孙中山于四月二十七日抵达南京，当晚召开了同盟会高层干部会议。会议一致推举孙中山为中华民国临时政府的临时大总统。然而当晚就国家政体的讨论却产生了极大的分歧，孙中山认为以中国目前现状当仿效美国施行总统制，而宋教仁却坚持执行内阁制。孙中山与宋教仁发生严重争执，不过最终还是妥协执行内阁制，一番周折之后，推选黄兴为内阁总理。
次日，孙中山率领同盟会高层在两江总督府召开全国代表选举大会，十七省代表共计五十一人参与此次大会。然后代表大会一致否认内阁制，最终又复改为总统制。第一轮选举各省代表各一票，结果以孙中山十四票、黄兴三票（历史上孙十六票、黄兴一票），毫无悬念的决定了中华民国临时大总统的人选。
当天正午，南京发出全国通电：“本日在宁开临时大总统选举会，到会者十七省。孙中山先生当选为临时大总统，特此通告。”孙中山也在选举会议之后，向各省都督发出专电：“广州举义，四海云从，列国舆论，歌诵民军，无微不至，而尤钦佩公之艰苦卓绝。文于中国革命，虽奔走有年，而此次实行，并无寸力，谬蒙各省代表举为总统，且感且愧，惟有勉为其难，以副诸公之盛意。武汉为全国之枢纽，公之责任维艰，伏维珍重。”同时还以同盟会总理名义，特发了一份加急电报到上海，向吴绍霆专程致意。
吴绍霆于当晚在前往南京的船上复电致孙中山：“顷接各省代表会蒸电称：临时大总统之任，先生当选，曷胜欣贺！先生识高千古，虑周全球，挽末世之颓风，复唐虞之盛治，使海内重睹汉官威仪，不独四万万同胞之福，即东西各国亦莫不景仰高风，为中华民国庆！专此电贺。中华民国万岁！中华民国大总统万岁！”
这番话原本是黎元洪复电给孙中山的内容，只可惜广州首义夺取了武昌首义的光辉，而黎元洪本人还在武昌苦苦与北洋军鏖战。
在二十九日与三十日这两天，南京两江总督府中华民国临时参议院再度发生争执性意见，就选举中华民国临时副总统的人选，众人各执一词，两天下来都未曾谈拢。历史上辛亥革命之后选举的临时副总统人选，应当是黎元洪，只可惜现在黎元洪已经让大家淡忘了。
同盟会在候选人提名中首先列出了黄兴、李烈钧，后来又有人提出吴绍霆。可是后者很快就引起了共同的怀疑，吴绍霆年方二十四岁，年纪轻轻、资历尚浅，纵然有革命首义之功也当不得副总统的大任。宋教仁在会场上还为吴绍霆说了几句支持的话，但最终票选时黄兴二十一票、李烈绝二十票、吴绍霆仅只有六票。
因为黄、李二人票数相近，反对派提出不信任选举法案，要求重选。
孙中山为这件事头疼不已，黄兴、李烈钧是率先带兵北伐的功臣，在五省联军中也有颇高的威信，几乎难以选择。更重要的是，他还认为吴绍霆这个人物不好安置，广州首义功臣的是重要人物，同时吴绍霆还是粤系同盟会的代表，如果处理不当，只怕会影响粤系与南京政府的关系。
最后，孙中山宣布暂缓选举副总统，因为候选人黄兴、李烈钧两人都在场，而吴绍霆则在赶往南京的途中，为了以示对革命首义功臣的尊重，应等到吴绍霆抵宁之后再行选举。临时参议院正处于胶着状态，既然一时半会无法拟定，索性就遵从临时大总统的意思。
五月一日，孙中山改两江总督府为南京总统府，于上午十点在西暖阁宣誓就职。
吴绍霆是午后一点抵达南江，孙中山派遣朱卓文随同宋教仁以及广东代表王宠惠前来迎接，众人热情洋溢的寒暄了一番，然后上了马车赶往总统府。
在路上宋教仁将前几天代表大会的情况向吴绍霆讲解一下，顺带还告知今后半个月的大会议程。吴绍霆听说自己被提名为副总统，立刻表现出一副诚惶诚恐之态，连连推辞。
