王敦大权独揽，琅琊王氏如同千里冰封覆盖了整个江东大地，朝廷上下包括司马皇族皆臣服于其淫威之下。
面对气焰嚣张的王敦，司马睿采用明暗两手，表面上装“孙子”，继续听任王敦为所欲为。
背地里却是后娘打孩子——暗使劲儿，一边继续重用王导、郗鉴、陶侃、庾亮等一班旧臣心腹，另一边则大力培养自己儿子司马绍，将平灭王敦的希望寄托在英武不凡的太子身上。
但司马睿很清楚仅靠儿子司马绍一人绝不是老奸巨猾王敦的对手，因此天子借助王导之便，将原本自己信任而今却被王敦罢黜的心腹如郗鉴、庾亮等人纷纷调到东宫任职，以此充实东宫势力。
与此同时，司马睿还在积极挑拨王导与王敦的关系，试图让两人彻底决裂。
说起来王导与王敦的关系十分复杂，二人一向是又合作又对抗。
首先，由于王敦性格过于强势，与各方均有矛盾，十分不适合坐镇建邺执掌朝政。这也是王敦在打下建邺拿下朝廷大权后，却又迅速返回武昌的重要原因。
因为王敦十分清楚自己不适合做宰相，他没有可以容人的气度，故而王敦需要王导替他稳定朝堂，这是王氏兄弟合作的基础。
其次，王敦有所求于王导，难道王导就不需要王敦了吗？自然不是！
就拿此次王敦清除天子心腹的行动中，其实王导是有机会救下大部分人的，但王导为了日后主掌朝政，他眼睁睁看着一大批对天子忠心耿耿的大臣被王敦杀害而无动于衷。
很难说这里面没有王导的私心存在，又或者说他就是‘故意’借王敦之手除去政敌。
最后，王敦与王导之间并非毫无芥蒂，二人之间同样矛盾重重。他们两人对王氏的定位不同，王敦一心想将琅琊王氏打造成第二个司马氏，这才不遗余力发动叛乱。
而王导至始至终就没想过推翻晋室，他只是想通过辅佐司马氏，让王家成为大晋第一士族。
而天子显然看清了王氏兄弟之间复杂的关系，因此他一直在寻找机会让两人反目成仇。
机会很快就来临了，自永昌元年始，天子身体便一日不如一日。而又经过刚刚过去不久的那场大乱刺激，眼下天子司马睿除了头脑还算清晰外，基本上已不能下地行走。
随着自身不能理事，司马睿立即下诏让太子司马绍代他处理政务，同时还诏封王导做司徒为辅政大臣，全权帮助太子佐理朝政。
司马睿下得这道圣旨，重点不在让太子参与政事，毕竟朝廷大权都在王敦手中，太子参与不参与都没什么大不了，其中的关键在于王导出任辅政大臣。
按说太子司马绍已经二十四岁了，曾多次协助司马睿处理过朝政，再者他又不是五六岁的小孩，因此太子根本就不需要什么辅政大臣。
而且如果真要选择辅政大臣，王敦作为当今朝廷上名副其实的二把手，凭什么被晾到一边？
最重要的是王敦需要这个辅政大臣的头衔，因为他一直都有心要废黜英武不凡的太子司马绍。曾在攻破建邺时想以不孝的名义废掉太子，结果找王导商量时，却又被王导劝止。
如果王敦拿到了辅政大臣的名头，那他就能名正言顺对太子指手画脚，甚至废掉对方也不是问题，如同当年受武帝遗诏辅政的霍光废掉昌邑王一样。
但是现在天子却将王导推到了辅政大臣的位置上，要说王敦心中没有一点儿芥蒂绝对不可能。甚至王敦怀疑这本是王导搞得鬼，毕竟天子与王导之间关系密切不是什么秘密，他没理由不怀疑。
王敦很快就展现了当朝第一人的威势，在天子诏封王导为司徒后不久，他又‘下旨’免除了王导身上扬州刺史的职位，并加自己为扬州牧。
王敦这一番举动惹恼了王导，王导气量再大也不能容忍被人当众打脸，更何况那个人还是自己曾帮了不少忙的堂兄。
至此，司马睿的离间计算是成功了，王导、王敦从此貌合神离，基本上分道扬镳。
天子在成功挑拨了王导与王敦的关系后，并未收手，反而继续在暗中拉拢其他人。
由于王敦掌握大权之后，只重用他信任的心腹或者王氏族人。
因此，司马睿将拉拢的对象放在了王氏族人——江州刺史王彬、荆州刺史王舒身上。
王舒曾经一度与王敦走得很近，因为他自己就是靠王敦发迹的。
而王敦也极其看重王舒，曾不止一次对外人表示：“我有两个弟弟，一者为王导，另一者为王舒，王舒自幼克己复礼，刚正不阿，其品行实乃高雅之士，相比其弟王遂，实在胜过几筹。老夫年少时便极其赏识王舒，有朝一日定会提拔他。”
王敦十分欣赏王舒，更是在掌握大权后将重地——荆州交付对方手中。
但王敦却不曾料到，他所赏识王舒早已不是那个对他言听计从的堂弟，王舒有自己的利益诉求。经过观察之后，王舒发现王敦身体虚弱，根本活不了几年。而一旦王敦病故，所有王敦党羽将树倒猢狲散，进而被朝廷清算。
为了避免日后被遭难，王舒在王导的牵线下很快就搭上了太子司马绍，成为天子为司马绍拉拢到的另一个重要帮手。
如果说王舒是暗中投靠了朝廷，那么江州刺史王彬就是公开反对王敦了。王彬之所以如此反感王敦，最大的原因则是周顗之死。王彬与周顗是非常要好的朋友，当初王彬也曾为救周顗苦苦哀求王敦，但最终还是没能救下周顗性命。
自此王彬便视王敦为仇人，多次在公开场合抨击王敦，搞得王敦很是恼火，甚至一度想要暗杀掉王彬。
而王导也曾担心王彬安全，曾多次暗示他不要公开反对王敦。
但没想王彬脾气硬，对王导提醒睬都不睬，一副任杀任剐由王敦悉听尊便的样子。
王敦看到这个不要命的堂弟，也无可奈何。
上次因暗杀王棱已经让王氏族人对他离心离德，因此即便王敦恨不得剁了王彬，但为了不搞得众叛亲离，再加上王彬能力出众，素有声望，不得不放对方一马。
同时为了拉拢王彬，王敦还让他掌控江州。
就这样在不知不觉当中，天子已暗中将手伸到了荆、江二州，而这两州又都是王敦根基之地。故而别看攻破建邺后，大将军王敦威风八面不可一世，但其实已埋下了失败的隐患。
在天子暗中发力的同时，太子司马绍同样不甘示弱。他一边从司马睿手中接过不少忠于朝廷的势力；另一边则悄悄操练士兵，培养选拔武将，集聚粮草，为最后战胜王敦做准备。
太子任命庾亮、庾冰兄弟以及郗鉴等人为东宫臣属，尤其引足智多谋的郗鉴作为自己的心腹。司马绍此举遭到不少原东宫属官非议，认为郗鉴在此次叛乱中表现不佳，没有资格再担任重职。
但是司马绍却不这样认为，他以为郗鉴表现不佳并非对方之过，主要是周札投降太快，不但让朝廷措手不及，连郗鉴也失去了袭取王敦后路的机会。
至于后来主动放弃兵权苟全性命，在司马绍看来这更是一个成熟、理智的人最明智的选择。在大局已定的情况下，连天子都放弃了反抗，更何况郗鉴？留得有用之身，才能东山再起！(。)