5月初9日，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）、西营八大王（张献忠）等七股流寇西逃，尽入四川承宣布政使司。
使得明湖广总镇监军：万元吉，率军死守夔州府。
但依旧被流寇们攻陷了夔州府大昌县，还乘船顺着大江（长江）而下，一路炮轰并劫掠沿岸的夔州府首府奉节县、巫山县，等地军民钱粮。
驻守在重庆府的明石柱宣慰使兼二品诏命夫人：秦良玉，亲自率领川军白杆兵北上与明湖广总镇监军合兵，以舟师由夔州府巫山县上三峡。
流寇十三哨连忙过夔门（翟塘峡）由农民军：曹操（罗汝才）殿后，负责对付追击而来的明军，致使沿岸明军们遥望距离太远，只能开炮示威。
流寇们准备渡河西行，但中途被明湖广总镇监军：万元吉、明平贼将军：左良玉、明石柱宣慰使：秦良玉、明四川总镇巡抚：邵捷春，打得汇聚在夔州府奉节县与翟塘卫一带。
本来作战最猛的陕西都指挥使司明军乃是流寇们的克星，再加上所部多有流寇降丁，所以作战起来异常凶猛。
但是明援剿总兵：贺人龙，却因为之前明兵部尚书答应赐给他的「平贼将军」称号，给了左良玉，因此对于兵部的调令，几乎不怎么听从。
使得流寇：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等部从夔州府后山抄掠粮食，明军分守诸隘让流寇们略无所得。
其中明翟塘卫指挥佥事：罗于莘，还主动出击，打败农民军：过天星（惠登相）于夔州府大宁县郑家寨，仅剩下过天星带领百人逃走。
由于流寇们被明军围困，只能往西走过夔州府万县下梁山县，故此明四川总镇总兵：郑嘉栋、明翟塘卫镇抚使：张应元、明夔州府左参将：汪云凤，会通明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，跟在后面追击流寇。
在派明军骑兵先行守住山寨，不让流寇进入，又斩杀了流寇七百人，生擒贼将：自来虎，等七十一人，夺甲仗马骡无数。
流寇就退到马家寨羊桥村四处劫掠，被石砫宣慰使司川军白杆兵趁机围攻住马家寨，复斩流寇七百人，刺死贼将：东山虎。
随后流寇们屯兵在夔州府云阳县谭家坪南北两山，明军分道并进还入山围剿。
吓得南山的流寇们听闻风声后，就拔寨先走了，仅留下北山的流寇们出击与明军交战。
明军以火器在中，士兵在前，迎面而上，流寇们损失惨重，只能以弓箭、火铳反击，不得已退守山巅不动。
但明军依旧分兵绕到山后，前后两军一起围攻，打得流寇们窜走山湖涧道。
原本骑马持火铳射击的明军将领们皆下马，手握兵器进山中杀敌，从龙溪谷追奔流寇四十里地，斩杀流寇四百三十人，导致流寇败走仙寺岭。
5月21日，各路明军会聚在仙寺岭上，以多发速射火器进攻。
神火飞鸦烧毁流寇大营让其混乱，在追上去斩杀一千人，陕西承宣布政使司明军还夺了流寇：曹操（罗汝才）大旗，擒获流寇：老管队、副塌天，部分流寇们开始突围，逃向七箐坎入干溪山中。
次日午时，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等流寇以翟塘卫水位上涨，不得渡河，便进犯夔州府奉节县下关城。
此刻明四川总镇巡抚：邵捷春，立刻檄榜明四川总镇总兵：郑嘉栋、明翟塘卫镇抚使：张应元、明夔州府左参将：汪云凤，从夔州府云阳县出发。
而明湖广总镇监军：万元吉，则让明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，从官道走云阳县尖山巡检司，以拦截夔州府奉节县内的流寇。
夔州府后山险隘，而且流寇七位首领连营数万人，在林间居住不比营帐舒服，再加上酷暑，马匹汗臭传至数十里，蚊虫叮咬农民军，致使人马生病。
不得已流寇将领们觉得得分道西行。
由农民军：曹操（罗汝才）率领；小秦王、上天王、混世王（马光玉）、一连莺，这五营走夔州府云阳县尖山巡检司。
而流寇：过天星（惠登相）、关索（刘正国），二营走云阳县水碓口守御百户所，决定出去之后，在夔州府开县、新宁县，一带集合。
紧接着，明援剿总兵出击追贼到谭家坪七箐坎，流寇留下精锐死士作为殿后主力抵抗明军，但被陕西明军给打垮了。
明援剿总兵还继续追击，翻山越岭斩杀部分逃跑流寇。
6月14日，明援剿总兵杀到敌营内，正在用膳休息的流寇们疲惫不堪，陕西明军三路并进，让流寇们大惊失色。
