天下主要的反元势力，除了明教之外，还有姑苏张士诚、台州方国珍。他们虽然和明教一样都是反元，可对明教却并不友好，三番四次和明教作对。明教向要北伐，就必须要现将这两方势力解决，才能没有后顾之忧。所以慕容燕便派徐达为主将，去征讨张士诚，又派常遇春为主将，去征讨方国珍。
此时明教东西两路义军合二为一，势力大增，兼之又有五行旗劲旅相助，没过多久，这两股势力便先后被平定。捷报传回后，应天城举城沸腾。
慕容燕的书房内，明教诸首领齐聚一堂，谈论着刚收到的战报。
彭莹玉道：“这下好了，张士诚和方国珍被剿灭后，我军再无制累，从此全力北方，灭元之日指日可待了。”
杨逍道：“本教自蒙古入寇中原开始，就一直致力抗元，时至今日，终于就要成功了。”
明教众首领忆及往昔反元的坎坷经历，都是不胜唏嘘。
慕容燕道：“虽然现在形势一片大好，但元廷实力依然雄厚，各位万不可就此大意。”
众人齐声应道：“是。”
慕容燕顿了一下，又道：“眼见反元大业就要功成，咱们是不是也该考虑一下之后的事了？”
杨逍、范遥等互相对望了一眼，不解其意，便问道：“教主想说什么？”
慕容燕道：“本教的教义是济世救民，所以圣火令第一大令，要求教众不得为官做君。虽然迫于时局，咱们不再遵守这第一大令。但本教济世救民的宗旨不能变。然皇帝和百姓的视角不同，立场不同，做皇帝的人不是个个都为百姓着想，所以最近我时常在想怎样才能调和这个矛盾。”
彭莹玉道：“只要教主日后做了皇帝，能够勤政爱民。不就解决这个问题了吗？”
慕容燕摇头道：“纵观古今，历朝历代都是开国清明，中期浑浊，后期糜烂，及至亡国时，积重难返。无可挽回。以我观之，之所以会如此的原因有很多，但有一个原因是无论如何也绕不过去的，那就是皇帝。自禹亡启继以来，中华两千多年来的皇位都是父子传承。父亲是皇帝。那么不管儿子贤与不贤，都可以做皇帝。一个王朝数百年，这期间只要有一个昏聩之君，就会导致国事艰难。我若做了皇帝，就算我能够勤政爱民，可我的后代呢？谁又能保证他们也个个爱民如子呢？”
这事实在没法保证，众人又对望了一眼，皆无话可说。
隔了一会儿。殷天正道：“这也是没法子的事。任谁做了皇帝，都会如此吧？”
慕容燕道：“正因如此，所以咱们才要解决这个问题。断不能让‘兴。百姓苦。亡，百姓苦。’的事在我明教建立的王朝中出现。”
范遥道：“那教主说应当怎么办？”
慕容燕道：“横观江湖，包括我明教在内的各帮各派，没有任何一个家首领的位置是父子传承的，我明教历代教主之间也毫无血缘关系。既然如此，我们为什么以此为借鉴。改变中华两千多年来家天下的局面呢？”
听闻此言，杨逍等都感震惊莫名。在当今之世。皇位父传子、子传孙早已成为了天经地义的事。即便是皇帝本身没有儿子，也会从宗室中过继一个来继承皇位。谁也不会去想皇位还能传给其他人。慕容燕的这番话，无疑为众人打开了一番新天地，杨逍等只觉一扇前所未有的大门在自己面前打开。
过了好一会儿，杨逍才定下心神，道：“那教主具体打算怎么做？”
慕容燕道：“目前，我只是有这样一个想法，还没有具体的章程，所以才说出来，希望大伙儿能群策群力，商议出一个好办法来。不过，此事倒不急马上决定，现在咱们还是以反元为首要之务。大家回去后，都好好想一想，看看具体该怎么做才好。”
杨逍等突然接收了如此惊人的信息，一时都还有些心神不定，便相继告辞而去。
慕容燕今天与杨逍等所说的那些话，并不是一时冲动，而是早有考量。他很久以前就有了废除皇帝制的想法，原因一方面就向他刚才所说的，一个人能否成为皇帝不看才能，只看出身，不利于国家的发展。另一方面也是因为，他根本就不可能长久的留在这个世界。慕容燕早晚有一天是要离开这个世界的，他不可能像这个世界的其他人一样，在这个世界里过一辈子。他在赶走蒙古人，建立明朝以后，要不了多久就会离开，不可能留下子嗣，等他长大，再将皇位传给他。而慕容燕在这个世界也没有其他亲属，若他当皇帝，当他离开时，皇位无人继承，势必引起天下的混乱。与其如此，倒不如一开始就在制度上留下解决的方案。
