1654年（清顺治十一年），固始汗病故，早想清除和硕特蒙古在西藏政治影响的五世喇嘛，趁此机会分化瓦解他们。因为固始汗在世的时候虽然住在西藏，但青海的大本营是老老实实的，此时他亡故了，继承者断然没有他的权威，住在西藏的话，青海本部就很难控制得住。五世喇嘛敏感地抓到了这个时机，围绕着继承的问题，将和硕特蒙古势力分为了“西藏派”和“青海派”。简单地说，固始汗的大儿子达颜汗继位，住在西藏，名义上统管青海，但实际上，以固始汗五儿子博硕克图济农为代表的其他子嗣成立了事实上的“青海派”。
在这个过程中，“西藏派”的达颜汗得到了名义上的汗权，“青海派”得到了实际上的实惠，所以，两方都觉得五世喇嘛对自己一方有功劳。尤其是达颜汗，跟他父亲的能力相比差得太多了，所以并不怎么插手政务。建立一个不管事、又没有了青海大本营支援的“西藏派”，正是五世喇嘛清除和硕特蒙古势力的第一步棋。
但和硕特蒙古毕竟还存在，所以，第二步棋是趁它内讧的机会，五世喇嘛开始与更强大的准噶尔蒙古联络，企图借助准噶尔势力牵制和硕特蒙古势力；恰好此时准噶尔部也在进行政权交替，五世喇嘛便支持了自己的弟子噶尔丹。噶尔丹杀回准噶尔部后开始了大规模的兼并战争，到了康熙年间，和硕特蒙古已经无力与准噶尔部对抗，而准噶尔部的首领噶尔丹至少在名义上，却是和五世喇嘛一条心的。
这第二步棋，实际上培养、扶持、拉拢了一个强大的准噶尔，既威慑“青海派”，也威慑了“西藏派”。
第三步棋，继续彻底孤立近在眼前的“西藏派”。虽然达颜汗此时不管事，但说不准以后插手，况且固始汗的余部怎么会甘心放弃？最主要的，是“西藏派”表面上与“青海派”分家，但并不意味着彻底分裂。那个时代，蒙古各部的内讧和结盟就是家常便饭，内部矛盾在面对共同利益的时候，根本就不算矛盾。那么，与其让他们结盟，不如自己先拉拢一方、孤立另一方。所以，五世喇嘛极力撮合噶尔丹的女儿嫁给了“青海派”博硕克图济农的儿子。
这样，格鲁派远有清政府做总后台，中有准噶尔部做战略威慑，近有和硕特蒙古“青海派”做基地，而达颜汗又没有他父亲固始汗的政治能力，此前掌握西藏政权的和硕特蒙古“西藏派”，已经完全被架空。
架空的标志就是五世喇嘛掌握了第巴的任命权，而最后一任第巴桑杰嘉措又是个厉害角色，在他的领导下，格鲁派全面掌握了西藏的政教大权。然而桑杰嘉措对噶尔丹的倚重与支持，却助长了噶尔丹的野心。他以哲布尊丹巴不尊重喇嘛为名，于1688年起兵攻打漠北的喀尔喀蒙古，此后不听从清政府的调停，一路打到乌兰布通，威胁到北京。
可问题是，喀尔喀蒙古早在战争开始就归顺了清政府，此时，噶尔丹既不尊重中央政府的调停好意，又耀武扬威地武力威胁，这还了得？深知北部边防战略要义的康熙皇帝，于1690年到1697年三次征讨噶尔丹。虽然最终噶尔丹兵败自杀，但实际上，也只能说清政府北部边防、也就是漠北蒙古的喀尔喀部比较平定，准噶尔在西北的势力仍然存在。
联想到平定噶尔丹的前两次战争，噶尔丹第一次剩了几千人，第二次剩了几十人，就这样还打不死，准噶尔势力的顽强可见一斑，康熙皇帝不可能不防着准噶尔部东山再起。况且，他们的大本营远在伊利，绝不是平定了喀尔喀蒙古就可以一劳永逸的。
这就是康熙皇帝时刻提防的噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦的原因。
康熙皇帝非常清楚，西北战争打的不是军事，而是钱粮，这一仗再打下去，被拖垮的只能是自己。所以，平衡西藏、青海和回部的各方面势力的利益关系，才是他处理仓央嘉措这步棋的根本原则。
然而，这利益关系却不是那么好平衡的。
第一，策妄阿拉布坦的父亲叫僧格，本是准噶尔部的首领，但因为部落内讧被杀，这才使得僧格的弟弟噶尔丹趁乱起兵杀回准噶尔。按照继承制度，噶尔丹平息部落内乱后应该拥立侄子策妄阿拉布坦，但他却取而代之，并曾暗中迫害他。在噶尔丹被康熙皇帝打得狼狈鼠窜时，策妄阿拉布坦“积极配合”，趁噶尔丹自杀之机顺利谋取了准噶尔大权。但势力做大了之后，他也走了噶尔丹的老路，开始和清政府阳奉阴违。比较典型的例子是，他利用清政府对桑杰嘉措的不满，一再向朝廷参奏诋毁桑杰嘉措，企图借助清政府的威力扳倒西藏地方贵族势力，进而谋求自己在西藏的权力。也就是说，此时准噶尔从西藏地方势力的战略基地变成了反对派，并且继续反对西藏的和硕特蒙古势力，同时伺机反对清政府。
