花了一天的时间轰炸莱桑岛之后，斯普鲁恩斯没有等到第四特混舰队，同时也判断，第四特混舰队将死守中途岛，不会去管莱桑岛上的陆战队官兵的死活。在28日夜，斯普鲁恩斯就重新调整了两支特混舰队的行动，按照他之前制订的计划，在29日轰炸中途岛。
在28日上半夜的时候，第51特混舰队就机动到了中途岛东南方向的利相斯基岛附近。这里是舰队在夜间隐藏的最佳海域。唐帝国海军航空兵在中途岛上部署了大量装备有雷达的夜间侦察机，而这些侦察机可以发现海面上的战舰，却一个缺陷，即雷达无法分辨出海面上的礁石与战舰的区别。因此，夜间侦察机一般不会到岛屿附近活动。利相斯基岛附近有很多礁石，这将严重干扰雷达，让舰队躲在这里，将要比暴露在空旷的海面上更为安全，也更不容易被发现。
第52特混舰队则在夜间向北机动，舰队里的轰炸机在夜间就做好了出发的准备。轰炸中途岛的任务是由第51特混舰队执行的，而第52特混舰队的任务是掩护第51特混舰队，如果第四特混舰队出现的话，那么就将由第52特混舰队首先对付第四特混舰队，第51特混舰队在收回了轰炸机群之后，再去迎战第四特混舰队。当然，就斯普鲁恩斯本人的意愿来讲，他不希望第四特混舰队尽快出现，至少不希望在第51特混舰队的轰炸机都去对付中途岛地机场的时候出现。
天亮前一个半小时。也就是凌晨五点的时候，第51特混舰队的轰炸机就全部起飞了。斯普鲁恩斯将三艘航母上的200多架轰炸机编成了两个机群，每个机群由一个大队的战斗机护航，两个机群的轰炸机是连续起飞的，而且第一个机群地护航战斗机派在了轰炸机之后，而第二个机群的护航战斗机派在了轰炸机之前起飞，这样一来，两个大队的战斗机就将连续起飞。然后赶在第一批轰炸机之前到达中途岛上空。如果遭到唐帝国岸基战斗机的拦截的话，两个大队的护航战斗机就能同时投入战斗，而不是单独迎战，这对夺取制空权有很大的帮助。
斯普鲁恩斯之留下了一个大队的战斗机执行舰队防空任务，他并不担心舰队会遭到攻击。在他看来，就算第四特混舰队会突然杀出来，那么应该是第52特混舰队挡在前面，而第51特混舰队不会首先被发现。
莱桑岛与利相斯基岛的东南面，因此中途岛东南面的海域相对来说不利于舰队作战。而第51特混舰队就在中途岛地东南面，第52特混舰队在其北面。也就是中途岛的东面。第四特混舰队很有可能从中途岛北面绕过来，那么就应该首先与第52特混舰队遭遇。斯普鲁恩斯的部署中也明确了这一点，第52特混舰队的侦察机将重点搜索北面与西北面海域，而第51特混舰队的侦察机则将重点搜索西面海域。
在轰炸机群发回轰炸报告之前，斯普鲁恩斯收到了内克岛发来的消息，登陆舰队已经在七点的时候离开了锚泊地。正在赶往中途岛电报的内容很短。没有提到别的事情，因此斯普鲁恩斯也只能判断，内克岛上那有限的夜间侦察机并没有什么收获，也就是说，第四特混舰队没有去偷袭内克岛那边的登陆舰队。这应该是一个好消息，至少这让斯普鲁恩斯相信，登陆舰队还是比较安全的，而第四特混舰队仍然留在了中途岛附近海域，也许其派出的侦察机正在朝第52特混舰队飞去呢。
