随着片头公映许可证，以及制作公司的名单名单播出，接下来，电影出现了字体燃烧的片名《FATE/doomsday》，此外还有一行小字——第六次圣杯战争！
很多观众由于了解此前的第五次圣杯战争的剧情，不由感觉到热血沸腾。
接下来，电影开头出现了第四次圣杯战争的参与者韦伯?维尔维特和第五次圣杯战争的参与者卫宫士郎和远坂凛、间桐樱等人。
电影画面中，回顾了圣杯战争的历史，以及历次圣杯战争的破坏。
这些背景资料的介绍，主要是让没有看过前作，也不太了解《FATE》设定的观众，可以不需要补上一部电影，就可以无障碍的看新剧情。
“从第三次圣杯战争开始，大圣杯已经被污染了。圣杯战争给这个世界带来了太多的灾难，它并不能够实现善意的愿望！我建议，将大圣杯解体吧！”第四次圣杯战争的幸存者之一韦伯?维尔维特向圣杯创始者御三家继承者建议道。
“同意！大圣杯早就被污染，而且，即使没有被污染，也只会吸引越来越多的野心家，不会给世界和世人带来幸福，只会带来灾难！”卫宫士郎点头表示。
“同意，士郎能够代表我的意见！”此时的远坂凛，虽然是远坂家的家主，但另外一个身份却是卫宫士郎的太太。
暗恋卫宫士郎的间桐樱，也代表了间桐家表示：“赞同！”
“好，既然大家都同意，那么，我们就开始分解大圣杯吧！”韦伯?维尔维特年轻的时候，是一个很懦弱和胆小的人，但参与第四次的圣杯战争，其强势的英灵大帝和他并肩作战的经历，改变了他的性格，其后几十年。通过不断的努力，韦伯?维尔维特不仅仅继承家业成为了贵族，另外，他也成为了地位备受尊崇的强大魔术师。虽然，没有成为魔法使，但也能力和知识绝对不容轻视。
接下来，在三位参与过第五次圣杯战争的御主的帮助下，这位前辈韦伯?维尔维特开始念诵复杂的咒语。发动大圣杯解体的咒语。
四人共同念诵不同段的咒文，接下来，巨大的圣杯实体开始升空浮现。
“解体吧，大圣杯！”韦伯?维尔维特喝到。
接下来，巨大的圣杯开始迅速的崩坏，化作虚无。现场原本组成圣杯的魔术建筑和材料，也纷纷摧毁。
众人怀着愿望，摧毁了大圣杯，希望冬木市能恢复宁静。
但是，另外一批野心家。并不甘心大圣杯被摧毁，反而开始决心复兴大圣杯。这个野心家们既是魔术协会。无数的魔术师，或者是希望获得永生，或者是希望直接抵达根源，升华成为魔术师的终极目标——魔法使。这些目标实现的概率，对于绝大多数人来说几乎是接近于0。但是，却可以通过大圣杯许愿的方式，走这条捷径，完成自己的梦想。
这自然让大圣杯成为了无数魔术师的梦想！
在大圣杯解体之后，来自于魔术协会。以及圣堂教会等等不同势力的野心家们开始勾结，一起联络，共商恢复大圣杯，与此同时。继续采用圣杯战争的方式，获得对大圣杯许愿的权利。
而在解体了大圣杯之后，卫宫士郎游历世界，开始多管闲事，到处惩强扶弱，但实际上。很多被救者都将他当成傻子，恩将仇报不计其数，也幸亏他成为了强大的魔术师，并且拥有阿瓦隆的剑鞘，可以恢复伤势，常规的受伤，几乎并不会对他造成影响，否则，他英雄之旅，肯定会成为花样作死之旅。
远坂凛则是前去英国时钟塔深造学习，尽管身为人妻，但她还是非常好学，对于魔术知识是孜孜不倦，也拥有成为魔法使的梦想。
在大圣杯被破坏不久，反派间桐脏砚出现，这些年假死，身体化身成为虫子的间桐脏砚，身体从一堆虫子中重组成人形。
接下来，间桐脏砚向接见魔术协会的一些代表，向他们介绍大圣杯的历史和构建，在间桐脏砚这个怪物的介绍下，几名强大的魔术师迅速的上钩，开始成为帮凶，帮助他重建大圣杯。
在远坂凛和卫宫士郎不知情的情况下，间桐脏砚等人开始恢复了大圣杯，并且，启动了第六次圣杯战争！
间桐樱知晓老怪物脏砚现身，试图阻止他的阴谋。
间桐樱早就不是吴下阿蒙，原本被圣杯碎片改造成隐藏的小圣杯的间桐樱，在第五次圣杯战争的黑泥污染下，间桐樱拥有不亚于老怪物脏砚的力量。
但是，老怪物间桐脏砚利用间桐樱的心理弱点，告诉她，如果间桐樱加入他的计划中，以她强大的力量，必然会成为圣杯的胜利者。届时，作为胜利者，间桐樱可以许愿，让卫宫士郎改变心意，甩掉远坂凛，跟樱在一起。
这这个劝说，让本来就有点黑化的樱还是加入了反派联盟中。
但这一次圣杯战争也出了更大的状况，早期的圣杯战争主要是阿赖耶侧的英灵之间进行圣杯战争。阿赖耶是人类意识构成的抑制力，从无到有，随着人类的崛起，越来越成为凌驾于神灵之上的存在。
而更古老的抑制力之一盖亚，则是通过根源去预测，发现了随着人类崛起，她迟早会被毁灭。各种各样的地球毁灭，以及摧毁盖亚抑制力的死法。这让盖亚不由的恐惧人类，从而发动了毁灭人类的行动。
借助大圣杯的修复，第六次圣杯战争由于盖亚的干涉，变得面目全非。召唤出来的再也不是人类为主的英灵，而是传说中的人类天敌——丧尸、吸血鬼、恶魔、巨龙、灵长类杀手等等非人类存在。
所以，第六次圣杯战争一开始就是失控的，这些魔术师召唤出来的东西，都是盖亚意识干涉，前来毁灭人类的怪物。
作为最古老的抑制力，盖亚本身就是地球的意识，按照正常的规则，任何一种地球上的生物，威胁到她自身生存，盖亚自然会发动清理。简单说，盖亚判断出人类威胁了星球生存，因此，才能够行使自己的权利——清理人类！即使不能把人类全部消灭，也至少将数量消灭到可控范围内，人类文明自然也必须要全部摧毁，让人类进入原始状态，这样就不再能威胁盖亚自身的生存了。
只不过，人类跟其他生物不同，随着人类的发展和壮大，居然诞生了另外一大抑制力阿赖耶。阿赖耶是人类共同意识组成的抑制力，平时并不能够干涉世界，一旦遇到了威胁人类生存的事物，阿赖耶则可以进行干涉。
按照型月世界的设定，正是阿赖耶和盖亚形成了一个微妙的平衡，所以，本该被星球清理掉的人类，居然发展到现在这个程度。人类对盖亚来说，如同是威胁生命和健康的病毒，这个病毒现在一名覆盖了星球表面，而且，人类对于星球内部、海洋还是非常感兴趣，正是因为人类的破坏力，让盖亚忍无可忍，下定决定借助第六次圣杯战争清理掉这些她身体上的病毒和细菌。(。)