张治中又说：“我还有一个动机：认为在这个时候（当时白崇禧任桂林行营主任，程潜任西安行营主任），为充实统帅部阵容，提高统帅部威权，必须负有声望的高级将才集中于中央，以便顺利地统率全队。我这一个大胆的建议，当初蒋表示犹豫，经过多少次的考虑，终于决定先后撤桂林行营和西安行营。”（《张治中回忆录》，第二九七页（文史资料出版社）。）
白崇禧调回重庆以后，为形势所逼，他不能再如在桂林当行营主任时那样，倚靠地方实力为后盾，保持其中间的政治立场了。
一九四〇年十月，国共两党关系严重恶化，核心问题是军事问题，例如：十月十四日，江苏省主席韩德勤调遣数万大军，向苏北新四军陈毅部作武装进攻，陈部一再忍让，自动退出姜堰战略重镇，以求息争，一致对外。但韩部仍继续前进，陈毅遂被迫自卫，发生黄桥战斗。
蒋介石利用此一事件为突破口，派总参谋长何应钦、副总参谋长白崇禧和中央派在重庆的代表周恩来、叶剑英进行协商，要求江南新四军和华北八路军限期集中黄河以北，几经会谈，未取得任何协议。
七月十九日，何应钦、白崇禧以正副参谋总长名义发表了“皓”电，指责八路军新四军：“一、不守战区范围，自由行动；二、不遵编制数量，自由扩充；三、不服从中央命令，破坏行政系统；四、不打敌人，专事吞并友军。”这些指责并不公允，八月下旬起，华北五省八路军发动了有名的“百团大战”，它打破了敌人的“囚笼政策”，怎么能说他们“不打敌人”呢？！
何、白“皓”电根据《中央提示案》作硬性片面的规定，限电到一个月内把（八路军、新四军）部队撤到划定的作战地区内（即黄河以北）。到了这个时候，白崇禧已身不由己作为蒋的政策工具了。
到一九四一年一月十三、十四两日，就发生历史上有名的“皖南事变”。新四军一万余人在江南泾县、太平一带被顾祝同指挥上官云相所部突然围攻，几乎全部被消灭，项英战死，叶挺被俘。重庆军事委员会发表新四军“叛变”经过，明令撤销新四军番号，将叶挺交军法审判。
一月十八日，中央对“皖南事变”发表谈话，指出“皖南事变”仅为国民党反动派投降大阴谋中之一个步骤而已，全国人民应亟起制止。同时向国民党政府提出惩办皖南事变祸首何应钦、顾祝同、上官云相。名单中没有提到白崇禧，这表明中央对白氏还留有余地。
在桂林行营时期，白崇禧是一方重镇，讲话很有分量。例如：白崇禧警告过在行营担任第二处长的杨继荣（军统分子），军统组织不能进入广西，杨氏诺诺连声，不敢违抗。中统见军统如此，也不敢逾越雷池一步。桂林行营撤销以后，中统收买了国民党广西省党部调查科长梁学基（原来是黄旭初的秘书，黄兼广西省党部主委），利用第二次的到来，在广西猛抓员和进步人士，如一九四二年制造“七九”事件，使广西工委负责人苏曼等三人受迫害致死；知名人士萨空了（1907—1988，蒙古族。1949年在北平协助胡愈之创办中国民主同盟机关报《光明日报》，任秘书长，是第一届全国政协代表。建国后历任中国民主同盟副主席、全国政协副秘书长。）也于一九四三年三四月间被逮捕，黄旭初派梁学基告诉萨氏，他是奉命办理的，但安全没有问题。暗示若交给中统直接处置，那就不能保险了。
随着桂林行营的取消，广西绥靖公署政治部也奉到军委会政治部命令，着于一九四一年年底办理结束，程思远调到重庆工作。