其实蓝凌从执着到疯狂，那都是因为对神元星这片故土的爱．让他背弃族人，或者被族人抛弃，他都是做不到的，因而在议员的劝说下，他很快便转变了主意，积极地开始着手与崇明帝国高层的联络．
然而，副指挥官，这个至今依然像迷一样的男子，却一心想着要把计划实施．当他听说蓝凌要放弃计划时，十分气愤，当即跟他闹翻了，而且为了不让蓝凌阻碍他行事，他居然派心腹把蓝凌软禁了起来．
更让人吃惊的是，副指挥官完全掌握了神元交换器的工作原理及制作方法．在这段时间里，他已经秘密安排人制作了几千套具有神元交换器功能的军盔．很快副指挥官旗下的两艘乙级星舰便完全在他的掌控之中。
只是这星际战队的首舰甲级星舰却依旧运作平稳，虽然蓝凌被软禁后，出现过一段时间群龙无首的状态，但很快星舰的其他军官便组成了指挥中心组，由星舰上的五位高级军官一起指挥星舰．
副指挥官曾率领两艘乙级星舰想逼甲级星舰就范，但论实力，两艘乙级星舰也不是甲级星舰的对手，于是只能对峙着．之后副指挥又派自已的心腹干将潜入甲级星舰，对五名临时指挥官进行了暗杀。
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渡宇他们返回来时，正处于五名临时指挥官被暗杀之际，星舰再度陷入群龙无首的境地，眼见着帝国的甲级星舰便要落入副指挥官之手。渡宇带领觉远和慕教官他们及时把刺客拿获，这才力挽狂澜。由于慕教官的指挥经验最丰富，他很自然地被推举为星舰新一任指挥官。这才稳住了阵脚。
副指挥官见大势已去，便率领着两艘乙级星舰试图叛逃。但被闻讯赶来的帝国其他舰队团团围住，但这副指官在此情况下却也不投降，他知道，就算投降，帝国也是不会放过他的，投降也是死，不投降也是死，索性来个鱼死网破。
随即命令心腹把另一艘乙级星舰爆毁，以此要挟帝国舰队。渡宇他们见此情景也是大吃了一惊，没想到这副指挥官会来这一招，把全舰的舰员做为人质。
这些舰员虽然被侵入了大脑，但如果救得及时，还是可以挽救回来的，这可是上千条人命，这不得不让帝国考虑其他方法，以免把副指挥官逼急了，狗急跳墙。
正当各星舰指挥官都无可奈何之际，渡宇却大胆地站了出来。
“如今这种情况，如果采取强攻措施是不可取的，只能采取特种作战方式。所谓擒贼先擒王，只要把副指挥捉住，一切就迎刃而解了。我自愿担任擒拿副指挥官的任务。”渡宇自信地说到。
“如果渡宇小兄弟担任这任务，那么也算我一个。”觉远在一旁附和道。
辰轩也表示愿意一同前往，但辰轩只是一介弱女子，又不懂格斗，这次是十分危险的任务，同时人多了也不好，两个人是最理想的配置了。于是在星舰指挥官和渡宇他们的一致商定下，还是由渡宇与觉远出面完成这项艰巨的任务。
既然计划已定，渡宇和觉远便伪装成普通舰员的样子，乘坐一艘微型逃生仓往副指挥控制的乙级星舰而去，然后各星舰又命令出动大量小型攻击飞船，用以迷惑副指挥官，一来是声东击西，分散他们的注意力，二来，小型攻击飞船号渡宇他们乘坐的逃生仓一起出动，也有掩护作用。
副指挥官见这么多小型飞船出动，顿时惊出一身冷汗，慌忙应对，哪里还注意得到那首微型逃生仓。渡宇和觉远驾驶着微型逃生仓来到乙级星舰的腹部位置，用帝国星舰的特定密码打开了位于乙级星舰腹部位置的一艘逃生仓的仓位。把原有的逃生仓放出，然后渡宇驾驶着逃生仓进入那仓位之中。这样渡宇和觉远便顺利地潜入了乙级星舰。
只见这乙级星舰上，舰员们个个神情慌张，连走路的速度都比平常快几部，想来是外面的攻击飞船让他们疲于应付了。此时，副指挥官正在舰首的指挥厅指挥战斗，对渡宇他们的潜入毫无觉查。
不一会儿，渡宇和觉远便来到了指挥厅里，这里操作星舰的舰员大概有15人左右，还有8个护卫在指挥官两旁。手中都拿着激光枪。这要是与他们硬碰硬，渡宇和觉远自问也占不了什么优势。