“震之，你是首义元勋，副总统原本就该有你的提名。不过眼下选举不太顺利，各省代表并非认为你不合适，只是觉得你年纪尚轻，副总统只怕有欠成熟。”朱卓文委婉的说道。
“朱先生所言，也正是我所忧虑。绍霆一介武夫，革命首义只是大家的爱抬，纵然没有绍霆率部起义，也会有其他人来完成此次大举，正所谓革命之势势在必行。”吴绍霆点着头说道。
“震之有这样的觉悟，吾等欣慰呀。”宋教仁有些无奈的说道。
来到总统府大门，吴绍霆透过车窗口看到大门上悬挂着十八星旗，可是却未曾看到代表革命政府的青天白日旗。他向宋教仁问起了这番缘故，宋教仁说：“这段时间太仓促，国旗还未能决定下来，所以暂时只悬挂陆军旗。”
吴绍霆点了点头，没有多说什么了。
进了总统府，马车穿过前两个院子，在东区马厩停了下来。
朱卓文带着吴绍霆先到东区后花园的会客室休息，各省代表闻讯，陆续赶到这里来与吴绍霆见面问好。宋教仁一直留在一旁帮吴绍霆做介绍，吴绍霆热情洋溢的与众人寒暄。朱卓文去向孙中山汇报吴绍霆抵达的消息，回来之后告知孙中山实在是百忙无暇，因为下午三点会有一场提名大会，不过傍晚孙中山会抽空前来相见。
吴绍霆表示遗憾，也表示理解。
宋教仁说：“下午的提名大会是总统拟选内阁名单，到时候震之你跟着王先生以广东省代表的名额入场。广东代表的政治意见王先生等下会告诉你，开会时震之你也有发言权，有什么话可以当场提出来。”
吴绍霆点了点头，转向一旁的王宠惠客气的说道：“广东议会竟然选定王先生为代表长，自然是相信王先生能够代表我们广东省的利益，届时请王先生按照您的意思来办，绍霆只是旁听罢了。”
王宠惠是学者型官僚的代表，曾获得了全中国第一张文凭，他能够成为广东省代表，也算是胡汉民一项明智的决定。
“总裁客气了，我一定不负所望。”王宠惠郑重的说道。
“哦，对了，克强兄现在何处，四个多月不曾见了，不知道他近况如何呢。”吴绍霆转向宋教仁问了道。
“虽然共和政府业已成立，不过克强最近反倒深入简出了。他这几天就没怎么来过总统府，一直住在丁家花园。”宋教仁叹了一口气说道。
“是吗？克强兄这是怎么了？”吴绍霆奇怪了起来。
“哎，有些话一言难尽。”宋教仁语气显得很郁闷。
吴绍霆看了看客厅的大座钟，现在已经快到三点了，想了想之后他说道：“等下午大会结束后，我们去一趟丁家花园吧。”
宋教仁说道：“开完大会，孙先生要见你呢。我看要么还是等明天吧。”
吴绍霆突然忘记了这一点，只好先这么办。
下午大会讨论不算激烈，几乎所有事宜都是投票来决定，纵然出现票数相近的情况也只是稍微发生口角，不会像菜市场那样的谩骂。吴绍霆一下午都没有说话，只是默默的看着大会的进行，就像是一个观光客一样。
散会之后，各省代表休息了一会儿，接着前往餐厅用餐。
总统府有三处餐厅，众人按照各自居处选择了其中一地。吴绍霆与广东代表一起在东园餐厅吃饭，他本以为各省代表之间挺和睦的，吃饭时也会在一起闲聊，不过真正来到餐厅落座之后才发现，几乎大家各自为政，根本不会相互攀谈，最多只是礼节性的打个照面。这似乎是意味着此次南京政府貌合神离的定局了。
晚饭过后，吴绍霆与广东省代表在招待所客厅里一起喝了一杯茶，讨论了一下后几日议程的情况。王宠惠是广东代表长，同时也是这次代表大会的副议长，所以对情况了解的十分详细，毫无保留的都告诉了吴绍霆。
一杯茶刚喝完，总统秘书室派人来请吴绍霆到西园去会见临时大总统。