第二，康熙得知了五世喇嘛早已经去世的消息后，因为欺瞒朝廷和此前为噶尔丹开脱罪责，桑杰嘉措在西藏的地位也不稳了，虽然康熙皇帝并未处罚他，但这使和硕特蒙古“西藏派”看到了东山再起的希望。
1701年，达颜汗的继任者、固始汗的孙子汗去世，1703年，他的儿子毒死继任的哥哥后夺取了汗位，这就是野蛮而且傲慢的拉藏汗。拉藏汗的野心是恢复固始汗当年的特权，因此处处与桑杰嘉措为难，并想以此继续打击支持桑杰嘉措的准噶尔部势力，免得他们染指西藏事务。但桑杰嘉措宁愿依附失势的准噶尔，也不会甘心把权力交给和硕特蒙古“西藏派”的，因此他在此前一直为噶尔丹开脱罪名。
第三，至于和硕特部蒙古“青海派”，角色极为尴尬：博硕克图济农的儿子娶了噶尔丹的女儿，受了牵连，所以不受清政府的信任和支持；噶尔丹在世时准噶尔部与“青海派”关系比较好，但此时的策妄阿拉布坦与噶尔丹早年有恩怨，所以对与噶尔丹联姻的青海派也不支持；“青海派”本来就与“西藏派”闹矛盾，与强硬的拉藏汗依然敌视；本来“青海派”的大后台是桑杰嘉措为代表的格鲁派集团，也就是西藏地方贵族势力，但这个大后台又倒台了。
总的来说，准噶尔与清政府、“青海派”、“西藏派”、西藏地方贵族势力四面树敌；“西藏派”与准噶尔、西藏地方贵族势力、“青海派”三面为敌；“青海派”在清政府、“西藏派”、准噶尔、西藏地方贵族势力四个方面都捞不着便宜；而西藏地方势力在准噶尔、“青海派”和清政府的后台都不稳，却要对付“西藏派”。
这就是当时西藏地方势力、西藏蒙古势力、青海蒙古势力、回部蒙古势力和清政府之间错综复杂的关系，可以说，它们之间纯粹是貌合神离、钩心斗角，今天互相拆台，明天就有可能合作。
那么，清政府的利益关系平衡点在哪里呢？
康熙十分清楚，噶尔丹虽然死了，但准噶尔还是靠不住的，为了不让准噶尔的势力做大，就必须限制他们的发展，无论如何不能让他们再与西藏方面结盟。西藏是两股势力：桑杰嘉措的西藏地方贵族势力，和拉藏汗的“西藏派”蒙古势力。显然，要打击的是依靠和支持准噶尔的桑杰嘉措，但不能彻底打倒，那反倒让策妄阿拉布坦有机可乘，因此至少在一定时期内，康熙皇帝宽恕了桑杰嘉措此前的罪过。
但桑杰嘉措肯定还是要依附准噶尔的，别看现在策妄阿拉布坦在弹劾他，可一旦两人有了共同利益，很快就会结盟，所以，限制准噶尔还要依靠拉藏汗势力，于是康熙皇帝表面上采取了扶持拉藏汗的政策，还封给他一个“翊法恭顺汗”。但康熙何尝不知道拉藏汗是个贪心不足的野心家，过于支持他只会养虎为患，在西藏弄出个“噶尔丹第二”来，而如果拉藏汗与准噶尔策妄阿拉布坦联手，那就更无法收拾了。
这样一来，“青海派”的存在就显得极为必要了，因为它恰好在拉藏汗的“西藏派”和策妄阿拉布坦的准噶尔势力中间，更重要的是它也恰好离清政府的西宁大军最近，而它此时连个靠山都没有，对清政府诚惶诚恐，是个比较容易利用的势力。更主要的，是绝对不能让它和准噶尔联手，否则西宁大军都可能保不住。
这样，“青海派”的利益砝码就形成了：它既能牵扯住拉藏汗，不让他在西藏做大做强，又能阻止准噶尔觊觎西藏，日后如果再对西北用兵，清政府也不怕准噶尔往西藏逃窜；同时，“青海派”失去了桑杰嘉措和准噶尔的支持，只好依附于清政府，清政府一方面打压桑杰嘉措，给“青海派”演场杀鸡儆猴的戏，另一方面也得适当地支持一下他们，免得拉藏汗轻易吞并他们或者两派联手。
这样的政治战略论断实际上并不是康熙皇帝第一个做出的，早在1654年固始汗去世后，五世喇嘛便筹划摆脱和硕特蒙古对西藏的统治，当时他就说，“彼处（青海）是汉、藏、蒙三者会集的要冲之地……戴黄帽的教派（指格鲁派）之所以能同北方的施主们接近，关键在于青海地方的安宁。”正是在这一战略思想下，五世喇嘛才趁和硕特蒙古内讧之机，积极插手青海事务，直接培养出了“青海派”来。