后来他又去了韶州，在韶州建立了第二个传教基地，在这里，他开始深入探究中国社会的奥秘，并且利用士人对西方世界的好奇心打开了局面，还得到了瞿太素这个友人和弟子，在瞿太素的介绍下，利玛窦进入了士人的圈子，开始了广泛的和中国人的交流，并且开始蓄发蓄须，传儒士服装，弃僧侣服装，进一步融入中国。
这期间，他用自己制作的地球仪和玻璃器皿、世界地图以及西式时钟，这些东西让中国士人们非常感兴趣，由此利玛窦声明大显，被人称之为“西儒”，不过和他之前遇到的情况一样，真正对天主教感兴趣的人很少，大多数士人只对他所介绍的西式科学和天文地理感兴趣，极力向他请教。
利玛窦经历了传教的挫折之后，知道要想让中国人信奉天主教，就不能直接来，他们有自己的信念和信仰，并不那么容易取代，而且中国人对教权毫不在意，他们是世俗国家，没有任何一个宗教可以挑战中国的世俗权力并且把持中国的政权，中国的社会也不接受，了解到这些之后，他就以传播科学为手段，进而传播天主教义，还用玉皇大帝等概念偷换了原本的教义，试图让中国人接受。
萧如薰见到利玛窦的时候，利玛窦在瞿太素的陪伴下，穿着一身儒服，戴着儒冠，留着长须，穿着布鞋，彬彬有礼，慈眉善目，如果不是这幅面容和发色瞳色的不同，还真就是一个中国的传统儒者，而不是一个西方传教士。
他为见到萧如薰讨萧如薰的欢心，本来也打算使用赠送地球仪和玻璃器皿等方式，不过瞿太素对他说萧如薰是武将，可能更喜欢火器或者西洋刀剑，这样叫做投其所好，也是中国文化之一，于是利玛窦一边感叹中国文化的丰富多彩，一边准备了手枪火枪和西洋剑等武器。
见到萧如薰之后，二话不说，先送上礼品，萧如薰一看，顿时眼睛放光。
手枪就算了，西洋剑萧如薰也不感兴趣，真正让他感兴趣是那杆长枪，那就是萧如薰正在着手制作却还没有制作完成的燧发枪！
燧发枪此时应该还没能完全取代火绳枪，技术还不是非常纯熟，甚至被军队将领拒绝使用，但是既然有了，有了技术，萧如薰就非常高兴了，这个技术只要搞定了，仿制出来，那么他自然有办法继续往上推进。
大喜之下，萧如薰接见了利玛窦和瞿太素，和他们亲切友好的交谈着。
“利玛窦先生来我大明已经很久了，在下在广东这片区域也时常听到先生的名字，久仰大名，今日一见，先生果然气度非凡。”
萧如薰亲自给利玛窦倒了一杯茶，利玛窦连忙站起，用完善的中国礼仪回应着萧如薰的礼貌。
“不敢不敢，老夫不过是受人所托来拜见将军，将军才是年轻有为，大名如雷贯耳，老夫在广东都听说了将军打了一场大胜仗的消息。”
利玛窦小心翼翼地打量着这位年轻的大明将军，这位将军在传说中击败了二十万日本军队，仅仅凭着手下的四万人就把一个国家打的四分五裂，现在出现在这里，是要去打另外一场仗，而不是来当亲善使者，这样大的名声让远在菲律宾的西班牙人十分不安，所以才通过澳门的关系找到自己，想让自己拜访一下这位将军，询问他的意图。
瞿太素说，大明的将军大多数都没有什么礼貌和友善，对待士人也不友好，但是尤其是像萧如薰这样的凭军功封爵的大将军，在近些年的大明国更是凤毛麟角，极其罕见，所以脾气一定不小，他也没有端着架子等着萧如薰来拜见自己，而是亲自前来，就知道这一片地区的士人对这位声威赫赫的将军的态度。
不过真的见到了这位将军，却发现这位将军出乎寻常的温和礼貌，穿着常服，而没有穿军服，面目英俊，身材挺拔，面白无须，举止文雅，连瞿太素都为之感到吃惊，觉得面对的像是一个青年士子，不是一个毙敌二十万的杀气腾腾的将军。
萧如薰走到瞿太素的身旁也为他倒了一杯茶，瞿太素连忙谢过。
“哈哈哈，打什么大胜仗，不过是我国皇帝陛下的声威所致罢了，倒是利玛窦先生和瞿先生，送上这样的礼品，是受何人所托来找我呢？又有什么重要的事情呢？”
萧如薰坐回自己的位置，笑盈盈的看着两位。
利玛窦显然对中国现在的社交辞令非常了解，便拱手说道：“实不相瞒，老夫是受澳门佛朗机人总督所托，前来询问一下将军带领这样大的一支军队到南洋来的目的。”
萧如薰端起茶碗了喝了一口茶，笑道：“目的？目的是军事机密，怎可外传？倒是澳门的佛朗机人不老老实实的做生意打海盗，关心我的目的做什么？”
利玛窦忙道：“将军有所不知，这澳门的佛朗机人，现在是归吕宋之地的佛朗机人管辖，吕宋之地的佛朗机人看到将军那么大的船队过来，所以有些担忧，害怕，不知道将军此来是为了什么。”
萧如薰明白了，自己率大军南下的消息已经传到了菲律宾的西班牙人耳朵里，这些家伙担心自己是表面上打缅甸实际上是攻打菲律宾，看到自己的舰队实在是太庞大，没有战胜的底气，便托人来询问目的，尽量避免战争。
“吕宋？本将记得吕宋曾是我大明的藩属国，怎么突然就成了佛朗机人的了？你们不在泰西之地好好儿的待着，大老远的跑到南洋来，所为何事啊？”