上的船队。
大魏的早期军制是指挥使镇守地方，总兵官是为临时职务，是大军出征时的最高统帅。待到后来，卫所制度开始崩溃，总兵官成为地方驻守最高武官，取代了指挥使的职能。严格来说，双方互相并不统属，故而要由更高的总督来居中协调指挥。
在总兵官泛滥且成为常设官职之后，若是大军出征，最高将领挂大将军印，被尊称为大将军，大将军便如早期的总兵官一般，并不常设，是为临时官职，战事结束便要上缴大将军印。大将军权力极大，可以统辖战区内全部军政大权，节制战区内的总督、巡抚，故而秦襄挂大将军印出征时，总督之尊的秦道方也要以秦襄的意见为主。
秦清决心除青鸾卫等几个特殊卫所之外，废除大部分卫所制度，新建的水师实行募兵制，因为三大水师并不局限于一州之地，而是横跨数州，故而其主将也并非普通总兵官，仿照京营，设提督军务总兵官，高出普通总兵一级。
至于青鸾卫，从青鸾卫都督府降为青鸾卫。
按照卫所制度，分为都、卫、所三级。都指挥使司简称都司，最高长官为“都指挥使”，正二品，隶属于隶五军都督府。都指挥使司下面设卫， 长官为“卫指挥使”，卫下面是所。皇帝亲军上二十二卫，称“亲军指挥使司”，不隶五军都督府。
“卫”正常上面是“都”，但青鸾卫的全称是“青鸾卫亲军指挥使司”，是直接隶属于皇帝，所以没有上面的“都”，自然也没有“都指挥使”，只有“卫指挥使”，正三品。
这是为数不多决定保留的卫所，由杨吕出任指挥使，虽然品级不高，但无疑权重，秦清又加封杨吕为少傅，从一品，也不算委屈杨吕这位天人造化境大宗师。
如果不出意外，李太一会代表清微宗成为未来东海水师的提督军务总兵官。同时秦清还打算裁撤齐州总督、幽燕总督，设齐州巡抚、晋州巡抚、直隶总督，由直隶总督兼管东海水师和齐州巡抚。直隶总督的人选便是现在的齐州总督秦道方。
另外两大水师，由辽东总督节制北海水师，由未来的江南总督节制南海水师，总督成为真正的封疆大吏。
再有就是，秦清决定在废除卫所制度的同时裁撤名存实亡的五军都督府，收权于兵部，兵部又听令于内阁，内阁集军政大权于一体，直接听命于皇帝，最终的决定权还是在皇帝手中。
总而言之，内阁统领六部、都察院、地方督抚，内阁成员由六部尚书或其他重臣充任，内阁拥有票拟之权，废黜宦官之后，皇帝直接掌握批红之权，拥有最终决定之权。
这是官职上的变化，除此之外，秦清也尽可能地精简勋官、散官、爵位。
大魏素来有职官、勋官、散官之分，职官就是真正掌握实权的官职，比如六部九卿、地方督抚等等，散官又称散阶，没有职权，只是个空名，享有对应品级的待遇。
勋官则是类似于爵位，又不完全相同。比如大名鼎鼎的“上柱国”便是正一品的勋官，比如某些重臣故去时，皇帝赠“上柱国”，便是封赏勋官。
秦清决定废除勋官和散阶制度，只保留爵位制度。爵位自皇帝以下，分为七等：亲王、郡王、公爵、侯爵、伯爵、子爵、男爵，不论内外，不得世袭罔替，依次递减，直至庶人。
同时秦清又保留了“三公”、“三孤”、“三师”、“三少”，也就是：太师、太傅、太保、少师、少傅、少保、太子太师、太子太傅、太子太保、太子少师、太子少傅、太子少保等十二个荣誉官职，并无实权，用以加封或追赠。
其中“三公”是为正一品，“三孤”是为从一品，“三师”是为正二品，“三少”是为从二品。
