洪荒之初，天地间出现了一位神奇的女子女娲，女娲造人，功德无量，被世人尊为大神，此后水神共工与火神祝融为争天下，于不周山大战，共工大败，于是大怒，头撞不周山，不周山就此塌陷，女娲不忍眼看民不聊生，遂寻五彩石炼石补青天，更是功德无量。
然而，万年之后，天地间出现一妖魔蚩尤，为祸人间，女娲大神不忍民间疾苦，遂派遣炎帝与黄帝下界除妖，炎黄二人来到凡间，与蚩尤展开了史无前例的大战，蚩尤退守北方。
炎帝在北方巩固了自己的势力，蚩尤见其势力磅礴，于是暗中将自己的妹妹安排在炎黄二人之间，有一次，黄帝应约前去炎帝大帐商谈消灭蚩尤的大事，两人约好了三个月后联合起来将蚩尤彻底消灭。
在离开炎帝大帐后，黄帝见帐外有一女子，长得貌美如花，遂向炎帝问及此人的身家来历，炎帝本来并未注意帐中有此女子，于是未说明，黄帝生疑：“莫不是炎帝故意隐瞒？”
没想到此女子竟然造成了月后的扳泉之战，黄帝与炎帝在扳泉之战中大战，远在北方的蚩尤大喜道：“哈哈哈，这炎黄二人竟然想联手将我击败，幸好我早有安排，否则两月之后就是我的死期。”
炎黄二人大战之中，炎帝大败，从此离开了人见，隐于世间，苦研医术，从此不再管人间大战之事，现在的他终于明白了为什么黄帝会与自己大战，原因处于那名女子，大战之后，黄帝将那名女子接到自己的帐中营地住了下来。
第二年，黄帝整军待发，想要将蚩尤一举歼灭，然而，让人意外的事情发生了，黄帝大败，原是设计想要将蚩尤大军全数伏击，怎想蚩尤似乎早就知道了黄帝的计谋，反设埋伏使黄帝大军大败而逃。
黄帝大怒，将军中大将召集起来，严查重办，认为这次大战是军中大将泄漏了机密，才使得蚩尤知道了自己的计谋，杀了其中几名先前的炎帝手中大将之后与再次用计大战蚩尤，奈何又一次被蚩尤大败，黄帝起疑，以为又是谁泄露了机密，于是再次将手下原属于炎帝的大将逐一诛杀。
这一天，军中士兵突然全数中了奇怪的病，无法再战，而蚩尤与自己相约了半年后再战，黄帝大急，心想：“自己身经百战，连炎帝这样的大敌都能打败，怎么今日难道要败在蚩尤手中吗？这可是他的最后一战，关系这民间的生死存亡。”
突然军中士兵前来禀报，说是有个懂得医术的人前来拜侯，黄帝大喜，将此人引入帐中，见此人乃和自己一起下凡的炎帝相似，大惊道：“炎帝，怎么是你，你不是回上界了吗？怎么还留在人间，难道你还想找机会报仇？”
“不，我不是炎帝，当初的炎帝已经死去，现在站在这里的是神农，我，神农，昨日我夜观天像，知你军中士兵搜换了一种疾病，所以前来助你度过此劫？”神农笑道。
神农，就是当年隐士研医的炎帝，在这几年中，炎帝医术大成，知事当年那名女子才导致黄帝大败，怒杀军中大将，近日夜观天象，知道黄帝大军中今日会有大劫，然女儿此劫也是出自那名来历不明的女子。
黄帝疑惑，但是也未将这些是放在心里，神农来到军中士兵处，仔细看了看这些士兵的病情，摇头苦笑道：“黄帝，你这军中所有士兵都是中了如今天地间最厉害的蛊毒瘟，也可把它叫做是瘟疫，此蛊极其厉害，一旦有一人染上，就会不断的的传染给别人，所以你这军中所有的士兵才会在一夜之间全部染上此病。”
“那有什么办法可以解此毒否？”黄帝听后大惊，他自然也是知道有此蛊，却为想到会发生在自己的大军之中。
“黄帝听我一言，军中有人故意下的蛊，还望黄帝你能找出此人，我现在就入药山找寻草药，解你这大军之劫，不过一切还要看你自己，此人不除，大军永无宁日。”神农说完离开了大军，来到药山采集草药。
瘟疫还在不断的蔓延，神农为了找寻能解毒的草药，然以自己的身体试药，中途多次因中毒而昏厥，但是他并没有放弃，直到有一天，他回到了黄帝大军中，此时的黄帝仍然是愁眉紧锁。
神农回来，将自己这写天来，找到的解毒草药配置成药，分与大军服用，大军第二天全数好了起来，黄帝大喜，忙向神农道谢，神农笑道：“军中有一女，蚩尤之妹，还望黄帝你能将此人除去，否则此战也是必败。”
黄帝大惊，忙问事何人，只听炎帝说道：“此女乃是当年炎帝大帐外你遇到的那名女子，黄帝，还望你为了大局着想，速将此人除去。”
黄帝大怒：“神农，你不要一位久了我的大军我就会相信你这些，我与此女子乃是结发夫妻，你莫要胡言，乱我军心。”
“事已至此，我不便多说，决定权在于你。”说完神农正要离开大帐，黄帝大笑道：“原来你真的是炎帝，当年之事只有炎帝与我二人知道，你救我大军我感谢你，不过你为了当年之事，欲要离间我夫妻二人，我不能放你。”
“哈哈哈哈，我早知今日难逃你大军，所以病没有准备离开，不过，你妻子现在应该已经死去，从此，你不会在失败了，既然祸害已除，我也死而无怨了。”神农大笑道。
“不过我这里有我这些年来辛苦研制的医术，我可将这些留给你，还望你好生保存，这些对你们以后会有帮助的，哈哈哈，其实不用你杀我，我已经是快死之人了，当日我尝百草治瘟疫之时中毒太深，今天想来也是我寿终之日。”神农说完倒在了帐中。
从身体照片那个飞出一个元神，瞬间消失在天地间，黄帝最终知道了自己的妻子背叛自己的事情，想起神农临终前的话，忙命令手下寻找神农转世，想要弥补自己的遗憾，可惜。