四川明军们也趁机扑了上来，各营开始争抢人头，斩杀流寇一千二百人、俘虏六百人，赦免俘虏降将：一杆枪、自来虎、伍林，三人纳入明军隶为先锋。
随后由大明延绥总镇榆林卫秦军铁骑走在前头，降将们提议是否派人刺探军情？明四川总镇巡抚就让明利州卫指挥使：李仲兴、明保定府总兵：高光荣，率轻骑先行。
再由明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，在后面潜伏大军跟进。
待前面两位明将进入雾山峡谷中，流寇伏兵们立刻在山间放箭推滚石，这两位明将战也连忙躲在石头旁边，下令士兵们架起火器反击。
在打到最激烈的时候，明援剿总兵、明陕西总镇总兵及时率军赶来，一举包围了雾山山谷，径直选择平地架炮轰炸。
炮声传遍山谷四周，冲锋之际斩杀流寇五百人，生擒贼将：渠山虎，等十六人。
唯有农民军：曹操（罗汝才）率领精骑二千人逃走，但部下将领已被俘虏四十人，斩杀不算、精锐殆尽狼狈东逃与四营汇合，败走夔州府大宁县山中。
之后农民军：过天星（惠登相）、关索（刘正国），走夔州府开县屯兵南坝里。
而关键时刻明援剿总兵：贺人龙，在得知流寇：曹操（罗汝才）东逃之后，居然率部在夔州府开县撤兵，还北上陕西承宣布政使司西安府！
只剩下明四川总镇总兵：郑嘉栋，继续率领诸将连营追击流寇，在夔州府开县观音山，追逐流寇北逃二十里到临江巡检司，又斩首流寇二百人。
其中明翟塘卫镇抚使：张应元，还穷追流寇至夔州府新宁县豆山关，遇到流寇数百骑兵，击杀二十骑。
其余流寇骑兵皆大呼卸甲投降，农民军将领：托天王、常国安，两人主动请降，才让明军停止射击。
明军们则下令让流寇将领：常国安，本部抓住农民军：地虎，让他上书给农民军：过天星（惠登相）劝他投降。
但是流寇：过天星（惠登相）却不信，还回信道“必须托天王亲自到，方可相信，乃降也。”
被俘之时流寇：地虎，不堪受辱自尽。
关键时刻农民军：高守达，亲率麾下二百骑兵前来投降，趁着明军招降之际，使得流寇：过天星（惠登相）连忙逃跑，明军则以降将：常国安，为川军先锋。
接着农民军：过天星（惠登相）西走，诸军拔营追逐至夔州府万县武宁巡检司外，流寇骑兵三千人见到明军不战而逃，被明翟塘卫指挥同知：高守远，率部卒在前冲锋陷阵，让流寇们阵角大乱。
不得已流寇只能派出骑兵出战，却多数陷在泥潭里，被明军们趁机射杀，还追奔流寇二十里，一路上血流成河，稻田里全部是鲜血，各军共斩首流寇一千七百人，擒住流寇将领：流金锤、金狗儿，夺马骡三百匹，致使农民军：过天星（惠登相）、关索（刘正国），二贼东奔夔州府达州。
降将明开县游击将军：常国安，开始立功，在前负责驱逐流寇，与川军、湖广明军并进，斩首二百人夺其流寇军营。
流寇们一直逃奔到夔州府梁山县袁坝驿，才设伏在沟涧中和林间二十里。
次日，明翟塘卫镇抚使：张应元，四处转战又令明开县游击将军：常国安、明达州守备：高守达，绕到山谷之中捣乱其粮仓。
让流寇们大怒，直接出伏兵与明军交接。
明开县游击将军深知流寇战术，故此能够突出重围，杀敌坠落山涧共斩杀九百人，获得盔甲弓矢无数，生擒农民军：滚地狼，等一十七人，还招降流寇；杨旭、一只虎、可天虎、关索（刘正国）等四十人。
其余流寇从夔州府梁山县袁坝驿东逃开县，之后到达高城里。
明军诸将们则分营出战，由明四川总镇总兵：郑嘉栋，统领中军、明翟塘卫指挥佥事：罗于莘，统领左军、流寇降将明郧阳府右参将：杨旭、明郧阳府守备：一只虎，两人各自统领右军与流寇交战于城下。
明军三路夹击，使得流寇们继续兵败东走夔州府大昌县。
7月13日，农民军：曹操（罗汝才）、小秦王、上天王、混世王（马光玉）、一连莺，等流寇连营盘踞在夔州府大宁县。
明湖广总镇监军：万元吉，则在夔州府镇守，他派遣了流寇降将明夔州府守备：刘正国，及罗汝才部流寇降丁明奉节县游击将军：伍林，入罗汝才军营内招降。
但是交谈中农民军：曹操（罗汝才）却以〈香油坪之役〉他斩杀了明湖广总镇副总兵：杨世恩、明荆门州左参将：罗安帮，为由认识恐怕兵部不赦？
便决定携带刘正国东走，扬言要去荆州府夷陵州，亲自乞抚于明兵部尚书？
这让农民军：金翅鹏，对罗汝才的说法有些怀疑？又担心他率先降明之后，兵马会被他所合并？便先发制人与农民军：小秦王，一起先去向明兵部尚书投降。
看着诈降计划失败之后，气得农民军：曹操（罗汝才）当即就杀了降明的叛徒明奉节县游击将军：伍林，吓得另一个叛徒明夔州府守备：刘正国，连忙往东逃到巫山县。