6月9日，黄兴紧急从广州赶至汕头，同孙道仁密议。
黄兴虽然在补给问题上选择了退让，但是不代表他在福建归属问题上让步。
黄兴此行目的为组建福建军政府，推选孙道仁为都督。都督府在汕头成立，10日举行都督就职典礼。黄兴代表同盟会授予孙道仁都督印信，文为“中华军政府闽都督之印”。孙道仁接印，宣誓就职。
同时，黄兴令孙道仁将全镇新军弹药集中至骑兵第十标，立即回师福州夺取福建总督府，完成对福建的控制。
孙道仁接受黄兴的建议，毕竟他现在已经是名义上的福建都督了，师出有名。
第十镇步兵三十七至四十标新军的弹药和口粮全部收缴，发放给骑兵第十标。这样骑兵第十标便有了4个基数的弹药和口粮，可以迅速回师福州。
下午第十标火速从汕头出发开赴福州。
但是黄兴想出这招时已经晚了，当孙道仁率第十标骑兵抵达福州时，粤军已经占领了福州。
早在龙啸卿收降清廷海军时，他已经做出利用萨镇冰的海军掩护粤军海军陆战队突袭福州的作战部署了。
8日，龙啸卿发出密令：教导总队王远云为攻闽前敌总指挥，萨镇冰、陈博谦为舰队和陆战队指挥，于当晚返回福州马尾军港。
此时，驻扎在马尾军港的福建水师还不知道萨镇冰等已经易帜投靠广东军政府。萨镇冰谎称已经全歼广东海军，请福建水师和马尾基地炮台将领们喝酒庆功，将他们尽数诓骗至军舰上扣押。
萨镇冰等闽系海军将领们开始分别劝降他们，经过一个多小时的劝说诱降，大部分福建水师将领和炮台守卫接受了投降条件。小部分人反对但是已经左右不了大局了。
投降的福建水师将领们命令各自军舰上的部下们易帜反正加入革命，而投降的炮台守将们则掩护粤军海军陆战队进入马尾军港各个炮台，轻易夺取了炮台控制权。
晚上10点左右，粤军已经控制了整个马尾军港，福建水师的元凯、超武、靖海、泰安、镇海、登瀛洲、楚材等老式巡洋舰和炮舰，以及张、军两队鱼雷艇纷纷升起彩虹旗易帜投降。
马尾军港已经应列强们的要求被废除停用，除了船厂外已经没有什么像样的军事设施防御了。也正因为如此，所以清末海军因为没有基地而在只能在上海高昌庙和浙江象山重建海军司令部和军事基地。
控制了马尾之后，广东海军沿着闽江逆流而上，直捣福州城区。
9日凌晨，王远云指挥粤军海军陆战队向于山发起总攻。陈耀明率领百灵鸟大队，以“保护领事馆区和外侨”等名义，迅速并占领银元局、厘税局等金融机构，控制福建资金，同时对领事馆区的列强军队和巡捕房保持警戒。
凌晨3点左右，王远云率队攻入于山，并控制了于山各个交通要道和山隘险地。
于山俯瞰福建将军朴寿的老巢旗营，为必争之地。旗军疏于防范失此先着，成为困守一隅之局。加上福州将军朴寿所部八旗捷胜两营主力已经在黄冈溪全军覆没，此时老巢内不过八百余人留守，且群龙无首。
而粤军海军陆战队原有500来人，加上萨镇冰北洋海军陆战队1000余人合并进来后，总计1500余人，又占了地势，兵力强大锐不可当。
9日拂晓5时，号炮鸣响，王远云都督左路军，陈绍宽代为都督右路军，左右开弓开始进攻福建将军署。
黄钟英代为总督陆战队炮兵，6门57步兵炮集中火力轰击福建将军署，旗军巡防营死伤颇多。
Wωω ⊕t t k a n ⊕c o 早上六点半，旗人巡防营势不能支，士无斗志，在城上竖起白布降旗，上书：“将军出走，停战议和。”
王远云命手下人通知旗军“他们的将军朴寿已死，拒绝议和”。
粤军置之不理，继续炮击。
早上7点20分时，清军伤亡惨重，又在于山天君殿前门的标杆上，挂一面白布阵旗，上书：“请求停火，愿将全部缴械乞降。”
战至此时，福州留守巡防营四百余人投降，粤军突袭福州成功。
上午8点，王远云率军进入总督衙，并按照龙啸卿的密令立即组建福建军政府。
闽浙总督松涛本欲逃往福州日本领事馆，岂料粤军早有防备，陈耀明的百灵鸟大队将松涛抓捕押回总督府。
王远云拿枪顶着松涛的脑门心，告诉他只有两条路可以走，一是立即帮助粤军召集福建咨议局议员们开会支持粤军对福建的占领。王远云表示可以继续推松涛为福建总督，否则第二条路便是他扣动扳机。