七点过十分，第一批轰炸机群发回了消息。机群成功的轰炸了中途岛上的机场，但是遭到了唐帝国岸基战斗机，以及高射炮的猛烈拦截。在该机群到达之前，已经有至少30架战斗机紧急升空，结果飞在最前面的护航战斗机首先与这群“金鹰”交战。空战中。有20多架Ｆ6Ｆ被击落，而随后到达地SB3C以及TBF机群也遭到了拦截，总共有超过40架的战机被击落，而那批唐帝国的战斗机也被击落了接近20架。因为跑道没有完全摧毁，所以第二批机群将继续轰炸机场，而不是去对付岛上的其他目标。
半个小时后，第二批轰炸机群的报告也发了回来，机场地跑道已经被全部摧毁，至少有上百架的唐帝国战机在地面上被炸毁。另外。该机群也损失了20多架轰炸机。不过，唐帝国的防空战斗机已经用光了弹药或者是燃料。而且肯定无法再次起飞，只能在平坦的海滩上迫降。领队飞行员要求进行补充轰炸，以扩大战果，防止唐帝国陆战队修复机场。
这个战果与战损比超过了斯普鲁恩斯的预料，显然，偷袭没有完全成功，损失很大。当时唯一能够立即补充轰炸中途岛的是第52特混舰队的轰炸机。第52特混舰队距离中途岛大概有400海里，这超过了轰炸机的打击半径，因此第52特混舰队的轰炸机在完成了轰炸任务之后，只能到距离更近地第51特混舰队的航母上来降落。可这样一来，就将导致第52特混舰队没有打击力量了。
斯普鲁恩斯没有让第52特混舰队去轰炸中途岛，到现在，他还不知道第四特混舰队的准确位置，必须要保留一支可以摧毁第四特混舰队的打击力量。另外，中途岛上的机场已经被炸毁，大部分的战机都被摧毁在了地面上，就算唐帝国陆战队能够创造奇迹，在几个小时内修复一段跑道，那也最多只有不到二十架的战斗机可以继续升空作战，这对第51特混舰队是没有威胁地。因此。等到轰炸机群返航之后，再从容不迫的发动第二轮轰炸，这也是可以的。
说白了，斯普鲁恩斯仍然有点忌惮第四特混舰队，害怕遭到第四特混舰队的突然打击。比如在第51特混舰队的轰炸机出发之后，舰队就离开了利相斯基岛附近海域，而是在向第52特混舰队靠近。反正就当时的情况而言，斯普鲁恩斯不害怕遭到中途岛上的岸基轰炸机的反击。只是担心第四特混舰队会突然杀出来，打他一个措手不及。
到八点半，也就是第一批出发地轰炸机群快要返回舰队上空的时候，斯普鲁恩斯收到了特纳发来的电报，第52特混舰队暴露了！
发现第52特混舰队的是一架返航的远程侦察机，这架侦察机肯定是在夜间执行远程侦察巡逻任务的，并且在天亮后返航，在八点二十分左右，无意中飞到了第52特混舰队上空。虽然第52特混舰队的防空战斗机迅速的将这架笨重的，没有多少自卫武器的侦察机给击落了。但是侦察机已经发出了电报，第52特混舰队的行踪彻底暴露了！
斯普鲁恩斯只迟疑了五分钟，就立即下令让第52特混舰队南下，向第51特混舰队靠过来，同时让第51特混舰队上空的那个战斗机大队立即飞往第52特混舰队，加强第52特混舰队的防空力量。可让他感到极为疑惑的是，这个时候。两支特混舰队的侦察机都已经到达了最大侦察半径上，如果第四特混舰队在附近的话，那么早就被发现了。难道第四特混舰队不在中途岛附近？或者说，第四特混舰队会从其他的方向杀来？
后一种可能性是无法排除地，斯普鲁恩斯直接取消了补充轰炸中途岛的行动，让轰炸机全都留了下来，并且让飞行员做好了轰炸舰队的准备工作，航空勤务人员则准备为轰炸机挂上航空穿甲弹与鱼雷，而不是对付地面目标用的高爆弹与燃烧弹。另外，斯普鲁恩斯还安排了一批轰炸机挂着副油箱紧急起飞。去填补侦察网上的漏洞，扩大侦察搜索范围。
