由于新政府越来越多的对外、对内工作和人事变动，原本由于德贵担任的傀儡总统渐渐的不再适合继续担任台湾最高领导职务，于是1897年9月8日，台湾第一任总统于德贵由于身体问题去职，卸下了担任了两年半的台湾首任总统职务。同日，在幕后隐藏了十一年的刘芾不情愿的走上了前台，在原来的台湾府巡抚衙门改成的台湾总统府中，接任了台湾第二任总统并兼任国防部长。
刘芾上任的第一件事，就是改组台湾政府。首先设立更多的政府只能部门，把工作范围划分清楚。这次共设立了外交部、国防部、民政部、内务部、商业部、交通部6个部门，其中国防部就是原来的参谋部，内部分为陆军、海军和空军三个部分，其中空军是刘芾授意成立的，人员暂时不多，都是从水师中抽调的优秀人员；内务部大部分由冲锋队组成，分为情报和警察两个部门；外交部、交通部和民政部也是新部门，人员还在调配中，先是搭了个架子，慢慢的再扩充。
整个台湾按照原来清政府的划分是三府十一县三厅一州，这次刘芾稍微改动了一下，把三府：台北府、台湾府、台南府改为台北、台中、台南三市，取消了淡水县归于台北市管辖；把三厅：基隆厅、澎湖厅和埔里社厅改为基隆市、澎湖县，埔里社厅并入台中市；把台东直隶州改为了台东县，并把原来未划分的台湾中部山脉也划归台东县管辖。这样，台湾就变成了台北市、基隆市、台中市、台南市四市和宜兰、新竹、苗栗、彰化、云林、嘉义、凤山、恒春、台东、澎湖十个县。
1897的后半段，就在一片改动中平稳的度过了，1898年的春节前，台湾情报部门从香港发来电报，说是有几艘美国军舰停泊在香港，目的不明。刘芾收到这个消息，有点发蒙，美国人没事跑香港来干嘛？难道是奔着自己来的？不过大卫那边并没有传来美国政府要对付自己的消息啊？
为了搞清美国舰队来香港的目的，刘芾命令在欧洲的“山德鲁制药公司”、美国的“山德鲁电器公司”和清朝的“金象大药房”中潜伏的台湾情报人员，加紧收集这方面消息。
忙了2个多月，刘芾收到了情报部门从山德鲁电器传来的消息，美国和西班牙打起来了。起因是美国的一艘军舰“缅因号”在古巴被炸沉，经过一个多月的扯皮，西班牙和美国于4月24日和25日，先后向对方宣战。
随后的几天里，古巴、波多黎各、关岛、菲律宾都沦为美西两国的战场，再加上当地的起义军，战火燃成了一片。虽然这场战争是两个大国争夺海外殖民地的角斗，根本碍不着台湾什么事，但是刘芾不想让美国赢的太轻松，因为菲律宾离台湾太近了，虽然不能明目张胆的去帮助西班牙，但是暗地里使点小坏还是可以的。
通过从香港传来的情报，美国的亚洲分舰队于4月27日启程南下，很可能是前往菲律宾海域。于是，刘芾命令台湾海军的第二潜艇大队，派出15艘“金枪鱼级”潜艇，汇合一直跟踪着美国舰队的潜艇，尾随在美国舰队后面。
由于台湾的国防部等很多部门里都有外籍技术人员，这次行动刘芾是让内务部秘密实施的，参战的潜艇都是打着去琉球监视巡逻的幌子，出港以后才改变航线的，另外，两条挂着法国旗号，但实际属于台湾内务部的货船，也在预定海域里接应潜艇部队，以提供足够的燃油和补给。
刘芾把这次行动代号命名为“小龙虾”，所有参战船只和人员都是内务部挑选的，联系电报也改为内务部专用密码。
据从跟踪潜艇传回来的消息分析，美国舰队一共有4条巡洋舰、3艘炮舰，巡洋舰的吨位和以前击沉的三景舰比还要稍大，另外还有3条运煤船。
5月1日，美国舰队趁着夜色偷偷的潜入马尼拉港，幸运的是他们一颗水雷也没碰上，很快就摸进了港口。在被港口炮台发现以后，美国军舰和西班牙港口炮台展开了炮战。
“这些美国人的炮很准确，西班牙人简直就不是炮兵。”这是当时跟踪美国舰队的潜艇第二大队队长施仁杰的原话。
