在化石状态中仅有某些纲的生物才可以以大量的数目被留存下来，相当多的物种一旦形成之后倘若再也不产生任何变化，便会绝迹而没能留下变异了的后代；且物种产生变化的时间，即便用年来计量是漫长的，可较之物种保持相同类型的时间来说，可能还是短的。分散广的与占优势的物种，极易产生变异，且变异最多，最初变种又通常是区域性的——因为这两个原因，不是很容易在无论哪一个地层里找到中间链条。区域变种未经过多多少少的变异与改进，是不可能分散到另外的遥远地区的；当它们分散开来，而且被发现在一个地层中的时候，看起来他们似乎是在那个地方突然被创造出来一样，因而就被简单地列为新的物种。有关沉积过程大部分地层是断断续续的；其持续的时间也许比物种类型的平均延续时间要短。一般，长久的空白间隔时间把不间断的地质层分离：由于有着化石的地质层，其厚度足够用来抵御今后的腐蚀作用，依照惯例，仅在海底下降且有诸多沉积物的地方，这样的地质层才可以得以堆积，通常在水平面上升与静止交替的时期，是无地质纪录的。在后者中，生物类型可能会有更多的变异性；在下降时期，通常有更多的绝迹。
有关寒武纪地质层以下富含化石的地层不足的问题，我仅有回到第十章中提出的假设，也就是，在长时期内我们的大陆与海洋尽管保持了和目前基本上相似的相对位置，可是我们无理由去假设一直都是这般；因而在大洋之下或许还埋藏着比现今已知的一切地质层更为古老的地质层。有人觉得从我们这个行星凝固之后所历经的历史，并不可以让生物实现所设想的变化量，就像汤普森爵士所竭力阐述的，此异议可能是以前提出来的最有力的异议。对于此点我仅能说：首先，倘若用年计算，我们对物种以怎样的速率产生变化不了解；其次，诸多哲学家仍旧不愿意承认，我们对宇宙与地球内部的构成已有了充足的认知，能够用以稳妥地估测地球既往的时间长度。
对地质纪录不完全大家都不否认；可是极少的人愿意承认其不完全已达到了我们的学说所需要的那种程度。倘若我们观察到足够长久的间隔时间，地质学说就明了地表明所有物种都产生了变化；且是依据学说所要求的那种方式产生变化，由于它们都是慢慢地而且经由渐变的方式产生变化。在连续地质层中的化石遗骸中我们能够清晰地看到此种情况，较之于间隔十分远的地质层中的化石遗骸之间的相互关系，此类地质层中化石遗骸之间的相互关系还要密切些。
上述便是能够正当地提出来否认该学说的若干关键异议与难点的概述，现今我已就我所了解的简单地重述了我的回答与说明。很久以来我深感这些困难是此般严重，使得我不能够怀疑其分量。可尤其值得让人注意的是，更有分量的异议有关于我们公认的无法知道的那些领域；并且我们还不明白自己无知到哪种地步。我们还不明白由最简单的至最完善的器官之间的所有可能的过渡级进；我们也不能假装已经了解，在悠长岁月里“分布”的五花八门的方法，又或是地质纪录是哪般的不完全。即便这若干异议是有力的，可依照我的判断它们还未能达到推翻伴随着后代变异的生物起源学说的地步。
现在让我们说说争论的另一方面。在家养环境下，我们了解到经由变化了的生活环境所产生的或者至少是所激起的相当多的变异性；然而它通常以如此不清晰的方式产生，使得我们极易把变异当成是自然发生的。变异性被诸多复杂的法则所支配，此等法则涵盖有关生长、补偿作用、器官的增强使用与不使用、还包括附近条件的一定作用。我们不易确定曾经家养生物发生过多少变化，可我们能够有把握地推论，变异量是非常大的，并且变异可以相当长时间地遗传下去。只要生活环境保持稳定，我们就可以确信，已遗传了诸多世代的变异能够继续遗传到近乎数不清的世代。另一方面，我们有理由能说明，变异性一旦产生作用于家养环境下就能够在相当长的时期内继续下去；我们尚不了解它什么时候停止过，因为就算是最古老的家养生物时不时也会产生新变种。
事实上变异性并非由人引起；把生物置于新的生活环境之下仅是人类的某种无意识行为，这样生物的体制自然就被作用，因而使得它产生变异，然而人可以并且的确选择了自然赠与他的变异，因而依据所有需要的方式使变异积累。此般，他就能够让动物与植物和他自己的利益或者爱好相适应。他能够有计划地或者无意识地这样做，该无意识选择的方法即他把对其最有用或最适合自己的爱好的那些个体存留下来，可是并不试图改变品种。他必定可以借助训练有素的眼睛，在各个持续世代中选择那些相当微小的个体差异，来强有力地影响某个品种的性状。在最明显的与最有用的家养品种的产生过程中这一无意识的选择过程一度发挥了非常大的作用。在相当大的程度上人所造就的很多品种有着自然物种的状态，相当多的品种竟是变种或本来是相异的物种这一很难解决的疑难问题已经明示了该事实。
