日本政府再次失去了登陆舰队的消息以后，没有像前一次那样低调处理，因为他们被吓坏了。前后两次派遣的船只，超过了日本舰队的多一半，再加上两个师团的陆军，就这样莫名其妙的神秘失踪了，这在任何一个政府里也不是一个小问题，整个日本政府和军部都炸窝了。
先是气急败坏的质问了清政府，要求清政府彻查这两次失踪事件，并为此负责，赔偿日本的损失。然后又照会了英法德俄几国，要求联合调查在台湾海域日本海军舰队无故消失事件。
清政府被骂了个糊涂，北洋水师都全军覆没了，辽东和台湾也割让了，现在日本海军失踪了，不过这个事和大清朝有毛的关系啊？李鸿章立刻约见了各国大使，请求各国出面，阻止日本人再次敲诈大清朝。
各国政府先后接到日本和清政府的要求和恳求，刚开始也是觉得日本人在敲诈，是为了出归还辽东被占领土的恶气。俄国人德国人当时便以台湾已经割让，交接手续都办了，不归清政府管为由，拒绝了日本人的抗议。英国人和法国人倒是没直接拒绝，不过也私下警告日本人不要得寸进尺，占了地方还得了赔款，别没完没了的。
不过在日本人再三恳求下，英法两国也觉得有些蹊跷，台湾独立的事情他们知道，并没有往心里去。哪里已经是日本人的领地了，他们也不打算去掺乎。但是如果说日本舰队多艘主力舰被无声无息的消灭在了台湾附近，英法两国还是不太相信，南海一直是英国人和法国人的后花园，在这里有这样一个厉害的海军势力存在，会让两国的舰队和政府都睡不着觉。
打着协助调查的名义，英法两国先后派船前往台湾近海，打算弄清楚日本人到底是撒谎还是真的有这种事情。
1896年7月，由英国的“Constance”号铁甲巡洋舰为旗舰，加上“Linnett”号炮艇和法国“阿塔朗特”号铁甲巡洋舰3艘军舰组成一个舰队，正式进入台湾附近海域执行调查任务。
英法舰队出发前，英国驻香港的“中国舰队”司令部就电告了台湾新政府，声称只是做例行调查，并无恶意。刘芾也接到了这封电报，连夜和参谋部的人员一起商量了如何对待这次英法舰队插手的问题。商量了半宿，也没商量出一个结果来，大部分外国籍参谋都主张给英法舰队调查权，因为如果硬顶，会惹恼他们，无谓的又增加了2个强敌；而中国籍参谋都主张坚决回绝，作为交战区域，一切未经批准进入的船只都是敌人。
刘芾个人倾向于外籍参谋的观点，因为站在他们的立场上，虽说有些保守，但还是比较客观的；而那些中国籍参谋由于这两次伏击日本舰队的大胜，过于高估了台湾的实力，把潜艇这个武器看得无比神奇，都期待着一下子推翻以前的所有压迫者，立刻翻身做主人。
“通电英法联合舰队，由于台湾港口和近海都布设了水雷，且情况比较混乱，我方无法保证他们的航行安全，请他们尽量不要在未通知我方的情况下，接近任何港口和靠近港口的水域，否则他们的安全我方不能保证，并提醒他们，最好保持联络。”刘芾吩咐着，把这条命令发给英法联合舰队。
“我们虽然这两次都大胜日本舰队，不过大家不要过于乐观。我们只是占了敌人不了解我们的便宜，如果大家摆好阵势，我们的损失会很大。而且我们有一个致命的弱点，就是我们的陆军，虽然新军改编的很快，也很努力，但是如果被敌人登陆，咱们那些没见过血的新军是否能抵挡住还是个问题。所以，现在我们还得忍着，不要轻易树敌，先专心来对付日本人。”刘芾对着在做的参谋人员解释到。
“舰长，我们收到台湾新政府的电报了，他们告诉我们这里的港口都有水雷，让我们不要随意接近港口。”在英法联合舰队的旗舰“Constance”号上，大副正拿着一封电报对舰长汇报着。
“水雷。。。真是一个完美的理由啊，你觉得呢？”“Constance”号的舰长瑞德尔叼着一个大号的烟斗，缓缓的说道。
“那我们应该怎么办？就不去港口检查了？”年轻的大副好像有些不甘心。
“哦，亲爱的查理，这不是我们的战争。这是日本人的战争，我们没有必要用英国小伙子的性命去为他们证明什么，我只希望能带着你们这些好小伙子安全的回家。”瑞德尔拿掉烟斗，一脸严肃的对身边的大副说。
“命令舰队，不要靠近台湾，我们围着它转一圈就可以了。”
随着瑞德尔的命令，三艘英法舰艇缓缓的转向，向着台湾外海开去。
15天以后，英法调查的结果就通过日本驻清公使林董传回了日本。这个调查结果里称，英法舰队围绕着台湾进项了细致严谨的调查，并没有发现任何一支可以威胁到英法舰队的海上武装的存在，但是发现了在台湾众多港口附近的海域里都布设有水雷，所以最终结论是日本登陆舰队在台湾附近被偷袭和歼灭是无稽之谈。
这个结果也得到了德、美、俄等国的认可，日本人虽然对调查结果心存疑虑，但是也无计可施，总不能再排一支舰队自己去调查吧，况且日本短期内已经派不出舰队了，不说军舰，就是运兵船都抽调不出来了。况且台湾已经和日本宣战，任何日本船只靠近台湾海域，都将会被攻击。
既然靠武力暂时解决不了台湾的问题，那就靠外交渠道吧。日本政府电令驻清公使林董联系英法等国公使，请求英法出面，帮助日本联络台湾，看看是否能用谈判解决问题。
英法等国对于谈判解决争端最是热心，又不用自己出兵出钱出力，动动嘴皮子，就能在谈判桌上捞到好处，这样的事情谁不愿意干啊，不捞白不捞啊。于是，英国驻华舰队司令部向台湾政府发出正式邀请，希望台湾政府派人到香港与日本人坐下来，就台湾问题举行谈判，并由英法美三国进行调停。