于是两人悄悄来到副指挥背后，在只离1米的地方，觉远伸手便要去拉个副指挥官。心想这一招如能把副指挥制住，这便大局已定了。可就在觉远的手快要碰到副指挥官肩膀时，那副指挥官却突然觉查到了什么，敏捷地往旁边一闪，躲了开来。然后迅速转身，见渡宇和觉远在他身后死死地盯着他，赶紧命令护卫迎战。
顿时8只激光枪对准了渡宇他们。虽然以渡宇和觉远的身手，完全可以躲激光枪的射击，但如果只是躲避，那主动权便在对方的手上了。
正在渡宇迟疑之时，觉远已经头一沉，双手往前一伸，便见那八名护卫手上的激光枪掉落在地面，然后一个个做出了手受伤的姿势。
渡宇在一旁看呆了，原来，这觉远作为一个崇古族人，意念操控的修为也是极高的，这种实力的对抗完全不在话下。
副指挥官见状，先是一惊，继而迅速朝舰尾的方向而去，这很明显是想逃了，渡宇和觉远也一个大跨步迎了上去，不一会儿，便一前一后将副指挥围定，副指挥也不示弱，做出迎战的姿态。
渡宇大吼一声，迎了上去，拳脚齐出，那速度之快，几乎不能用肉眼看到。副指挥见招拆招，将渡宇的攻势一一化解，而且，他用的招数完全是利忍先锋的那些招式了，看来这副指挥官也不是省油的灯，格斗术绝不在渡宇之下。
觉远见状也迎了上去，两人与副指挥官展开了对攻，但那副指挥依旧应对自如，游刃有余，这着实是出了渡宇的意料之外的。
那8名护卫，刚才也是被觉远一出手给震住了，只在一旁盯着，也不敢上前来。高手对招，他们也只有看的份了。三人对攻了五分钟，依旧难分胜负，渡宇与觉远以两人合力，也没占得半点优势。
这时，觉远猛地后退几步，退出了对攻，然后立在不远处，头一沉，手朝副指挥一伸，那副指挥施展的拳脚顿时像凝固了似的。原来，这正是觉远用一团意念云，将副指挥官的手脚身子都束住了，让他全身动弹不得，渡宇见机，拿出一附绳子，在副指挥身边迅速穿插起来，只几秒钟时间，便把副指挥官给绑了个严实。
这副指挥官一被擒，乙级星舰的舰员见大势已去，也纷纷投降了。渡宇和觉远押着副指挥官交给了星际舰队高层。被软禁的神元星人蓝凌也被解救了出来，蓝凌遵守承诺离开了指挥官的大脑。其他被神元星人侵入大脑的舰员也纷纷恢复了正常。
在星舰高层的审问下，那副指挥终于说出了事实的真相。
原来，这侵入副指挥官大脑的人并不是神元星人，而是一名利忍先锋的高级别成员，他是一名崇明星的中立族人，名字叫巨野。
至于为什么暗落能像神元星人一样侵入别人的大脑，并取而代之，这事说来蹊跷。
那是两年前，巨野接受了利忍先锋上层交待的一个命今，就是去到神元星监视崇明帝国在神元星负责采集水晶矿的舰船，他乘坐飞船来到神元星时，也与渡宇一样遭遇了绕神元星飞行的幽灵飞船，并且登上了飞船，但与渡宇不同的时，巨野在幽灵飞船上整整呆了一天时间，在这一天时间里，他有一段时间陷入了昏迷状态，等他醒来时，发现自己身处在一个绝妙的空间，其实那个空间便是神元星母体了。
这样美妙的地方，巨野喜不自禁，他死缠烂打，终于征得神元星人的同意，在母体留了下来，这一呆就是一年时间。
这一年里，他也与神元星人建立了感情。但崇明帝国对神元星水晶矿的持续开采，却不得不让神元星高层做出决定，要想方设法，把帝国的采矿船驱逐出去。
巨野得知这一情况后，便自告奋勇地接受了这一任务，他通过利忍先锋的关系，用神元星人的技术，制造了第一只神元交换器，然后把自己的意识注入到里面，由一名星舰的利忍先锋的卧底把这神元交换器交到副指挥官的手上，这样副指挥官便被巨野侵入了大脑，取而代之了。
至于为什么巨野在担任副指挥官期间，在住所会有一半以上的时间，是配戴着头盔，巨野便是利用这段时间，联络一些志同道合，对崇明帝国恨之入骨的神元星人加入他的队伍。这也就是为什么巨野能一下子动员几千名神元星人同时侵入星舰舰员的原因所在。
渡宇他们得知这些信息后，都感叹，这利忍先锋的势力已经侵入到星域的各个角落了。然而事情发展到这里，渡宇依旧没有对神星人形成一个实实在在的概念，他们所说的神元星母体是什么，母体倒底在哪里，是怎么样的构成方式。这些迷一样的东西，就算他绞尽脑汁也是想不明白的。