但在常规赛最有价值球员的评选中乔丹却被爵士队的当家球星马龙超过，只屈居于选票榜的第二位，结果是马龙如愿当选。去年在这项大奖的评选中就是乔丹和马龙竞争，结果乔丹赢了，结果总决赛也如偿所愿，而今年马龙得了最有价值球员，人们开始纷纷猜测爵士队将会成为总冠军。
4月25日，季后赛首轮，比赛公牛队对阵子弹队，乔丹找到了他发泄的对手，因为在此前常规赛与子弹队的交手中，公牛队竟然输给子弹队，这也是公牛在该赛季中一共所输13场比赛中的一场，怒眼圆睁的乔丹在同子弹队在交手的三场比赛中分别拿下29分，55分和28分，平均得分达到不可思议的37.3分，不费吹灰之力干净利落地把子弹队三振出局。
在接下来5月6日的第二轮比赛中，公牛队对阵拥有联盟内的盖帽王非洲天王穆托姆博的老鹰队，在首轮根本没有过足瘾的乔丹又在同亚特兰大的比赛中大肆屠裁，把对手打的根本没有还手之力，而球迷记忆最深刻的就是这样一个镜头，乔丹突破后直冲内线，而盖帽王穆托姆博迎上前去，准备给乔丹一个大帽，哪里想到，此时已经杀红了眼的乔丹，不停反上，根本没把2米18的老穆放在眼里，就这样，乔丹在这位平均每场能够拿下接近4次盖帽的防守高手头上来了一个精彩的灌篮。这个镜头让公牛主场的20000多名球迷欢呼好一阵子。最后乔丹率领公牛以总比分4比1干掉老鹰队，又向总冠军路上迈进了坚实的一步。
5月 20日，东区决赛是在公牛和热队之间展开的，热火队带着上赛季大败给公牛的满腔怒火来到联合中心球馆，但是乔丹和队友们根本不给他们任何机会，在交锋的第一战中，乔丹就用全场最高的37分，外加11个篮板6次助攻的出色成绩来给了他们一个下马威，公牛以84比77先下一城，接下来的比赛可以说是顺理成章，公牛连胜三场，然后，在第四场比赛来到热火队主场时，似乎是给了主队点面子，不至于使热火队抱个零蛋回家，所以让他们扳回一场，而后回到芝加哥，再以一个100比87把他们灰溜溜地打发回老家，总比分又是一个4比1，公牛再度进入总决赛，简直超合乎情理，似乎感觉今年的公牛队比，上赛季创纪录的72胜更加可怕。因为有时在乔丹发挥得并不是很好的情况下，居然也能够赢球，乔丹对此也给了队友们极大的鼓励:“这才是一支强队所拥有的特殊风格，这才是一支冠军球队所拥有的出色球员。”
总决赛正向赛前人们预测的那样，全联盟战绩最好的两支球队，公牛队和犹他爵土队如期在争夺最高荣誉总冠军的决赛中相遇。赛前行家分析，这次总冠军决赛的两支球队是历次决赛中实力最相近的，胜负难料。有人希望公牛队创造奇迹，而更有人希望犹他爵士队结束公牛王朝。
事实证明人们的猜测相当准确。在6月1日进行的总决赛第一场比赛就是一场实力相当势均力敌的恶战。比赛的开始阶段，常规赛战绩好于爵士队的公牛拥有主场优势在自家门口并没有找到克敌制胜的好办法，公牛队不但全场进攻乏力，而且还失误频频，而爵士队两员大将经典挡拆配合依然天衣无缝般默契，助攻王斯托克顿每次传球都给公牛队的防守造成很大的威胁，而身体强悍的马龙在内线无论是硬吃身高马大但移动缓慢的朗利，还是防守到位但无奈身体不及的罗德曼都有很大的把握，所以爵士队在能大部分时间里都保持着领先，但优势并不是重很大，比分一直没有被拉大十分开外。
最精富彩的时刻出现在最后节，在终场前5分28，爵士队仍然以5分优势领先，然而大虫罗德曼在关键时刻两次从斯托克顿手里抢到球，乔丹的两次成功投篮将双方比分追成82平。此时，距比赛结束只有 35秒8，乔丹虽然获得罚球机会，但紧张之下罚球也没有投中，而爵士队大前锋邮差马龙居然在终场前9秒2时两次罚球也没有投中。
公牛主帅禅师杰克逊在最后7秒2时叫了一次关键的暂停，进行紧急部署，结果乔丹不负众望，在终场铃响的一刹那摆脱对方的3号拉塞尔跳投命中，将比分变为84比82，超出两分，球进之后的刹那，终场哨声响起，乔丹再次拯救了公牛队，全场球迷热情地起立欢呼，“MVP”之声久久响彻在联合中心球馆的上空。
乔丹在这场比赛中拿下全场最高的31分，而且还抢得4个篮板，传出8次助攻，但毫无疑问，乔丹的这记最后一投成为当日球场上最闪光的镜头，而且这也是乔丹职业生涯中的又一杰作，据统计，这是他职业生涯中第23次最后一球定胜负。
在三天后接下来对爵士队第二场比赛中，乔丹仿佛在向从自己手中抢走常规赛MVP的马龙示威。全场他独得38分，外加13个篮板球、9次助攻和2次断球，只差一次助攻就可获得三双。他的得分、篮板球和助攻都居全场之首。而他在这场比赛中其实完全可以打出三双，因为在比赛的最后时刻，乔丹只差一次助攻就可以拿到三双。
但他传给篮下无防守的皮蓬时，皮蓬却在大意之下，把他这一记绝妙的助攻浪费，当时皮蓬并没有选择更为稳妥的扣篮，而是选择了一个打板，结果皮球在篮筐上转了两圈，最终还是没有进筐，赛后皮蓬也对为自己的这次投篮没能使乔丹拿到三双懊悔不已，但乔丹表现出了一名球队领袖应有的度量:“我宁可要一个健康的皮蓬，也不要那个三双，三双对我来讲，并没有多大的吸引力，我只想要你们能够帮助球队获胜，就这么简单。”乔丹在赛后对皮蓬如是说。公牛队主场以97比85再下一城。