十点，第二批轰炸机返回了第51特混舰队，斯普鲁恩斯仍然没有让这批轰炸机去继续轰炸中途岛，他觉得现在还不是时候。一直没有现身的第四特混舰队才是最大的威胁。因此，现在的首要任务是加强舰队防空，并且派出更多的侦察机，搜索周围的海域，绝不能让第四特混舰队悄悄靠近，更不能让第四特混舰队成功打击第52特混舰队！
到十点半的时候，第二批出发的侦察机仍然没有任何的消息发回来，而第一批出发的侦察机已经返回了舰队。斯普鲁恩斯与特纳都在这个时候安排了另外的轰炸机去执行侦察任务，他们不敢有丝毫地松懈。更不敢有丝毫的大意。至于要不要继续轰炸中途岛，这已经不是斯普鲁恩斯所考虑的问题了。
直到十一点。在第三批侦察机出发之后，斯普鲁恩斯才收到了一封重要的，同时让他松了口气的电报，一艘在马里亚纳群岛北部海域执行完战斗巡逻任务地潜艇在返回珍珠港的航线上发现了一支庞大的舰队！该潜艇是在海面上航渡的时候与这支舰队遭遇地，结果还没有来得及下潜就遭到了对方驱逐舰上的火炮地攻击，潜艇地耐压壳体被炮弹击穿在艇员还没有完全逃出来的时候就沉没了。最重要的是，该潜艇在沉没之前，艇长将与敌舰队遭遇的具体位置发了出来。
电报中没有提到敌舰队中是否拥有航母，却提到了敌舰队规模非常庞大。这已经足够了，因为没有任何一支唐帝国的运输船队会跑到内克岛北面海域去，能够出现在那里的肯定是唐帝国海军的第四特混舰队！
斯普鲁恩斯很快就想到，第四特混舰队出现在内克岛北部海域，肯定是想去偷袭登陆舰队，可为什么没有攻击内克岛呢？可能是第四特混舰队的司令官惧怕内克岛上的侦察机与轰炸机，或者是别的什么原因。后来斯普鲁恩斯才考虑到，在轰炸莱桑岛与中途岛的时候，他只安排了一支特混舰队出动轰炸机，因此这让第四特混舰队的司令官认为另外一支特混舰队埋伏在后方，准备利用登陆舰队做诱饵，偷袭第四特混舰队。
不管怎么样，当时斯普鲁恩斯不再有任何顾忌了。十一点过十分，他就下令让两支特混舰队的所有轰炸机全部去轰炸中途岛，并且舰队也转向接近中途岛，争取在傍晚前再完成两次轰炸任务，这至少能够让陆战队认为舰队在给他们全力支援吧。而当时第四特混舰队距离第五舰队还有700多海里呢，斯普鲁恩斯根本就不需要担心什么。
轰炸行动一直持续到了傍晚，第五舰队在轰炸行动中损失了近100架战机，其中有75架轰炸机。这个损失确实不小，可并没有让第五舰队失去战斗力，而且中途岛上的大部分重要目标都已经被摧毁，机场也被炸成了废墟，从侦察机拍下的照片来看，中途岛上的机场在两到三天之内是不可能修复的，就算修复了，中途岛上的唐帝国军队也没有战机可以使用！
参谋们统计战果与战损的时候，斯普鲁恩斯正在考虑该怎么对付第四特混舰队。第52特混舰队已经被唐帝国的侦察机发现了，可在第四特混舰队赶来之前，第52特混舰队有足够的时间逃到安全的海域去。那么第四特混舰队会返回中途岛吗？肯定会，毕竟中途岛是唐帝国海军的防御核心。另外，第四特混舰队会去偷袭登陆舰队吗？可能性应该不大，到天亮之后，登陆舰队距离中途岛大概只有350海里了，而且在第五舰队的掩护之下，因此第四特混舰队不可能在明天偷袭登陆舰队。
想到这，斯普鲁恩斯有了一个大胆的决定，在中途岛等第四特混舰队，与第四特混舰队决战！相关的命令很快就下达了下去，可就在斯普鲁恩斯坚信第四特混舰队会主动前来“受死”的时候，他突然意识到，自己忽略了一个问题，一个极为重要的问题。