人族，有熊氏部落。 一大清早, 一个女子宛若九天神女般从天而降, 来到了轩辕的大军之中。却仙界的九天玄女, 此次前来乃是奉了仙界之主昊天大帝和瑶池金母的命令, 同样是为助轩辕打败蚩尤。
轩辕正在一筹莫展时，突然天庭派人下来援助，不禁大喜，赶紧把九天玄女迎入大营。礼毕，九天玄女道：“轩辕人皇为天定，今蚩尤逆天行事，不顾天下百万生灵涂炭，以致祸乱四起，我奉大天尊圣旨，前来相助轩辕人皇，灭了蚩尤。”
这时，广成子在一旁冷笑：“昊天说的大话！三界之主却派一弱女子前来相助，便能灭了蚩尤！我等众人都没有敢持这份能耐，莫不是昊天随便派了你来，借着个名义，想拣个便宜不成。”对于昊天，广成子没有放在眼里。
轩辕对于昊天与诸圣之事不甚了解，之前听九天玄女乃天帝派来相助的仙女，本是一喜，但是现在听广成子之言，似乎对昊天有意见，便有了迟疑，望向阐教诸仙，等诸仙开口。
云中子看着九天玄女一脸难看，便道：“天帝能派你来，也是顺应天意，轩辕，莫拂了人家的好意，毕竟，人家可是天界之主。”
天界之主？九天玄女心中暗怒，众圣什么时候将昊天这个天界之主放在眼里了？她又岂听不出其中讽刺，不过昊天临行时有交待，只能隐忍不发火，向云中子拜谢。轩辕听到云中子的话后，便明了之意，遂向九天玄女称谢。
礼毕，九天玄女向轩辕传授天书，三宫五意阴阳之略，太一遁甲六壬步斗之术，阴符之机，灵宝五符五胜之文。为了战胜蚩尤，九天玄女又让轩辕制作豪音 牛皮巨鼓八十面，又再授予黄帝图策，印剑之物，以战备之用。 轩辕氏按照九天玄女所授兵法，演练士兵，同时派人四处寻找能人异士，克制法宝、雨师。
能臣辅佐，猛将云集，兵强马壮，第二日，轩辕重整大军，准备又和蚩尤重新大战。
蚩尤大叫大喊：“轩辕，你还敢来送死？”
轩辕：“少废话，今天必破大阵，到时你后悔莫及了。”
轩辕所帅领着人族战士, 在广成子等一干修士的帮助之下, 经过了一阵厮杀之后, 终于冲进了九九寂灭大阵之中。
蚩尤也不在意，忙着展开大阵，只见一阵阴风笼罩个全阵，把轩辕全体战士困在阵中。
在这危险时刻，九天玄女浑身仙光闪耀，清气充盈，在头顶凝结成千余只凤凰，翩翩起舞，散发股股凤凰不死气之气，形成瑰丽华盖，护住法身。 轩辕有轩辕剑保护，轩辕剑射出尺许白光，正气凛然，公正不阿，诸邪避退，不敢靠近；广成子等阐教诸仙有庆云金灯白莲玉清仙光护体。 轩辕一行人径直行至魔杀阵的中心，轩辕便见三头六臂的蚩尤正手持血魔幡，口念咒语，周围不断涌出血煞魔气。
只见此时，蚩尤身高百丈，浑身上下被一团浓浓的血煞魔气笼罩着，而颈上三头，则不断喷薄出黄、青、黑三色气体。
“嘿嘿，轩辕小儿，你来了，如此正好，将你这人族人皇轰杀，以祭我的魔杀阵。”蚩尤冷笑道，然后无数血煞魔气凝为实体，竟似万鬼哭嚎，然后向公孙轩辕扑来。
轩辕见状，忙取出策使鬼神之书，只见其书展开，非金非绸非布，散发出一阵青明光芒，青明光芒照耀周围百里，万鬼恐慌乱窜，但却被定住般，纷纷向策使鬼神之书飞来，被吸入其中，瞬间，化得干干净净，血煞魔气顿时终结，变得稀薄。
蚩尤见伤其不得，定睛看去，一惊：“这是天界主管的策使鬼神之书？”轩辕道：“正是。”蚩尤怒吼：“巫、人两族之战，应由我们两族解决，想不到天庭也要插手此事，真是岂有此理！”昊天执掌天界，这几年威名赫赫，蚩尤见天庭站在轩辕一边，不禁又惊又怒。
轩辕冷笑：“你逆天行事，昊天大天尊，不派兵剿灭于你，而是借我之手，却是合了天数。”蚩尤怒吼一声：“天数个屁！轩辕小儿，今日，我便叫你知道何为天数。”
只见蚩尤祭起血魔幡，血魔幡升至半空，发出血红光芒，一瞬间，血光大盛，血海魔杀阵仿佛受到刺激般，隐隐发出洪荒神魔的厉吼，整个血海魔杀阵如被搅动的血海，魔煞之气充溢大阵百万里方圆，而血魔幡的血红光芒，直欲冲开九天云霄。
