联盟军的建设其实是70名科研团队组成的，研发的小型机器人由火箭送往外太空，这些机器人通过自我编辑的程序在附近行星自动开启了开采项目，这些小型机器人发展的非常快速，他们从太空舱出来之后开始自我组装新的小型机器人，这些小型机器人就是新星系军团建设的主力，通过2年的孕育，一座超大型的城市群建设在附近行星完成，这是科研团队意料之外的，如今小型机器人的规模已经有4亿个单位的小组。它们在短暂用了2年时间，便形成规模，并组建完成了一支强大的太阳系舰队。这些AI的智慧已经完全超越了普通人，他们繁殖的非常快，制造一台小型的机器仅需10分钟，而培养它的学习能力，仅仅需要数秒时间，因为这些知识仅仅需要2秒时间就可以完成知识的传输，并存储利用。
舰队回到太阳系后才发现，日益严峻的地球环境迫使人类不得不向外太空发展。他们听老人讲，为了生存，末日后的人类开始建造最大的星际飞船，这些星际战舰可以容纳12亿人口，按规格设计可以容纳15亿人口在这艘巨大的舰队上生存，地球唯一的生存地中国也因海平面上升不再适合人类居住，沿海地区完全被海水覆盖，在有限的时间里，人类不得不开始太空城市计划，迫使人类倾尽一生的力量建造价值高昂的太空战舰，这三百多艘巨型太空舰队足足装满了整个人类，他们的编队，分别是亚欧舰队，北美舰队，南美舰队，太平洋舰队，印度洋舰队这一艘艘太空战舰几乎用尽整个国家的力量用高昂的价钱打造的，他们在此形成成了太空国家，又将其中最大的三艘巨型战舰命名末日方舟，太阳完全成为戴森球提供能源的聚变装置，人类在太阳系建造了许多大小不一的太空站，以备日益依赖的生活环境。
太阳系星舰联邦遍布银河系及麦哲伦星系团，其中最大的一所大型空间站第二伊甸园成为太空最繁忙的太空城市中心，这里的居民人数高大45亿人口，但还好每个区域都能够应对高密度的人群，每个环都有着良好的生态循环系统，中间是巨大的戴森球，包裹着的是一颗年轻的恒星，周围的圆环建设着大量居民区，每座城市都是一个巨大的生态系统，这些环状的空间站可以相互组合，相互联系。第二伊甸园外围不远处是星际护卫队的军事港口，那里停靠着3200艘护卫舰及12000艘远航舰，距离不远处是太空船坞，是太空战舰的研发基地，专门研发新型主力舰炮及激光制导武器，离木星不远处是大型医疗中心，这些巨大的太空舱就是专门为护卫队提供的，医疗舱克隆了大量克隆人，远航舰队一旦受到海盗袭击，被毁的舰船及舰队人员就可以通过意识上传至克隆体里，意识体都会上传到新的身体上复活，与整个灯塔附近就是大型粮食生产基地了，他们是中国农业大学主要研究基地，如今他们可以从空气中合成粮食，也就是一氧化碳合成蛋白质，二氧化碳合成淀粉等，这些合成的粮食可以做成面包和美味的三明治，距离火星2万8千米地方的空间站是科学研究院，科学院配备56台量子计算机，这是一座巨大的太空联邦合众国。
回归后的舰队成员在遨游整个太空城市，为了熟悉环境，讲解员一一给队员们做着详细的介绍，一边引导着队伍往新的区域游行，这里已经有二十多年的和平时期了，人们在平和的安逸中体验生活的美好，突然，一声巨响打破了往日的宁静，人们纷纷往外看见，一团高能粒子射向城市中心造成13亿人口死亡，聚变的燃料舱发生大爆炸，许多救援官兵来不及救援就已经葬身于火海，不怀好意的虫族又向联邦合众国发射了等离子电磁炮，这次袭击使大量船坞被破坏，人类突然遭受虫族攻击……
一个月之后，死亡的人数还在不断上升，光清理尸体都花了联盟军整整一个多星期的时间，太空联邦合众国宣誓一定要虫族付出代价，于是超体计划诞生，这是人造神的项目，这是通过古老文明亚特兰蒂斯传说开始的，于是寻找超界文明遗迹便开始了，包括高斯及那十九位超体人都提供有价值的信息，科研人员扫描他们的大脑希望找到远古文明的痕迹，因为要找到强大的亚特兰蒂斯是多么不容易的存在，亚特兰蒂斯正是孕育超体文明的超世界，通过扫描高斯的模糊记忆区，发现地球海底存在亚特兰蒂斯文明的遗迹，于是科考队向地球海底考察，通过海底巨大的圆盘中心，发现了亚特兰蒂斯文明的遗迹，古老的遗迹图，像是创造创世神的力量，许许多多的人信仰中的毁灭之神魔特拥有着毁天灭地的力量，这些一张张图被专家们用相机记录了下来，通过科考团的精心研究，如果将这20位超体人的血液集中起来，并激活潜在觉醒之力，就可以拥有毁灭世界的力量，就可以拥有创世神明一般的伟大意志存在，于是大量科研小组开始了他们的人体实验。