赛罗奥特曼和他的警备队伙伴穿越到了赛尔号的世界，却意外的遇到了诺亚，他们将在赛尔号的世界里冒险。
贝利亚银河帝国灭亡的几十年后，无数个因贝利亚而死去的灵魂聚集在了一起复活了黑暗破坏神扎基。
复活的黑暗扎基将全部异生兽和超兽军团的灵魂拼接在了一起与自己融合，还吸收掉了贝利亚和亚波人的怨念使自己变成了恐怖的魔神，“黑暗路西法”。
强大的黑暗路西法很快就凭借着恐怖的手段统治了银河帝国宇宙。艾美拉娜矿石也被路西法掠夺殆尽，无数的异生兽被复活无情的残害着宇宙中的生命。
为了推翻路西法的暴行每颗星球都派出舰队和战士一起对抗路西法，镜子骑士和红莲火焰一族也是参与了其中。
然而意想不到的是整个宇宙的力量都无法抗衡黑暗路西法，也因为这次的反抗数颗星球被路西法毁灭，太阳也被路西法用黑暗遮挡让整个宇宙陷入了永无止境的黑暗当中。
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