电影的开篇，就是一派战争的场景，满目疮痍的战场，破败的房屋，逃难的人民，面黄肌肉，衣不蔽体，食不果腹。
大名们分裂割据，到处都是战争、劫掠和流离失所的人民。当权者昏庸无能，却依旧纸醉金迷。这就是，战国时代。
但是，很少有人知道，不论是战乱还是和平，都有着一个庞然大物的影子。这个庞然大物，就是一个被称为‘暗世’的组织，战国时代，分裂割据，但是不论哪个家族，都有暗世的影子存在着。最上京子所饰演的女主角，樱，就是暗世的一位女杀手。
敦贺莲饰演的男主角，就是战国时代朝仓家第十一代家主朝仓义景的儿子，朝仓泽明。
樱被暗世上层派遣暗杀朝仓泽明，可是阴差阳错之间，樱以为杀死了朝仓泽明，实际上却是救了他的性命。同时，樱不甚遗落了刻有自己代号‘樱’的匕首，被泽明偷偷藏了起来。
回到暗世后，樱得知自己并未杀死泽明，她虽未受惩罚，却接到了另一项命令。接受催眠，封印记忆，潜入朝仓家获取情报。和樱一同前往的，还有‘监督者’，和树，也就是幽所饰演的男配。
因为樱接受了催眠，被修改了记忆，抹去了关于暗世的所有记忆。由于樱未加入暗世之前，就是逃亡人民的孩子，所以和树就成了她的哥哥，两个人一起逃到了朝仓家所治辖的越前地区。
两个人在‘无意中’撞见了朝仓泽明，泽明发现樱和当时救了自己的女子长得很像，但是她却不认识他，而她的名字有恰好叫做樱，于是泽明就收留了两个人。
和树因为聪明伶俐，见解独到，逐渐被朝仓义景中用，参与到家族的事务处理中，渐渐将暗世的触角深深探进朝仓家的势力中。
1565年，足利义辉因遭人追杀，义辉之弟足利义昭来到越前一乘谷寻求朝仓家的庇护，但是在和树的挑唆下，朝仓义景反应冷淡。因此义昭前往美浓寻找织田信长。
1568年，织田信长带义昭返回京都，以将军名义两度要求朝仓义景上京，都被拒绝，于是朝仓家与织田信长对立。
后朝仓义景听从和树的建议加入信长包围网，但是和树却暗中泄露包围网的情报，随着包围网的破裂。1573年末，信长入侵越前，朝仓军节节败退，义景最终在贤松寺切腹自尽，朝仓家灭亡。
但是朝仓泽明、樱和和树逃了出来。
其实，在日常生活中，朝仓泽明就已经对樱暗生情愫，再加上和树为了获取情报而推波助澜，在逃亡路上，两个人的感情越发坚定起来了。
终于，朝仓泽明按下了心中的羞涩，勇敢的对樱表白了。
“樱，我爱你。”
敦贺莲的眼神中是温柔的爱意，泛滥成灾。
但是，就在他说完这句话之后，樱却突然惊恐的捂着头蹲了下来，“不不不，不！——啊，我的头好疼——不是的，不是他！——不是的不是的！——”口中语无伦次的不知道说些什么，樱颤抖的双手无意识的摸到了她在最初的时候遗落的匕首——泽明将它当做定情信物又还给了樱。
看见樱的痛苦，泽明也显得异常慌乱，“樱，樱，你怎么了……”他蹲下去，拥抱着樱，轻轻拍打着她的背部，“樱……”
但是，时间仿佛永远定格在了那一瞬间，因为樱将匕首刺入了他柔软的腹部。
朝仓泽明脸上的神情终于变了，却不是惊讶、愤怒亦或是悲伤，而是，微微的笑着，温柔的笑着，闭上了眼睛。
樱仿佛提线木偶一般，无意识的拔出了匕首，松开手，泽明的尸体软软的倒在了她的身上。和树走过去，抽出了樱手中的匕首。“他已经死了。”冰冷的，毫无感情的声音。
樱愣愣的转头看了看和树，有看向自己抱着泽明的，沾满血液的双手，颤抖的抚上了泽明的脸颊。温柔的微笑的泽明，偶尔开玩笑气气她的泽明，说‘我爱你’的泽明，被她亲手，杀死了。樱终于忍不住，嚎啕大哭。
‘我爱你’，就是解开催眠的开关，但是樱不知道，她被下了二重催眠，因此才会神志模糊之下错以为泽明是自己的仇人，失手杀了他。或许，泽明早就知道，樱不是什么救命恩人，而是收割他性命的杀手，但是爱上了就是爱上了，他已经失去了家族，失去了一切，死在爱人的怀里，是他最好的归宿。
在泽明去世后一个月，樱自杀了，和树带走了樱的尸体，将她和泽明葬在了一起。
电影的最后，是和树一个人站在两个人的合墓面前沉默良久，最终将一捧白菊花放在墓前，转身离去。
墓碑上的刻字是：朝仓氏泽明妻樱 合墓
看到最后，首映会响起了低低的抽泣声，就连川奈也无声的流下了眼泪。
走出放映厅的时候，川奈轻声询问黑子，“我觉得，和树应该也是喜欢樱的吧……”
黑子垂着头想了想，说道，“死去总比活着容易。”
“我总算有些明白你为什么喜欢观察人类了。”川奈转过头，仰起脸，看着天空缓慢的飘过一片一片的云彩，阳光从云层之间倾泻而下，川奈不由得伸出手，似乎想要抓住那抹阳光。“人类总是表里不一，行动违背着心理，理智与情感战斗。这么说来，阿哲真像是这个世界的旁观者。”
黑子同以往一样，习惯性的牵起川奈的左手，“如果我是的话，你也是。但是，我们都生活在这个世界之中，不是吗？”
川奈闭上眼睛，全身心的信任旁边这个宛若天空的少年，轻轻点头。
不远处，看着少年少女手牵手的‘和谐’场景的跡部景吾气的直跳脚，要不是忍足侑士拼命拉住他，跡部很可能会在众多媒体的眼皮底下冲上去带走川奈顺便将‘拐带’他家‘妹妹’的黑子哲也狠狠揍一顿。那么，明天的报纸首页大标题估计就是‘《幻日》首映礼，跡部财团继承人疑似为爱人与情敌大打出手！’了。
正好这时旁边的媒体凑上来，闪光灯咔嚓咔嚓的，跡部再怎么火大，也知道现在不是时候，只好耐下性子回答媒体的问题。
于是，黑子哲也在毫不知情的情况下，顺利逃过一顿胖揍（？），但是同时，他吸引了某妹控的仇恨值那是妥妥儿的。