轩辕阐教诸仙见此，不由大惊，忧道：“轩辕，能杀得了蚩尤吗？”心里却想：“不要说杀了蚩尤，只怕能保住小命，就不错了。”
大阵之内的轩辕见状，不由脸色一变，加催大法力，全身被白茫茫的仙瑞之气笼罩，其中，隐有五彩神龙盘绕，龙吟阵阵，血海魔杀阵内生出的万千洪荒神魔却是无法靠近，轩辕方心一定，然后祭出六甲六壬兵信之符，六甲六壬兵信之符立于半空，百丈长短，发出淡黄光芒，符身有亿万晦涩符篆，只见亿万符篆闪烁过后，魔杀阵内凭空出现亿万金甲神将，持各异神器纷纷向万千神魔斩杀而来。
轩辕祭出六甲六壬兵信之符后，紧接着，将制妖通灵之印祭出，只见挣扎的万千洪荒魔神受制妖通灵之印清光所制，在无数惨叫声中，被金甲神将斩杀，化为虚无。
蚩尤心中怒吼连连，，眼中红光大盛，直欲杀上天界，将昊天撕碎。知轩辕手中天界灵宝是昊天所给
蚩尤怒吼一声，向血魔幡注入大巫本身精血，只见血魔幡吃了其本身精血后，仿佛活了般，颤动不已，幡面骷髅人头红白光芒交替，挣脱了出来，化为一具百丈骷髅血魔，全身上下滴淌着腥红鲜血。
轩辕手持轩辕剑，注入大法力，只见剑身金光大盛，然后化为一阵金光，向骷髅血魔穿杀而过。
看着轩辕剑所化金光，将骷髅血魔洞穿出一个大窟窿，轩辕心中一喜，不料骷髅血魔并未倒下，而是狰狞大笑，先前被命魔之剑所破的大窟窿又渐愈合。
被骷髅血魔吸食了大半精血的蚩尤，虚弱地仰天狂笑：“轩辕小儿，你认命吧！这骷髅血魔乃天地之间最厉害的魔神之一，你那些小法宝，只能给他挠痒痒而已！”
骷髅血魔狰狞一笑，嘶叫一声，向轩辕扑杀而来，其四周被血红所罩，身在万里之外，血腥之气已直扑而来，轩辕其周身的仙瑞之气隐有不可挡，五彩神龙亦萎缩了些。
九天玄女一指，轩辕怀中飞出天地印，宝印祭于半空，化身九龙，金光大盛，充斥血海魔杀阵的空间。九龙盘绕，各施神雷，溺水，虐火，疾风，然后向骷髅血魔轰杀而去。
天地之间，似乎一下子暗淡了许多，骷髅血魔受崆峒印一记轰杀，退飞百里，然后被九龙不断盘绕，吼叫连连，似有不甘，在金光之中渐渐消散。可是，轩辕大军被魔音所扰，顿时陷入混乱，自相残杀，惨嚎之声密密麻麻、此起彼伏，让人入耳瘆人。
九天玄女复又祭起昊天镜，昊天镜果然不凡，一道通天光柱射出，光明正大、浩浩荡荡，笼罩在轩辕大军，垂下万千氤氲雾气，驱散了魔音和煞气。九天玄女摘下瑶池所送的金簪，望空一抛，一只金凤从云雾祥光之中诞生，围绕昊天镜鸣叫，其音高雅、清越，能够清心寡欲，抵消了靡靡魔音。刹那，此阵被破，太阳当空，迷雾一空。
轩辕大喜，指挥大军猛冲，蚩尤兵打乱。相柳等十名大巫一看蚩尤兵乱，赶紧冲上。只见一只仙旗出现在空中，发出七彩光芒卷起相柳等十名大巫快速飞走。消失在天际。
风师、雨伯一看不妙，赶紧做法，狂风大作，暴雨连降，洪水冲向轩辕大军。这时空中闪出一道人，正是凌霄。只见凌霄现出五爪金龙真身，在云中翻云覆雨，让两军战士大为惊骇。龙吟一声，洪水化为一道白浪吸入五爪真龙口中。五爪真龙尾巴一摆，狂风顿时熄停。霎那间烈日当空，热浪滚滚，风雨全消。凌霄乃远古祖龙化身，这呼风唤雨之术，谁能比得上他呢。 由于凌霄在此战立下大功，后轩辕奉龙为华夏族的图腾，得到华夏民族子子孙孙的崇拜，亿万中华儿女更自称为龙的传人。
蚩尤又念动驱兽咒，大批猛兽往轩辕大军冲去。轩辕大军大乱，凌霄一指，轩辕怀中的一枚天地印飞出，九龙盘踞，栩栩如生，虎虎生威。滴溜溜的在空中徐徐转动，邦卉一口清气吐出，脸色一阵苍白，无数云气围裹，宝印吸纳一空，周身金光熠熠，越璀璨耀眼，猛兽也被突然升起的一股气势所惊，顿时不听蚩尤的指挥，往回逃跑，把蚩尤的大军冲垮。
