1999年10月19日，巨大陨石突然向地球飞来，落下并直接击中日本涉谷，周围地区因此毁灭，伤亡惨重，称为“涉谷陨石事件”。即使7年后，涉谷仍未复兴，并持续封锁中。只是灾难并未就此结束，一切才刚开始。
陨石落下后，不明宇宙生物拟态成人类活动于城市中，不断杀害人类并繁殖，造成人们的恐慌。为了消灭这些被称为的生物，人类组成了一个秘密组织zect。但由于异虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力“cloc裤p”，zect一再战败。最后的希望只剩下未及完成的武装系统masked日dersystem（假面骑士系统）。如果有能够装备这套系统，并运用自如的人出现，那么zect就能得到足够的力量和异虫对抗。
某天，zect的实习队员加贺美新，遇见了一个自称“行天之道，总司一切”的奇怪男子。此人名为天道总司。对于他如此桀傲不驯的态度，加贺美感到惊愕而困惑。
异虫再度出没，zect队员们被逼入绝境。目睹苦战的同伴，加贺美决心要成为骑士而战。但是，从空中飞来的masked日dersystem核心“kabutozecter”，却飞到了忽然出现的天道手中。
把从童年时就得到的腰带与kabutozector联组在一起，天道在一瞬间被独角仙外型的装甲服包住身体，轻而易举的打倒异虫，假面骑士kabuto就此诞生。
但是，对于不过是一介平民，而且非组织成员的天道，zect判定他没有资格成为kabuto的装备者，并委托接连诞生的新骑士们，抹杀假面骑士kabuto适能者天道总司。
假面骑士kabuto的世界之中，天道凌的身影就出现在一栋在海边的仓库楼顶上面，时间是在黄昏，夕阳将周围的一切都照成金黄色，让人心醉，但谁也不知道这个世界上蕴含着许许多多的危险。
在进入到假面骑士世界后，天道凌顿时释放出自己的精神力，准备查看附近的情况，只是在他的精神力刚刚释放出来，他就发现自己脚下的仓库中即将发生一场战斗。
“a小队，往3点钟方向前进！队形a！”
“没有生命反应。”
“c小队，进入内部。”
“到达地点2。”
“地点2正常，没有找到信号主体。”
“e小队掩护a小队，队形β
！”
“确认警卫已死亡。”
在天道凌的精神力扫描下一队穿着统一黑色制服，头戴蚂蚁脑袋般黑色头盔，手持奇怪兵器的人正在仓库之中进行搜查。
看到这些士兵，天道凌的嘴角微微一翘，他已经知道自己进入的时间段了，那就是剧情感刚刚开始的时候。
那些黑衣士兵全部都是zect的蚁兵。
zect：为了与隐藏在人类社会中的异虫战斗而结成的秘密组织。，质是原虫创立的企图把全人类变为原虫的组织，势力渗透到警察，与政界。
zect在一般社会属于隐藏的存在，但是，就算是成员对于组织的事也不清楚，是这个世界最强大的实力。
zect蚁兵：量产型战斗部队，虽然力量并不强，可以杀死没有蜕变的异虫，胜在机动性能高。身穿黑色战斗服，精锐部队体侧有金色线条，训练生为白色
与强大的骑士不同，重要的是忠守命令。
武器：机枪剑
天道凌进入假面骑士kabuto这个世界的目标并不是假面骑士，而是zect。
在绝大部分的假面骑士世界之中，除了后期的一些奇奇怪怪的腰带外，其他的骑士腰带都是人为制造出来的，而最让天道凌在意的就是假面骑士kabuto以及假面骑士555的世界。
因为相对其他世界，从这两个世界中得到假面骑士腰带制造技术是最简单的，另外假面骑士kabuto的其实能力可以穿越时空，这也是天道凌会在这两个世界中选择假面骑士kabuto为这一次任务世界的原因。
既然进入到假面骑士世界，不掠夺一下假面骑士的科技实在是对不起自己。
假面骑士世界虽然看上去就是一些高级的外骨骼盔甲战斗的世界，但其中所蕴含的科技含量却非常高，例如最基本的骑士铠甲凭空出现锁展现出来的空间储存折叠技术还有武器的空间运输技术，更不要说后面的穿越时间和空间的技术，比起许许多多的世界都要强大。
“嘭！”
“哒！哒！哒！”
在天道凌思索着假面骑士世界情况的时候，仓库之中也发生了战斗，一个如同虫蛹一般的绿色人型生物正在和zect那些蚁兵战斗着。
这头绿色生物就是这个世界的主要敌人异虫。
陨石堕落在涉谷街道，并使涉谷火车站周边700米范围的建筑物变成一片瓦砾的陨石，这颗陨石被命名为涉谷陨石
。在陨石落下之后，纷纷出现有人被另外一个自己杀死的不可思议杀人事件。而犯人便是随着陨石落下到地球，被称为异虫的外星生命体。异虫有着能够拟态成被害人样子的能力。已经有无数的异虫借此潜伏到人类社会中去，虽然它们的最终目的是什么并不清楚，但恐怕是在人类不觉察的情况下夺取地球。涉谷陨石落下而变成废墟的涉谷街道，从陨石坠落都是一直被放置在一边，并成为禁止进入的区域。或者涉谷就是异虫的据点也不一定；无论任何时候，这都是一个充满谜团，令人毛骨悚然的存在。
异虫拥有将目标人物杀害，并拟态成被害人的习性。这个拟态能力，除了可以拟态成人类的外貌，还可以将记忆也完全复制出来。已经有无数异虫借此拟态成人类潜伏在社会里面。还有就是，异虫的最大特征就是拥有蛹和成虫的两个形态。虽然无论有多少只，它们的蛹形态的样子都是一样的，只有当脱皮并变成成虫的时候才显示出它们的本来样子。变成成虫状态后，能够使用cloc裤p的特殊能力。所谓cloc裤p的能力，就是能够以人类的眼睛无法辨认的超速度进行行动。另外，之所以称为“异虫”，是因为它们拥有很多和昆虫相似的特性。
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