当年张肃卿就曾被加封太师，被视为位极人臣。不过按照规矩，加封太师之后，皇帝要执弟子礼，所以很少有人能生前加封太师，大多是死后被追赠。同理，储君对太子少师也要执弟子礼。
当秦清将消息放出之后，朝野议论纷纷，没有几人敢奢求“三公”，能够传给子孙后代的爵位才是关键，如今还要看赵政和秦襄的爵位如何，才能确定其他人的爵位。这两位一个是文臣之首，一个是武将之首，若能得王爵，其他次一等之人也许能封公爵，可如果两人仅仅是公爵，那么其他人就是候、伯爵位了。
至于秦道远和秦道方二人，身为宗室，不能一概论之，多半都是王爵，可就算如此，宗室也显得十分单薄。
如今秦道方身为地方督抚，并不在帝京城中，秦道远跟随秦清来到帝京，除了担任户部尚书之外，还兼了宗人令，只是如今宗室人数稀少，也没有什么好管的，主要就是会同礼部尚书梅盛林一起将前朝徐家诸帝迁出太庙，再将秦家祖先迁入其中，算不得什么难事，关键是繁琐。
秦清忙于内政，秦襄的战事却是极为顺利。
在太平宗的协助下，秦襄于七月底攻占了芦州全境，楚州成为一处孤地，各府县纷纷请降，几乎是不战而下。在此过程中，沈元重、许飞白等人戴罪立功，秦襄上奏朝廷之后，任命沈元重为芦州巡抚，任命许飞白为楚州布政使。
如此一来，便形成了双方隔江对峙的局面，失去芦州之后，千里江防，处处皆是破绽，渡江并非难事。
另一边，上官莞、宁忆的和谈也十分顺利。
严格来说，白鹿先生、四位山主、宁奇、黄石元等人都是道门的俘虏，没有谈判的资格，而司空道玄没有参与最后的帝京之战，他才能够真正代表儒门与道门谈判。
此次谈判，道门允许儒门保留四大书院，可三大学宫却要废黜两座，只能保留一座，以此作为对儒门的惩戒。人在屋檐下不得不低头，司空道玄最终同意让出万象学宫，废黜天心学宫，保留历史最为久远的社稷学宫。
如今天心学宫还在谢恒、杨松、邸姜夫人、金蟾叟、赤羊翁等人的手中，负隅顽抗，南魏小朝廷的背后也少不了他们的支持，所以天心学宫是必然要被废黜的。至于万象学宫，则是司空道玄高风峻节了，他虽然是万象学宫的大祭酒，但考虑到社稷学宫曾出过亚圣和荀卿等先贤，历史最为悠久，而万象学宫的前身是明空女帝修建的万象神宫，不足以与社稷学宫相提并论，于是主动保存社稷学宫。
和议之后，司空道玄自称无颜面对历代先贤，主动辞去大祭酒之位，归隐山林。
李玄都得到消息之后，一边调集道门天人境以上的高手，准备铲除儒门最后的抵抗势力，一方面又下令改万象学宫为万象道宫，驱逐其中儒门弟子，改为祭祀太上道祖、南华道君、杨朱等道门先贤，同时李玄都感念师父李道虚曾在此地求学，又下令在万象学宫内增设师父李道虚的牌位，位于诸位先贤之后。
此事由宁忆全权负责，陆时盈协助。
宁忆当年也曾是万象学宫的弟子，可如今却成了道门之人，反过头来改建万象学宫为万象道宫，不得不说造化弄人。不过李玄都此举并非故意使宁忆难堪，他打算将未来的万象道宫发展成为一处类似于太学的求学之地，召集各路名师在此传道受业，不定期请部分真人、大真人在此讲学，凡道门弟子，皆可来此深造，由宁忆出任第一任宫主。
陆时盈也就是陆夫人，只是暂时协助，在成立道门之后，李玄都会仿照客栈的结构设六堂，其中专管财政者为度支堂，由陆时盈出任首任堂主。
和谈之后，在上官莞的指挥下，以阴阳宗、皂阁宗、真传宗为主的道门势力，大举进入中州，秦中总督王檀承受不住道门的巨大压力，在失去最后的庇护后，主动请降。
秦清任命王檀为中州巡抚，任命李如是为秦中总督。