时间进入九月份，张学良果然在奉天发表声明，全力支持中央政府，接着东北军大举入关。由于傅作义事先做了充足的准备，并派出一旅人马由廊坊出击，在北平和天津之间进行了有效的阻击，延缓了东北军进军的速度，从而为他安全撤退赢得了时间。
接着傅作义率部，经北平沿着平绥铁路向张家口撤退，他们的目的地是撤往山西大同。截止到九月下旬，傅部已经进入安全地带。傅作义的妻女仍然留在了北平穆府，一路上傅作义心情十分颓废，今后何去何从？让他十分迷茫。
同样是九月份，王德彪率领一部分兵力进入甘肃萧州，并接受马步青的整编。一切都在按部就班。与此同时，鲁大虎率部进入甘肃，并于九月下旬占领兰州。历时五个月的中原大战，终于进入尾声，中国的政治格局，经过一场残酷的战争，将进入以蒋介石为首的统一的格局。但是这场大战带来的负面影响，很快就会显现。
十月初，阎锡山在郑州和汪精卫会面，就商讨通电停战等一系列问题进行会晤。当天阎锡山便和汪精卫达成私下协议，阎锡山企图利用汪精卫的政治影响力，为自己谋取一份好处。当天晚上阎锡山返回石家庄。而冯玉祥也率领部分司令部人员撤退到黄河以北的新乡，蒋军部队于十月六日进入郑州，中原大战终于烟消灰灭。
随后的政治斡旋稍后展开，在大战进入尾声的时候，蒋介石的心腹大患自然是放在了南方，他为了迅速抽调主力部队回江南对红军作战，表示对善后处理以宽大为怀。并将收拾华北残局交给张学良全权处理，尤其是对河南的军事也摆出一了百了的姿态，以求政治解决。
接着蒋介石派出和西北军关系密切的人士，到河南处理善后事宜，而冯玉祥把兵权交给了鹿钟麟，并表示本人不再过问军事。随后，鹿钟麟和蒋的代表进行接洽，并提出条件：1，冯玉祥下野外游，希望给予方便。2，军队由鹿钟麟负责改编，保留10个师的编制，并以河南西部及陕甘为驻防区域。3，划拨编遣费300万元。
鉴于西北军大部分已经投靠，在这种情况下，蒋介石自然不会允许西北军这个集团继续存在下去，几经商讨没有结果。此时，西北军的各支部队，已经完全分崩离析，蒋介石堂而皇之的委任他们，虽然是名义上的，但是这是大势所趋，冯玉祥也没有办法。
十月八日，冯玉祥前往石家庄，并和阎锡山商谈，两个败军之将现在反而冰释前嫌，随即达成协议，阎锡山表示暂时把军权交给徐永昌，冯玉祥表示把西北军交给鹿钟麟。他们两人出国暂避，然后他们分别通电下野。
而冯玉祥回到晋城，没有表示出国远游的意思。他仍然抱着幻想，希望掌握着西北军这部分残余力量回西北继续发展。接着他又做出新的决定，把兵权交给了心腹孙良城，此时孙良城已经没有一兵一卒，自然无法驾驭各支部队。
后来，鹿钟麟到南京斡旋，但是蒋介石对他十分冷淡，并表示冯玉祥和他必须下野，没有商量余地，鹿钟麟见大势已去，被迫通电下野。由于，杨虎城率部返回西安，刘郁芬被迫离开返回兰州。冯玉祥重返西北的打算完全绝望，不得不离开军队前往晋祠隐退。至此，冯玉祥惨淡经营历时二十余年的西北军遂完全瓦解崩溃。
阎锡山返回太原，穆亚平见到他时，和当初逐鹿中原征战的模样简直是判若两人。阎锡山似乎老了许多，头上出现了白发。阎锡山见到英气勃勃的穆亚平说：“早知现在，何必当初不自量力。我阎锡山一世精明，竟然落得如此下场，此乃天意。”
穆亚平劝慰说：“阎长官，胜败乃兵家常事。常言说：留得青山在，不怕没柴烧。你现在是以退为进，我相信过不了多久，你还会主政山西。我穆亚平身受阎长官恩惠，追随阎长官至死不渝，我穆亚平对天起誓。”此时，穆亚平表忠心，时机选择的恰如其分。
阎锡山有些感动，望着眼前的年轻才俊，随即他改变了原来的想法说：“知我者，穆老弟也。为了山西的父老乡亲，我准备让你担任军政部长一职，并统领山西军务。我苦心经营的军队，今后就仰仗你了，不要让我失望呀！”
