三桂在临行前一晚，又将多尔衮约到酒楼，对今后的行动向多尔衮作了部署，并特别告诫他一切小心为上，时机未成熟前千万不可再与皇太极作对，只能百般讨好于他，等待时机。多尔衮也不是笨人，知道此时自己手上实力不是皇太极对手，又有三桂制衡自己，只能忍辱负重。
三桂等人回到锦州距他们出发已有月余时间，此时的锦州城在赵率教的建设下已初具规模。
关宁锦防线，分南北两段，即关宁防线和宁绵防线。关宁防线由袁崇焕亲自监工，先后修建榆关、前屯、中后、中右四城。宁锦防线，因在宁远之战前，或被后撤的明辽军所自毁，或被败退的后金军所焚毁，只见颓垣剩栋，白骨累累。赵率教至锦州后马上率军民开始整修城池，要在这关外辽西走廊上，形成纵深400里，以宁远为中坚，榆关为后盾，锦州为前锋，其间中前、前屯、中后、中右、中左、右屯、大凌河、小凌河诸城串连的军事防御体系，遏制后金军南进，保卫辽西，驻防宁远，御守关门，以固京师。
袁崇焕又将年迈母亲和妻子从南国接到危地宁远，赵率教也把自己的妻儿迁来居住。他们誓言：“土地破，则家与之俱亡！”其他众将责受命战则一城援一城，守则一节顶一节，信守不渝，死生与共。
同时为加强战力，袁崇焕几次上书言道：“南兵脆弱，西兵善逃，远求难致之兵，当以辽人守辽土。”并奏请以新募辽兵取代部分调兵，养辽人守辽地。经朝廷批准，裁汰调募冗兵4000余员，以辽民精壮者补充。原本各地调军官疲兵猾，困扰辽军多年，朝廷内外，未得良策。袁崇焕上述办法，终破旧弊。
袁崇焕又将关上与关外、南兵与北兵、招募与家丁等混乱编制，核实为92231员名，分战兵与守兵——战兵为机动作战部队，分为步营、骑营、锋营、劲营、水营，含步兵、骑兵、车兵、水兵等兵种；守兵为戍城守堡部队，按其所戍城堡大小，分为屯守、马援、台烽等不同编制；另有镇军、驿骡、拨马，以警卫、驿传和哨探。同时奏请添置火炮，整修器械，查盔甲，点守具，使辽军武器装备，得到极大改善。
为解决粮饷问题，袁崇焕筹措粮饷，安置流民，以辽土养辽人，以辽人守辽土，在辽东之地大力开展屯田。并将屯田、御守、争战相结合，使民安、兵强、镇富相联系，从而促进了关宁锦防线的重建及其强固。
又加强与蒙古诸部联系，对察哈尔林丹汗与哈喇慎36家，赏酒食，颁额赏，进行笼络，联手蒙古，对受后金攻逼纷投明边的漠南蒙古内喀尔喀部民，给以安置。他利用矛盾，后金灭叶赫，叶赫贝勒金台石的孙女是林丹汗的苏泰汗后，以此联蒙抗金。
袁崇焕重建关宁锦防线，以精明之指挥，坚固之城池，勇劲之军旅，有效之屯田，守为正著、战为奇著、款为旁著之战略，凭城用炮、以炮护城之战术——关宁锦防线在宁锦激战中，成为坚不可摧的长城。
宁远鏖战结束之日，便是宁锦激战准备之始。袁崇焕在重建关宁锦防线、准备未来大战之时，皇太极也在进行战争准备。因努尔哈赤突然病逝，后金内部矛盾已经达到一个顶峰，皇太极虽暂接汗位，可他却命令不动大贝勒代善和二贝勒阿敏，至于莽古尔泰因连受三桂打击，已不再过问政事，每日只知苦练马上本领，只等将来与明军再战，赢回颜面。正白旗在武理堪的率领下已被皇太把持。
皇太极本想利用与明军停战阶段征抚右翼漠南蒙古和左翼朝鲜，免除后患，却遭到三大贝勒及朝中众臣以为大汗报仇为紧所反对，不过这却只是台面上的理由，实际上却是代善和阿敏看蒙古和朝鲜实力较弱，怕皇太极在征伐过程中命自己分兵进攻，他却坐享其成，自己折损了实力，却只便宜了皇太极。
而与明军作战，双方则势均力敌，后金势必起全国之力方能与之匹敌，他皇太极也必须亲自披挂上阵，此战若是胜了固然欣喜，皇太极与明军也必将两伤，自己在朝中说话的声音也可以大上许多。就是败了也无所谓，只要自己看形势不妙保存实力，这后金大汗最后是谁还说不准，最好是皇太极也像努尔哈赤一般战死杀场，才是最为理想。
所以，后金与明朝的战争，箭在弦上，一触即发。
而在此时三桂也在积极备战，虽然他知道这宁锦一战将是明军再次大胜后金，可他也不敢大意，虽说是胜了，可战争瞬息万变，就是最后取得了胜利，若是自己或是父亲、舅父在战场上不幸阵亡对自己来说却也是败了。
三桂回到锦州，因已是游击将军，祖大寿和吴襄商量之下将手下精锐士卒共抽调一千，归三桂统领，这些士卒都是祖、吴两家的子弟兵，不但武艺精堪，而且个个忠心，算是吴三桂最初班底。
三桂又对原来的旋风狼骑及少年猛虎作了调整，成立了猛虎一团和恶狼一团，其中猛虎一团人员暂为一千人，将庄中所有年纪超过八岁但未满十四岁的的孩童收入到这猛虎一团中，又从中选出最优秀的百人组成少年猛虎。至于这一团则是因为以后势力不断扩大，收容的孩童必然增加，到时猛虎二团、三团也将随之产生。
至于庄中十四岁以上，未满十八岁的则加入恶狼一团，同样好中选优，聚集百人重新组成旋风狼骑，做为三桂的亲兵，随待左右。