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次日凌晨，南宁城内府前街上旁的知府衙门和道台衙门旁边的房屋突发大火，城中其他地方也多处房屋同时失火，众清兵乡勇纷纷提水救火，一时乱成一团。这时，镇江门内的府前街上，忽然出现了数百名壮汉，大多手持牌刀长矛，还有数十人手持大斧，点着火把，趁乱冲向城南镇江门。
城门守将大惊，忙鸣金示警，组织城楼守兵紧守城门。而城外，邕江对面，一边有上千人将巨木、缆绳绑定船只，用十数只船上架设云梯和木板，紧急地搭设浮桥；一边还有二十余艘船只不停运送兵士过河，和城楼上的士兵用鸟枪对射。
镇江门正对邕江而建，难以攻打，也正因为如此，清军布置在此处的守兵最少。刚才知府衙门和道台衙门着火，城下藏兵洞里一些歇息的清勇，都跑去衙门帮忙灭火，等出现贼兵攻城门时才发现是为了调开他们，在清将的指挥下，又急忙朝城门攻来。
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陈永秀和罗四一伙人，却死命抵住城门上和城内赶来的清兵，不停喝喊：“快打开城门！”
数十手持大斧的壮汉，顾不得向清兵攻击，只专心劈砍城门栓。
一时间，镇江门处啥喊声冲天，战事异常激烈！
刘长清却是在分巡左江兵备道道台衙门之中酣睡，刚被亲兵叫醒。左江道员却是由南宁知府黄辅相兼任，因此刘长清便占了他的道台衙门。刘长清一脚踹翻领兵前来救火的一名守备，暗恨：这么简单的调虎离山计都不知道？要是破了城，这道台衙门救下来，也不是你的了！他急忙披甲，领兵冲向城门救援。左江镇总兵德亮和知府黄辅相也急领人到另外的城门四处巡查支援。
刘长清却还是慢了一步。他领着亲卫和左江镇左营兵马，冲到镇江门下，城门正好被城外的太平圣兵撞开。
却原来是，罗琼树手下一名叫做林雨轩的旅帅，想出了个好主意。
城门栓乃是百年以上的硬木，经沸腾的桐油浸泡再冷却后打蜡制成，罗琼树担心城内的内应不能及时劈开城门，便想让城外的圣兵合力撞击，要是城门栓砍断一大半，再以蛮力从外面冲撞，便能直接撞断城栓，冲开城门。这时，刚从卒长提为旅帅的林雨轩说了个建议。
他看见城门离邕江不远，便让几艘船绑在一起，捆上一根长达近二十丈的巨木，再让已过岸的圣兵使劲拉船，重比几万斤的船只载着巨木快速地撞上城门，只听咔嚓一声，城门栓应声而断。幸好城门厚重，并没有一下弹开，要不然，门后城内的太平圣兵和天地会兄弟都要被门撞飞。
当然，这也是城内兄弟将门栓已经砍断大半，才能如此。
城门一开，罗琼树率圣兵冲入城内，一路掩杀过去。原本占很大优势，厮杀开门圣军和天地会众等人的清兵，迅速溃败。攻城站便是如此，守城一方虽然有城墙之利，占很大优势，但一旦城门被破，原本依仗的优势一旦没有，士气和信心便立马逆转，剩下只有溃败而逃。
李开芳却是领着圣兵在围攻打北面城门。不过，刘长清已经将东面和北面城门全部用砖石在城内封死，因而李开芳虽然勇猛，却亦难取得好的战绩。
刘长清已经不做他想，只是想率兵逃走。想也没用了，南宁城一破，他已经掉入万劫不复的地步，说难听点，他现在便是投降贼匪也被逃回朝廷一方强。为官多年，他早已看穿，满清皇帝对他们这些汉官是多么的苛刻。自己连奴才都算不上的地位，接连败仗，又丢了广西，只怕朝廷抓住他，给个斩首示众都算开恩了。很可能便是个凌迟的下场！
因此，刘长清率领左江镇直属本标的左营四百余名清兵和百余名亲卫，从城内绕道先去了驻守箭道的新太协的馗纛营和上思营，调动两营一千清兵跟随自己突围。最后来到到西门，命令守城的清军开门。守将乃是南宁城守营的都司，属德亮一系，不肯开门，刘长清大怒，命亲卫上前一刀将那都司砍死。又拉了几十名守兵跟随自己，出了西城门。趁着夜幕，以折损了二百余人为代价，冲出太平圣军的包围，然便自行快马加鞭，让亲卫率领清兵跟随后面，一路绕过新宁州等州县治所，逃往太平府，直奔新太协龙凭营的堂侄那边。
刘长清将三营兵力带走，整个南宁城便只剩下左江镇本标的中营、右营和浔州协右营和南宁城守营这四营兵力共一千五百人，剩下便是附近团练乡勇三千五百余人，并无多少战力，加上夜里南宁城中乱成一片，如何能抵挡？
罗琼树率五千圣兵进了城门不久，变遇到过来支援的浔州协右营，浔州协游击还未来得及下令，便被前排鸟枪手排枪打下马来，其余清兵发喊一声便四散逃窜，罗琼树命一千圣兵追击，自领四千圣兵包围了知府衙门，带人冲了进去。
南宁知府黄辅相率百余城守兵在知府衙门内与罗琼树等人展开激战，竟悍不畏死，以知府之身行武将之事。无奈罗琼树率领的圣兵太多，放弃与之短兵相接，直接以鸟枪远远便开枪。黄辅相身边清兵乡勇慢慢变少，他本人也两腿都被鸟枪击中，见太平圣兵将他包围，大骂几声贼匪后便自尽而亡。罗琼树被骂了几句，心头火起，命牌刀手将黄辅相首级割下，悬于南宁城东门外的官道旁示众三日，又将尸体沉入邕江之中。
不久，西城门也被攻破，李开芳率领二万圣兵冲入西门，在如洪流般的进城圣军面前，南宁城中的清兵和三千团练便迅速土崩瓦解。由于两处城门被圣军包围，除了千余清兵和乡勇在总兵德亮和几名守备千总的带领下，拼死抵抗都被乱枪打死外，其余清兵和团练都弃兵器投降。
广西南宁城宣告被太平圣国攻占。南宁城中远没有桂林城富饶，银两和火器等缴获亦不多，有的只是些冷兵器，让原本一脸兴奋的李开芳和罗琼树扫兴不小。
不过，起码南宁城中人口还是不少，罗琼树问了下被俘虏的知府衙役，说是竟然有5万余人，跟桂林城的人口不相上下了，到也算是太平军中占领的大城了。另外还盛产蔗糖，看官仓中收缴的堆积如山的糖料，倒是让李罗两人稍微有点好心情。
却说陈永秀率城内的众位兄弟，都深感太平圣军的实力强大，自己的堂口实在无法与之相比，更在罗四的劝说下，便都投了圣军。但陈永秀又放心不下南宁城外的“公义堂”兄弟，便向罗琼树请求，回去劝说众位堂主和堂中的兄弟一起来投。
罗琼树见他放心不下会中兄弟，又是要劝人来投，便让罗三带两名弟兄，随他一道去联络这南宁府附近最大的一处天地会反清势力。