在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵,这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20XX年，人类发明了AI，然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机械人的能源(太阳能)，谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出，与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，莫菲斯被捕，尼奥救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，并复活了，真正的成为了救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了（删除了）。
当尼奥即将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身的时候，可母体会那么甘心被摧毁吗？就在这时。母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然。墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》《史记》之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良招，决定再次潜入母体，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。同时。尼奥也想再和“先知”谈一谈，以便更多地了解自己的神圣使命。
可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力升级了，数量更是增多了，尼奥的超能力受到致命的挑战。墨菲斯和翠尼蒂对尼奥救世主的信心也受到无情事实的打击。究竟尼奥他们能不能完成任务后从母体内部全身而退？锡安基地的命运如何？
面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。
锡安的局势越来越危险，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥。依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个‘母体‘的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥来到机器城市。
在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平。
可惜他们不知道。或者说不愿意知道，他们生活的锡安同样是在母体之内，为的只是给他们一个所谓的虚假的希望而已！
了解了这个世界的来历，申若愚再次仔细的寻找了一番那个传说中的最后的净土锡安，最后却是一无所获。在扫描了整个地球冒着差点被母体发现的危险之后，申若愚证实了一件事情，那就是电影中所出现的所谓现实世界锡安也确实同样是母体的另一层虚拟世界，因为他并没有发现任何人类生存的迹象！
在赞叹了一番母体对人类的了解以及它的智慧之后，申若愚对盘古吞噬了母体的程序之后苏醒过来的希望也大了很多，可以说这时申若愚见到的除了盘古之外最为聪明的智能程序了！既然专用的无线游戏仓接入设备也已经做好，申若愚自然不会错过这个娱乐的机会，毕竟这个世界最大BOSS机械大帝也就是前天网反正也跑不出地球，他多的是时间去找他的麻烦，反正当他来到这个世界的时候，母体的命运就已经注定了！
既然如此，那还不如进入到母体内部去领略一下百分百虚拟的真实魅力，等到自己不耐烦或者生气的时候再以一个全新的面貌出现在母体面前，那么到时候想必它的想法一定会很特别吧？
想做就做，为了安全起见，申若愚安排机器人在地下三公里的地方建立了一个由精金做成的小型基地，然后又将小型基地放入到了一艘未改装的宇宙飞船内部，然后他才安心的躺进了那个无线接入的游戏仓，然后惬意的闭上了眼睛等待着无数的线路和营养液慢慢地淹没了他的身体。
随着一阵电子音，即使是远超这个时代的智脑也不得不小心翼翼地在这个世界的虚拟端口和无线网络上寻找着漏洞和可趁之机，因为对方虽然没有那么强大的硬件支持，但是在程序和智能上却占了上风，而此时申若愚的命令是在不惊动母体的情况下让他进入到虚拟世界内，因此连盘古一号在内的几台智脑也不得不联合起来，在网络中寻找着任何一丝可趁之机。然后留下一个后门以供申若愚以后出入方便！
好在这个世界还有着许多发现真相的人类不时地在攻击着母体的程序，因此盘古一号联合其他几台智脑模拟了一次攻击，然后趁着母体反击的时候小心的在程序内建立了一个隐藏的后门程序，总算是将申若愚有惊无险的送进了母体内部。
在一阵类似于他穿越时同样的眩晕感之后，申若愚缓缓地睁开了自己的眼睛。他发现自己已经出现在了一个极为繁华的街道后面的小巷之内，申若愚好奇的看了看自己身上那炫酷的黑色风衣以及高帮皮靴，然后有如同一个孩子一般好奇的观察着周围的一切，最后他走出了阴暗的小巷，顿时一阵温暖的阳光照射在他身上，四周熙熙攘攘的人群和不远处繁忙的车辆。这一切都是那么的真实和协调，不过除了一件事情！
申若愚握了握自己的拳头，然后又闭上眼睛尝试着运行了一下自己的元能，最后他有些无奈的摇了摇头，他的力量虽然还是很大，但是却比现实世界中要小了不知道多少倍。现在充其量也就是达到了人类的身体极限而已，而元能更是无法具现到这具躯体之上，至于什么内力魔法灵力什么的更是消失的无影无踪，好在他最为依仗的精神力量倒是还在，而且他发现在闭上眼睛使用精神力观察四周的时候，他竟然能十分轻易的看到这个世界的空间壁垒，那仿佛是由无数绿色的数字和符号组成的空间在他眼中是那么的清晰。而通过这些绿色的符文和数字他对于使用的已经深入骨髓的瞬间移动更是了解的透彻了一些，闭着眼睛伸出一只手轻轻的拨弄了一下其中一个绿色数字，忽然周围的那些符号和数字全部乱了起来，同时他所触碰的那个数字所代表的含义也突然出现在他的脑海之中，这时候他才知道这些绿色的符文和数字就是母体构成这个世界的程序，同时也是这个世界的规则和秩序！
也许是因为这个世界并不是真实的世界，申若愚很轻松的就凭借着他那强大无比的精神力看透了这个世界的规则，这一刻他感觉自己就是这个世界的神，他可以任意的修改和吞噬每一条规则，在他那强大的精神力之下。这些规则就像是一个个诱人的美女，就这样赤果果的呈现在他的面前，甚至他感觉如果他愿意的话他可以很轻易的就将这个世界的空间给撕个粉碎，也可以轻易地创造出一个世界，而这时候他才知道掌握了规则之后竟然会是这样的强大。这已经脱离了大多数人对于力量的了解，再也不是一些或简单或复杂的数字和数据就能表达清楚的了，如果遇到了这样的敌人，即使是申若愚所掌握的时间异能也只不过是可以勉强自保而已！
但是也同样因为这并不是一个真实的世界，所以虽然申若愚对于规则的理解和具体情况都加深了许多，但是这个世界的规则对于出去以后回到现实世界的他帮助并不会太大，只是提前让他了解了一下掌握规则的道路和强大。
睁开眼睛，他满足的微笑起来，这次进入这个虚拟世界只是单单他刚才所了解得东西就值回票价了，看着周围那因为他无意中触碰了程序而变得有些模糊的景致，和错乱的场景，他赶忙一个瞬移离开了原地出现在了城市的另一头，而此时母体也发现了申若愚所造成的破坏，在检查无果之下，母体也只能暂时将这一块程序进行了回档，下一秒钟之后，原本申若愚所造成的破坏就再次恢复了原状，一切都好像没有发生一样，只是那原本应该申若愚出现的地方却已是空无一人了。