无理由能够说明在家养环境中曾是这样有效地产生了作用的原理何以不可以在自然环境下产生作用。在持久反复发生的生存斗争中有利的个体或种族可以存活下来，因而我们了解到某种强有力的与时常发挥作用的“选择”的形式。全部生物都依据几何级数快速地增长，这肯定会导致生存斗争。此快速的增加率能够用计算来证明——诸多动植物在不间断的特殊季节中与在新地区归化时都会急剧增加，此点就能够证明快速的增加率。产生出来的个体多于可以存活的个体，天平上的微小之差就可决定哪些个体将生存而哪些个体将灭绝——哪些变种或物种将大量繁衍，哪些将衰败以致绝迹。在诸多方面相同物种的个体相互之间进行着最为密切的竞争，所有它们之间的斗争往往最为激烈，相同物种的变种之间的斗争基本上也是一样激烈的，其次就是位于一个属的物种之间的斗争。另一方面，在自然系统上距离比较远的物种之间的斗争一般也是激烈的。一些个体在一切年龄或一切季节和同它相竞争的个体相比只要占有最微小的优势，又或是对附近物理环境有着些许微小程度的较好适应能力，结果就能让平衡改变。
有关雌雄异体的动物中，大部分情况下雄性为了占有雌性，通常会发生斗争。最强有力的雄性，或和生活环境斗争最成功的雄性，常常会有着最多的后代。可成功一般有赖于雄性有着特殊的武器，或是防御方法，又或是魅力；微弱的优势便能够产生胜利。
地质学明了地显示，曾经诸陆地都产生过沧海桑田的物理变化，因而，我们能够断定在自然条件下生物产生过变异，就像它们在家养环境下一度产生过变异一般。在自然状况下倘若有某种变异的话，则再说自然选择未曾产生作用，就没法解释了。总有人主张，在自然环境下变异量是某种严格有限制的量，可该主张得不到证实。人，即便仅是作用于外部性状且其结果是莫测的，却可以在十分短的时间内经由积累家养生物的个体差异产生强有力的后果；且所有人都不否认物种表现出个体差异。可是，除个体差异之外，全部博物学者都不否认存在自然变种，这些自然变种被当成区别十足而值得记载于分类学著作力。无人在个体不同与微小变种之间，或在特征比较显著的变种与亚种之间，还有亚种与物种之间划定过任何明确的界限。在分隔的大陆上，在相同大陆却被某一种类的障碍物分隔的相异区域，包括在遥远的海岛上，存在着众多的生物类型，它们被某些有经验的博物学者列成变种，而被其他一些博物学者列成地理族或亚种，甚至还被一些博物学者列为尽管密切相似却相异的物种。
倘若动物与植物确实产生变异，不论其多么微小或者缓慢，只要该变异或个体差异有利于任何一方面，就会经由自然选择即最适者生存而被存留与积累起来。既然人可以耐心地选择有利于他的变异，何以对自然生物有利的变异在复杂而变化的生活环境下不会经常产生，且被存留，也就是被选择呢？有关此种在长久年代中发挥作用并严格检阅各个生物的整个体制、结构与习性——帮助好的并灭绝坏的——的力量可以用来限制吗？对于此种缓慢而美妙地让各个类型和最复杂的生活条件相适应的力量，我不易看到有任何限制。甚至倘若我们不朝更远处看，自然选择学说仿佛也是十分可信的。我已竭力公正地重述了对方提出的难点与非议：让我们现在回头来说一说支持该学说的特殊事实与论点吧。
物种不过是特征十分明显的、稳定的变种罢了，且各个物种首先作为变种存在，我们依照此观点便可理解，在一般假设经特殊创造行为产生出来的物种与公认为经由第二性法则产生出来的变种之间，何以无一条界线可定。从此相同观点出发，我们还可以理解在相同属的相当多物种曾经产生出来的且现在仍旧非常繁盛的地区，何以这等物种要出现诸多变种；由于在物种形成非常活跃的地区，依据通常的规律，我们能够推测它仍在进行，倘若变种是早期的物种，情况就必定如此。另外，大属的物种倘若产生较大数量的变种，也就是早期物种，则它们或多或少就可能保持变种的性状；缘由是它们之间的差异量较之小属的物种之间的差异量要小。在分布上大属的密切近似物种明显地要受到限制，且它们经由亲缘关系围绕着另外的物种聚集成小群——这两方面都类似于变种。依照各个物种都是独立创造的观点，这些关系就没法说明，然而倘若各个物种都是首先作为变种而存在的话，则这些关系就能被理解了。
每一物种均有依据几何级数繁殖率而过度增加数量的走向；并且每一物种变异了的后代依照它们在习性上与结构上更为多样化的程度，能够在自然组成中攫取相当多十分相异的场所而增加其数量，所以自然选择就一般趋向于存留任何一个物种的分支最大的后代，因而在长期不间断的变异进程中，相同物种的每一变种所独有的微小差别便倾于增大并成为相同属的诸物种所独有的较大差别。新的、改进了的变种不能避免地要排挤与消灭掉旧的、改进较少的与中间的变种：因而，在相当大程度上物种就成为肯定的、界限明晰的了。各个纲中属于较大群的优势物种趋向于产生新的与优势的类型，最终各个大群便趋向于变得更大、同时在性状上更为不同。然而一切的群不可能都如此不断增大，因为这地球容纳不了它们，因而略微占优势的类型不得不击败不占优势的类型，此种大群不断增大与性状不断分支的走向，加之没法避免的诸多灭绝的事实，体现了全部生物类型都是依据群之下又有群来排列的，一切这些群都被包括在曾经一直占有优势的数目较少的大纲之中。把全部生物都归于所谓“自然系统”之下的该伟大事实，倘若依据特创说，是定然不能解释的。