贝利亚银河帝国灭亡的几十年后，无数个因贝利亚而死去的灵魂聚集在了一起复活了黑暗破坏神扎基。
复活的黑暗扎基将全部异生兽和超兽军团的灵魂拼接在了一起与自己融合，还吸收掉了贝利亚和亚波人的怨念使自己变成了恐怖的魔神，“黑暗路西法”。
强大的黑暗路西法很快就凭借着恐怖的手段统治了银河帝国宇宙。艾美拉娜矿石也被路西法掠夺殆尽，无数的异生兽被复活无情的残害着宇宙中的生命。
为了推翻路西法的暴行每颗星球都派出舰队和战士一起对抗路西法，镜子骑士和红莲火焰一族也是参与了其中。
然而意想不到的是整个宇宙的力量都无法抗衡黑暗路西法，也因为这次的反抗数颗星球被路西法毁灭，太阳也被路西法用黑暗遮挡让整个宇宙陷入了永无止境的黑暗当中。
赛罗感受到了银河帝国宇宙的异常，究极赛罗宇宙警备队穿越时空回到了银河帝国宇宙。而眼前的景象让他们震惊不已。
太阳被黑暗遮住，整个宇宙都是一片黑暗，无数的异常兽吞噬着星球的生命，到处都是战舰的残骸和战士的尸体。
这一切的元凶黑暗路西法感知到了诺亚的力量瞬间移动到了赛罗的面前。
“吾乃黑暗路西法”是整个宇宙的统治者，吾从你身上感知到了诺亚的力量，汝将你杀死诺亚是不是就会现身？
路西法的黑暗气息压的赛罗警备队喘不过气，让他们莫名感到恐惧。但是已经顾不了那么多了，如果不消灭这个恶魔其他宇宙也会遭到波及。
赛罗用帕拉吉之盾变成究极赛罗和火焰战士他们一起进攻路西法，路西法只是微微一笑并不将赛罗等人放在眼里。
镜子骑士先是制造镜子假象迷惑路西法，但是却直接被看穿路西法用路西法.炼狱火打破了镜子幻象直接将镜子骑士烧成灰烬。
赛罗看到伙伴被杀愤怒的他直接用光线攻击路西法，赛罗的集束光线和火焰战士的红莲火焰拳都被路西法单手挡住。詹奈和詹伯特的詹铁拳和詹加农对路西法毫无效果，紧接着路西法瞬间移动到詹伯特身旁用路西法.拳打碎了詹伯特的头部，然后路西法.踢和路西法火花杀死了詹奈。
路西法.重力光线打爆了火焰战士。极度愤怒的赛罗聚集能量准备用帕拉吉之弓打败路西法然后再变换光辉赛罗时间倒流复活伙伴。
路西法只是戏谑的看着赛罗聚集能量使用帕拉吉之弓，帕拉吉之弓最大威力发射出去一片爆炸之后路西法毫发无损。
路西法直接捏住赛罗的脖子然后折磨着赛罗，吾不仅要杀死汝的同伴，吾还要去汝的宇宙将汝的星球毁灭成为宇宙的尘埃。
赛罗计时器已经开始闪烁，他在路西法面前就像随时都可以捏死的蚂蚁一样，他无力反抗只能任其折磨。
赛罗，不可以输呀！每个人心中都有光，所有人都是希望的光芒。赛罗可是曾经打败贝利亚拯救宇宙的英雄，怎么可以就这样倒下。
艾美拉娜公主奋力的喊着，赛罗也听到了艾美拉娜公主的呼喊。
整个宇宙再次发生了奇迹，整个宇宙的人都开始祈祷。反抗路西法，拯救赛罗的心让心之光汇聚在了一起，死去的战士也变成了光与心之光一起汇聚。
赛罗的身上也闪烁出了光芒，人人心中都有诺亚，传说中的巨神诺亚超越时空降临于此再次为这个宇宙带来光明。
路西法看到诺亚来到于此准备和诺亚决一死战，诺亚的圣光驱散了路西法的黑暗，太阳的光重新照耀了宇宙。
路西法先一声嘶吼瞬间移动到诺亚身后用路西法.炼狱火偷袭诺亚，诺亚回身用诺亚.地狱火抵消掉了路西法的炼狱火。路西法用路西法.暗雷伏特想麻醉诺亚被诺亚瞬间移动避开然后诺亚.暴风雪直接冰封了路西法，路西法不甘示弱挣脱开冰封。诺亚和路西法一同使用重力光线攻击对方，诺亚一拳挡住了路西法.重力光线，路西法也用防御防住了重力.诺亚。路西法想要近身诺亚被诺亚的光辉.诺亚击退，诺亚看准路西法被击退的瞬间使出诺亚.射击连续攻击打伤路西法。负伤的路西法用必杀技路西法.雷暴和诺亚.闪电对位，诺亚用背后的诺亚神盾增幅了诺亚.闪电威力诺亚.闪电直接将路西法打成重伤。最后一击，诺亚释放了宇宙级别规模的究极技能，诺亚.究极直接消灭了路西法和整个宇宙的异生兽。
诺亚用诺亚神盾的力量修复了创伤的宇宙和被毁灭的星球，逝去的生命也被因此重生。
赛罗看向诺亚缓缓地说道∶谢谢你“诺亚”。诺亚穿越时空离去继续拯救其它宇宙。
宇宙恢复了以往的平静，赛罗警备队也离开了这里。