轩辕大军顿时士气大振，声动如雷。轩辕命令军士以雷兽之骨，大击八十面变牛皮巨鼓，一时鼓声大行，一击震五百里，连击震三千八里，只见整个战场地动山摇，天旋地转，喊杀冲宵汉，使得大量董尤兵卒神魂颠倒，冲杀元门，败到如山。
这场仗打了三天三夜终于击败九黎部落，活捉了蚩尤。九黎战士见蚩尤被擒获，没有了战意，除了少数拼命抵抗外，大多数归顺了轩辕。轩辕安抚了归顺的九黎族后，消灭了顽抗分子，率军押解着蚩尤返回了自己的部落。
轩辕返回部落，对天下万民宣告了蚩尤的罪状，之后下令将蚩尤处斩。
刑场由轩辕亲自主持，而即将行刑的蚩尤一脸不屑的看着轩辕，轩辕见行刑时间移到，大声说道：“行刑！”刽子手立即用大刀砍在蚩尤的脖子上，“咔”的一声，由于蚩尤为巫族后裔，肉身强悍，大刀断为两截，却没能伤及蚩尤分毫。轩辕急忙命令换一把快刀，试了数次，却未能杀了蚩尤。
蚩尤哈哈大笑：“我乃大巫之体，刀枪不入，想要杀我？做梦吧！”
轩辕道：“蚩尤你别得意。”他拔出广成子送给他的轩辕剑狠狠向蚩尤砍去。这轩辕剑前身是戮巫剑，连祖巫都可以杀害，何况蚩尤的大巫之体？
只见轩辕剑向蚩尤脖子砍去，锋利无比的轩辕圣剑，毫无阻碍一剑斩下了蚩尤的头颅。
轩辕黄帝看着蚩尤的头颅，仰天说道：“蚩尤头颅已被吾斩杀，无数无辜冤死的人族英魂啊！你们可以安息了！”
“哈哈哈。。。”
突然一阵诡异的笑声响起，轩辕黄帝惊骇无比的望去，只见蚩尤那无头之躯根本没有流下一丝鲜血，那被斩下的头颅正在疯狂的大笑着。
原本厮杀的战场此刻瞬间停止，望向那蚩尤所在的方向，心中惊骇无比。
“哈哈哈。。。公孙轩辕，本座早就说过，吾乃不死之身，即便是那轩辕圣剑也休想斩杀我蚩尤！哈哈。。”
蚩尤笑罢，口中喃喃念诵着什么，那被斩落的头颅瞬间飞至断颈处光华一闪，再次紧密无间的联系在一起。
轩辕黄帝看着这诡异无比的景象，心中亦是震惊不已，不过面上却是不显丝毫，道：“蚩尤，即便你有此保命神通，今日你也死定了！”言罢，再次挥动手中的轩辕圣剑将那蚩尤的头颅以及四肢斩下。
那被斩下的身体部分还在活动，蚩尤头颅笑道：“公孙轩辕，无论你斩一万次还是无数次结果都一样，吾修成了无相元神，元神不灭，吾便是不死之身！”
轩辕黄帝紧皱眉头，心中苦苦思索。
这时那广成子说道：“陛下，贫道师弟赤精子有一宝贝，名曰阴阳镜，定可克制这蚩尤！”
轩辕黄帝大喜，望向赤精子道：“还请师叔相助！”
赤精子闻言淡笑道：“陛下不必客气，贫道自当相助！”言罢，取出阴阳镜，白红二色闪烁不断，把白色的一面照射在蚩尤的身上。
只见蚩尤在白光的照射下，依然无所畏惧，面带笑意的望向众人。
“怎么可能，阴阳镜竟然不起作用！”赤精子大惊失色。
众仙亦是大惊，忍不住暗道：难道这蚩尤真是不死之躯吗？
就在众仙暗暗苦恼之际，只见天际上却是飘来一朵祥云，轩辕黄帝看去只见那祥云上屹立的女子一道人。
凌霄落下云头，对着轩辕黄帝一拜道：“人皇陛下，小仙奉玉帝之命以此宝镜相助人皇陛下斩杀蚩尤，建立不世之功！”
轩辕黄帝大喜不已，闻言谢道：“劳烦大仙代为转告玉帝，轩辕多谢了。”
凌霄点了点头，手持昊天镜对准蚩尤，只见镜子闪烁出一层毫光，光华一闪照射在蚩尤的身上，蚩尤立马感觉到一股危机感传来，自身修成的无相元神瞬间被一股玄奥的力量所封印。
心中惊恐不已，望向那宝镜眼中露出浓浓的恐惧！
轩辕黄帝手持轩辕剑上前一剑斩下蚩尤的头颅，只见这时蚩尤身躯终于流出鲜血，轩辕大喜又连斩四剑斩下蚩尤的四肢。
那凌霄道：“这蚩尤不知修炼的何种神通，竟然这般诡异，为了日后避免其复活还是将他身躯分别置放在天地五处，借助天地之力镇压！”
轩辕黄帝道：“天帝此举大善，就依天帝之言！”
却是命人找来龙马，将蚩尤的头颅，四肢连接的躯干部分运送到五岳之地，在辅以无数阵法禁止将封印之地布置的固若金汤，日夜命人看守。