松涛本想着不管王远云什么条件他都答应，只要留他一条老命即可。岂料王远云称粤军愿意支持他继续担任福建总督，这令他大喜过望。
虽然松涛明白他不过是一个傀儡都督，不过是龙啸卿借他的手先行稳住福建局势并控制福建的手段，但他还是点头同意了。
王远云收回手枪，松涛立即开始工作。
从来没有过的超高效率，松涛不到半个小时便召集齐了福建咨议局和福建工商联总会的所有要员来总督府开会。
会议上，王远云、萨镇冰等人宣布福建成立革命军政府，推举松涛为福建都督，表示出愿意维持现状的诚意。
这样，王远云等人的提议立即获得福建各界人士的支持，一次性通过了推举松涛为福建都督的决议。
上午10点，松涛正式就职福建都督，并通电全国宣布福建独立，同时福建都督府颁布安民告示出榜安民。由于只是福建省的暴利机关权利更迭，又粤军直接控制，其他部门正常运作，因此秩序井然，民众没有受到兵灾战乱影响，一切正常。
截止下午3点，福建省各地纷纷改易旗帜，升起各式各样的彩虹旗表示支持福建军政府。
龙啸卿目前正在大力培养嫡系行政人员，但是仅仅可以维持广东省的行政管理，根本无力接管福建政务，因此才会授意王远云扶植松涛这个傀儡都督，通过它控制福建各地官员们，这样完成对福建的整体控制，等待日后有了更多的嫡系行政管理人才后再替换这些旧官僚们。
当孙道仁的骑兵赶到福州后，大局已定，他这个都督虚衔也没了。
革命党最大的问题是没有自己军队，革命军不代表是革命党，他们大多数只是为了有好生活，为了军饷而起来造反。
因此当革命成功后，革命军的军饷稳定了后，他们便不再听革命党的指挥，而是效忠给他发军饷的政府。
很显然，龙啸卿在这点上看的无比透彻。
孙道仁的骑兵刚刚抵达福州，王远云便指使松涛进入孙道仁的骑兵军营，要求孙道仁服从福建军政府的命令，改换彩虹旗。
孙道仁知道这是粤军在夺他的兵权，不肯答应，表示他已经是中华民国任命的福建都督，拒绝加入被龙啸卿控制的福建军政府。
然而，他的部下们却是认为革命已经成功，要为自己考虑。他们都是福建本地人，自然要加入福建军政府了，而孙道仁所谓的湖北成立的中华民国政府又不给他们发饷，自然不同意。
孙道仁见手下人哗变，气愤无比，同许崇智一起愤然离营。
这样，第十标骑兵加入福建军政府。而松涛本想继续拉拢他们，以为自己靠山，岂料孙道仁刚走，王远云便带着大笔军饷进入军营。
对于清末新军来说，有奶便是娘，顿时宣布接受王远云的领导。
对此，松涛只是无奈的苦笑一番。粤军格外重视兵权，他看起来是休息再得到兵权了，还是老老实实的当他的总督吧！
孙道仁本欲回到汕头，那里还有他的第十镇其他军队。
然而，当他回到汕头后，第十镇已经被粤军改编为第第十镇参谋官，也是同盟会成员，如今已经脱离同盟会加入民生党，并取代了孙道仁成为师长。
孙道仁气得要死，大骂彭寿松没有义气，但已经无济于事。最让他生气的是黄兴也在汕头，竟然没有看住军队，让龙啸卿多了去。
对此，黄兴同样苦笑。为了夺取福建，黄兴将第十镇的其他各标士兵的弹药和口粮收归第十标使用。结果第十镇各标饿肚子，而粤军把持补给，趁机策反彭寿松。
彭寿松是第十镇参谋长，威望甚高，不甘心久居孙道仁之下，因此投靠了龙啸卿。
当黄兴安抚各标新军时，彭寿松并当着全军的面直接脱离同盟会，并指责黄兴和孙道仁等同盟会成员不顾第十镇兄弟们的死活。
彭寿松的突然倒戈，让黄兴陷入了万般尴尬之地。由于孙道仁和许崇智都不在，第十镇官兵们为彭寿松马首是瞻，黄兴对他们没有影响力，结果在彭寿松的鼓动下，第十镇新军接受广东军政府改编易帜，成为第十二师。
孙道仁要求黄兴找龙啸卿讨回公道，可惜黄兴一来指望粤军北伐不能得罪，二来他和龙啸卿有协议，如今龙啸卿控制了福建，革命党不可以再插手干预福建军政。
这样一来，孙道仁无法夺回他的军队，跟黄兴大吵了一架后，带着许崇智前往湖北参战。
而黄兴叹口气，直接返回广州，准备继续督促龙啸卿北伐。