圣上既然亲自下诏擢升韩煜为北海总兵，总理辽东半岛一切事务，那么他自然不会放着大权不用。他决定将北海军政进行全新的改革，抛弃明朝原有的制度，建立属于北海总兵的独特制度，利用自己来自二十一世纪带来的先进理念，让北海镇变成一个拥有完整的、灵活的、实用的军事政治系统。
为此，韩煜调整了政治结构，设立了一些群新机构——
总兵府，北海镇最高军政机构，掌管辽东半岛所有政策的决策，以及人员的任命与罢免，同时也是地方集权的中枢，拥有调兵权和统兵权。总兵府分为外府和内府两大行政区域，外府主要负责民政以及其他名义事宜，内府则相当于军机处一般，属于真正权利机构。外府最高长官为北海副总兵，总部设在金州卫总兵府内，另外在北海卫设有分部。内府的最高长官为北海总兵，韩煜自居其职，总部即金州卫总兵府。
外事府，属于总兵府辖下第一级行政单位，专一负责外租地的管辖、对外贸易以及外国人士的其他申请等外交事务。外事府内设有涉外军事机构，包括黑山军海军基地、旅顺口租地的明军武装力量，皆由其统制、调配和管理。此外，外事府专门成立北海学堂，学堂分为西洋军事、外语、政治三大科类，聘请洋人和知名学士教学，负责培养翻译人员和提供留学生远渡西洋进行学习。
在北海学堂之外，属于外事府管辖的还有北海重工军械所，从事大批订购西洋火器、改造和制造大明军队火器事务。并且，达成了与山东鲁南军械所的联合，双方采取资源共享、资料共享、人力共享的合作方式，两条生长线可以同时进行火器的改造、研发和生产。
布政府，与外事府一样，同是属于总兵府辖下第一级行政单位，其工作范围是分担总兵府外府的民生民政负担，类似于文职政府的机构。布政府按照城镇单位，分别在金州卫、北海卫、旅顺租地及其他人口超过五十户的区域设置司署，职能类似于县令和知府。在民政民生事务之外，布政府还管理地方的礼教和地方的治安。
都运府，属于总兵府辖下第一级行政单位，负责海盐、粮草、建材等辎重物资的调配和筹集，同时也兼顾打击商业性质的犯罪，严厉惩办囤货、垄断和哄抬物价的行为。此外，都运府还针对辽东半岛的货币进行规划和节制，在得到总兵府的允许后，甚至还可以铸造和发行钱币。
都察府，属于总兵府辖下第一级行政单位，与朝廷的都察院不同的地方，是都察府拥有一支自己的执法武装力量，这支武装力量暂定为三百人，独立于所有武将统帅之下的军队，享有优先处罚的权利。都察府所从事的职责范围除了针对官员武将奉公廉洁之外，还担当辽东各路大军的宪兵，同时也兼顾类似锦衣卫相似的暗访调查权力，严防后金及洋人的间谍在辽东半岛策反破坏。
都察府的武装力量分为三支队伍，第一支督卫队，由都察府最高长官总督察使亲自统领；第二支蓝衣卫，统一佩戴蓝色披肩和蓝盔翎，分批安置在各地驻军军营之中；第三支黑卫，身着便装，活跃在辽东半岛各个地方，探查情报。
海防署，属于总兵府辖下第二级行政单位。韩煜之所以成立这个机构，是希望弥补海军的空洞，只是现在因为整个北海镇只有一艘向荷兰人交换而来的三桅帆船，海军力量几乎为零，所以海防署仅仅是属于一种名义上的职能机构。不过等到日后北海镇经济和军事实力有所提高之后，海防署会成为真正的海军机构。海防署主要任务聘请洋匠来培训水兵，和沿海岸的布防，同时也协助外事府管理各个码头的行政和军事等工作。
唯一一艘三桅帆船改名为北海号，配给了海防署，平日主要在辽东半岛沿岸的渤海和黄海海域巡逻、操练，充当海上救援队和预警队的作用。
户教署，属于总兵府辖下第二级行政单位，负责北海镇之内的户籍管理、土地分配、官员提拔调任以及朝廷举办的科举考试承办事宜。在土地分配上，户教署有足够的权力控制吞并、独占、掠夺和欺诈土地的行为，但凡接到举报，违反占用土地的人会糟蛋严厉的惩处，最严重者甚至会被判处死刑。
律法署，属于总兵府辖下第二级行政单位，与都察府没有纵横直接关系，但是在职能上有一定的交叉点。律法署的职责分为两个部分，第一个部分是行政部分，是从事组建北海镇地方法制系统以及编写北海镇地方律法条文；第二个部分就是从事仲裁和审判之类的法务。律法署的工作人员会安插在各地布政府，从事法律事务。
韩煜之所以在布政府之外另设律法署掌管审判和仲裁，正是为了防止封建时代的政治纰漏，尽量避免官官相护的局面。他将原本属于布政府的职责分拆开来，交给不同的机构负责，可以在一定程度上使得两级官员分化，互不干涉。
警卫署，属于总兵府辖下第二级行政单位，职能类似于二十一世纪的警察局，在辽东半岛北海镇之内各个地方安置分属机构，负责城内城外的治安和防卫。同时，警卫署还兼顾对重要官员的随扈保镖的职责，所有官员在没有总兵手谕允许的情况下是绝不可以蓄养私兵和护卫的。
警卫署和律法署起到的作用相似，同样是将布政府的机能分解。布政府只有行政权力，而警卫署则是地方武装权力，律法署则掌握着司法权力，从而起到了三权分立的状况，将会大大的避免内部策反的情况发生，从另外一个角度上来说也是促进了北海镇军政的稳定性。
国税署，属于总兵府辖下第二级行政单位。韩煜单独成立国税署，负责统计、稽查、编排辽东半岛北海镇辖下的所有税务工作。按照总兵韩煜的要求，国税署必须灵活征税，以天时地利等诸多因素，对于无法按时交纳税银的户籍和地方应该实事求是的去勘察，发掘根本原因，若有特殊情况，可以从宽处理。国税署的执法队伍由警卫署统辖调派，专司对付顽固地主、不法官员等偷税漏税贪税的行为。
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