穆亚平谦让说：“阎长官，属下才学疏浅、资历平平，恐难以服众，实在难以当此大任，请阎长官三思！”闻听此言，阎锡山内心更加高兴，不容质疑说：“在这危难时期，不要推三阻四，我意已决，希望你不要辜负了我的重托。下一步撤回来的部队，肯定要进行编遣，我想听听你的想法，你的打算是什么？”阎锡山开始考量他了。
穆亚平略一思索说：“现在部队已经达到三十多万，我准备向张学良提出条件，维持四个军的编制，为了掩人耳目，每个军保持五万人马，这样我们就可以维持20万兵力。另外，为了不引起社会动乱，编遣下来的部队，可以变成军垦部队。”
“军垦部队？说说你的想法，我们能安置这么多人吗？”阎锡山眼睛一亮问。穆亚平胸有成竹说：“目前河套地区已经开发成型，而后套地区也正在着手开发。本来我要组织大量移民，这样反而省事了，既能安顿民心，又能让编遣下来的士兵有出路，一举两得。”
精明的阎锡山自然心领神会，本来他还为善后事宜头疼那，没想到穆亚平已经为他想到了，顿时大喜说：“穆老弟，我没有看走眼，你是一位最让我放心的干才。另外，山西政务上的事情，我也要暂时依靠商震。徐永昌我让他出任晋军总司令，这个人没有什么政治野心，况且我有恩与他，有关整编事宜，你们俩的想法大同小异，他也提出保留四个军的编制。至于商震吗，我想让他主抓政事，担任山西省主席一职，你以为如何？”
穆亚平心中窃喜，他知道以徐永昌的为人，他完全能接受这个条件，坦率说：穆亚平对徐永昌这个人十分有好感，此人不是一个野心家，二八年他率部归顺阎锡山自解兵权，并且看到阎锡山大张旗鼓的在其部队换上阎锡山放心的人，完全以大局为重，没有任何疑义。而商震吗？本身就是山西军界、政界的元老，由他出任也在情理之中。
穆亚平深知，现在山西的历史，由于自己的出现将发生重大改变。穆亚平说：“阎长官，徐司令的高风亮节，本人向来佩服，由他担任晋军总司令是最佳选择。你放心我会听从他和商主席的领导，绝不插手政务方面的事情，至于军务方面我也会多多向他们请教。”
阎锡山满意的点点头说：“徐永昌和商震在政坛上混得很熟，我看日后就委托他俩和张学良洽谈，毕竟我们晋军仍然有实力，我想张学良会答应我们的要求。”其实，阎锡山突然增加了一个的头衔，也是为了制衡他俩，鉴于穆亚平强大的军事实力和经济实力，日后山西即使自己不在，仍然在掌控之中。随后阎锡山又分别招见各位大员，反复叮嘱日后由穆亚平统领军务的事实，并且反复述说穆亚平的经济实力，这一点任何人无法比拟。
徐世昌对于穆亚平这个年轻才俊非常欣赏，他首先表态拥护阎锡山的决定。另一个重量级的人物商震，虽然对穆亚平本人了解不多，但是他通过穆亚平主政绥远地区的政绩，以及陈长捷的现身说法，感觉穆亚平能获得阎锡山的垂青，不仅是依靠自己的经济实力，其人在谋略上，在山西恐怕没有第二人，他自然也不好反对。
而其他将领或多或少得到穆亚平的好处，也大都处在默认状态。唯有一人心里不平，那就是阎锡山的心腹张荫悟。这小子当着众将领的面，诉说穆亚平没有寸尺之功，为何授予他这么大权利，他心里不服，其言语表达得十分激烈。
当时在座的将领都默不作声，其实不少人心里也有此想法。谁知在座的傅作义突然站了起来。大声抨击张荫悟，并且大声说：“试问，现在谁有能力解决山西财政困境问题，尤其是军队的编遣问题、善后问题，只有穆亚平能担此大任，非他莫属。”
傅作义是旧恨未消的缘故，其实他心目中对阎锡山在山东的作战问题上，也产生了不满，也许就是选择这个时候发作出来。阎锡山只好站出来打圆场，他反复说明了为何让穆亚平担此大任，完全是处于山西政局稳定的考虑。与此同时，他列举了穆亚平军政方面的显赫政绩。别说，阎锡山说的一针见血，大家都心服口服。
一场就算各就其职的会议圆满结束，阎锡山总算安排完日后山西的军政事物。会后他又专程把自己的老部下留下，至于他如何交代，穆亚平用脚都能想的出来。因为穆亚平毕竟是新宠，要说让阎锡山完全放心，那是不可能的，毕竟阎锡山生性多疑。