由于西班牙人训练松懈，基本没有炮弹能命中美国人的军舰，眼看着西班牙的岸防炮被一个一个清除掉，潜艇部队的指挥官施仁杰决定，就在这个时刻帮助西班牙一把，有什么能比在双方炮战中偷袭更安全的呢？
于是，由施仁杰所在潜艇独自瞄准了一艘正在慢慢转向的巡洋舰，从1100米左右发射了2枚鱼雷，1分多钟以后，这条刚刚完成转向的美国巡洋舰就爆发出2个灿烂的大火球，继而又发生了多次大爆炸，等到爆炸的火光和烟雾散去时，这条排水量大概在5000吨上下的巡洋舰就消失在了海面上。
剩余的几艘美国军舰顿时慌乱起来，队形也出现了偏差。俗话说祸不单行，不知道是不是刚才美国军舰的爆炸沉没激起了西班牙守军的士气，接连2轮射击，都有炮弹击中了同一条美国炮舰，这条炮舰立刻燃起了大火，打着旗语，撤出了战斗。
施仁杰牢记着命令上的要求，那就是可以打击，但是不要对舰队造成太大的损失。看到美国舰队已经一沉一伤了，施仁杰就指挥着潜艇部队，悄悄的撤出了马尼拉港，潜伏到远处继续观察。
美国舰队的指挥官是美国海军的乔治.杜威准将，这是美国海军里一个很勇猛的斗士，而且性格坚韧。对于自己的舰队在大好形势下突遭沉重打击，“巴尔的摩号”沉没，“康科德号”受伤退出，杜威将军并没有胆怯和撤退，而是指挥着剩余的几艘军舰继续炮击西班牙人的炮台，另外告诉受伤的“康科德号”积极自救，迅速参加战斗。
西班牙人的好运气全在刚才的几轮炮击中用光了，此后，很少再能命中美国人的军舰，而美国舰队在杜威将军的沉着指挥下，逐渐占据了优势。总共炮击了接近2个小时，把西班牙人在港口内停泊的几条军舰悉数击沉，并摧毁了大部分港口炮台。
就在美国舰队完成炮击任务，撤到港口外下锚等待登陆部队的时候，施仁杰又打算故技重施，再弄掉美国人一条巡洋舰，结果，还没等到潜艇就位，负责警戒的外围潜艇就发来电报：北部海域发现5艘德国军舰，正向港口方向行驶。
“德国人？”施仁杰一边指挥潜艇下潜，一边琢磨着，德国人来干嘛？
来的军舰的确是德国人的，不过他们不是来帮助西班牙人的。本来德国人打算如果美国人对菲律宾不感兴趣，那就顺便给占了吧，反正德国在亚洲也没有正经的殖民地。于是，德国人就派了几艘军舰，过来看看情况，谁成想美国人对菲律宾兴趣很高，大老远跑过来已经和西班牙人开打了，无奈，德国人转了几圈，恋恋不舍的返航了。
由于德国人这么一耽误，潜艇的水下时间不够了，无奈，施仁杰也只得让部队返航，到预定地点去和货船汇合，补充燃料以后再做打算。
这边潜艇部队悄悄撤离咱先不提，美国舰队的司令官杜威将军却是一肚子苦水。本来按照计划避开了水雷，深夜进港，展开炮战都在自己的安排之内，谁成想“巴尔的摩号”突然爆炸，造成了舰队的混乱，结果又一条炮舰被连续命中。虽然经过奋战，基本消灭了马尼拉港的抵抗，但是这些计划外的损失也让杜威感到头疼。
至于“巴尔的摩号”为何突然爆炸，杜威和舰队其他军官探讨了半天，也搞不太清楚，只能归咎于西班牙人运气太好，炮弹打中了鱼雷发射管里的鱼雷，从而引起爆炸。
半个月以后，从旧金山赶来的1万多名美国陆军从马尼拉港成功登陆，在美国海军的配合下，开始围攻马尼拉。
不过，在登陆的当天夜里，美国海军的另一艘巡洋舰“波士顿号”又在港口外“触雷”，并引发爆炸，很快就沉没了。
至此，美国海军虽然完成了攻击马尼拉，配合陆军登陆的任务，但是损失惨重。两艘主力巡洋舰沉没，一艘炮艇重伤，海军共计阵亡了500多人。
不用问啊，后面的“波士顿号”触雷爆炸也是台湾潜艇干的好事，由于是在夜晚，又没有发现被其他军舰攻击，所以美国人只能想象当时“波士顿号”的运气太差，碰上了西班牙人的水雷，又引发了船上的弹药，结果OVER了。