也有人会说，要是这样，那为什么不像原来的历史一样，干脆就让朱元璋做了皇帝。那是因为，在教内威望不足，做不了教主，而他能成事，又借明教之力颇多，所以他为了摆脱明教的影响，事后一定会对明教进行残杀镇压。这一点在原来的历史上已经证实，朱元璋登基之后，下令严禁明教，将教中曾立大功的兄弟尽加杀害，徐达、蓝田、傅友德等尽遭毒手。
慕容燕做了许久的明教教主，自是不忍心见教中兄弟惨遭杀戮，所以这天下是不能让出去的。
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平定了张士诚和方国珍后，慕容燕决定起兵北伐，他任命徐达为元帅，常遇春为先锋将军，进军山东。而此时元军的统帅则是汝阳王李察罕。明军此时合二为一，又刚刚战胜了张士诚和方国珍，士气高昂，慕容燕对徐达也是信任有加。将前线的事全权托付。而元军则因为履历败阵有些士气低迷，统帅李察罕也因战功卓越而受到元顺帝的猜忌，虽颇有时局，元顺帝不得不派他领兵，但却有颇多羁縻。兼之徐达的军事才华不弱于李察罕。所以两军交战三个月后，明军大败元军，占居了山东全境。
山东是直隶的最后一道屛壁，明军占领了山东后，就可以直接进攻直隶，进而直上大都。慕容燕得到消息后。决定亲赴前线，主持这灭元的最后一战。而位于后方的应天，则交给了刚刚投奔明军的刘基，慕容燕命他负责北伐大军的后勤。
……
半年后，大都城。只见城头上杀声如雷，箭矢如雨，两只军队正在围绕着城池的归属而进行着激战。
早在五个月前，明军就已经攻到了大都城下，可大都不愧为元廷的都城，明军攻打了五个月，都没有攻下来。但历经五个月的强攻，大都也已是强弩之末了。
突然。紧闭的城门被缓缓打开，位于城门外的明军高声叫喊着“城破了！”冲进了城门……
元顺帝至正十八年，历经五个月的奋战。明军终于攻破了大都城。元顺帝逃往漠北，威震世界的元蒙帝国就此覆灭。
灭亡了元朝后，慕容燕在大都宣布正式建国，国号为“明”，改大都为北京，定位都城。改元“慕平”，定明教为国教。并在全国各地修建大光明寺。为了使明教能更为中原人士所接受，慕容燕组织人手。参考释、道、儒三家典籍，开始修改教规、教义，将赤身安葬等不被中原百姓接受的规矩尽数废除，但济世为民等主要宗旨没有变。
慕容燕仔细考量后，借鉴基督教和伊斯兰教的制度，在新国家采用了政教合一的政体。国家的最高首脑称为教皇，同时也是明教的最高首脑，慕容燕为明朝第一代教皇。在教皇之下，设有十二名圣火使，辅佐教皇，原有的光明使者、法王、散人等职务尽数取消。
虽然圣火使是明教中教皇以下的最高职务，但原明教高层却并无多少人位列其中，十二名圣火使中大半是像刘基、朱升这样后加入的谋臣。盖因圣火使不但是明教中的重要职务，同时还肩负着治国的重任。像殷天正、韦一笑等原明教高层，虽然武功高强，但却并无多少治国才能，若是让他们担任了如此重任，那必定将国家治理的一片混乱。所以原明教高层中，最后只有杨逍、范遥、彭莹玉、铁冠道人四人成为了圣火使。
为了不亏待许多不适合做官的原教中功臣，慕容燕特设了元老院来安置他们，殷天正、韦一笑、周颠、冷谦、说不的等都加入其中。慕容燕还规定，除教皇是终身制以外，其余官员包括圣火使在内，都要在七十岁致仕。而到达一定品级的官员，致仕后就可加入元老院。元老院最重要的一项职能就是任免教皇。为了限制教皇，防止他胡作非为，现任圣火使中有三分之一的人提议，就可以召开元老院会议。在会议上，有超过三分之二元老同意，就可以罢免教皇。当老教皇去世或卸任后，元老院中的元老就要用投票的方式，在现任的十二名圣火使中选出新的教皇。
慕容燕在赶走了蒙古人后，又相继派兵平定了西域、云南、四川等地，将中华彻底统一。
两年后，慕容燕见国事日渐平稳，新生政权日渐安定，便决定离开倚天的世界。于是他召集群臣，宣布了退位的决定。群臣不明他为何突然在正如日中天的时候要退位，纷纷进言苦劝，往他收回成命。但慕容燕心意已决，坚决要退位，群臣无法，只得由着他。慕容燕退位后，等待元老院选出新的教皇后，就在教皇宫前的广场上，携赵敏、周芷若、小昭、黛绮丝四女一起回到了九空无界。
赵敏、周芷若、小昭三女早已情系慕容燕，不论慕容燕到哪里，她们都会追随。而黛绮丝会和慕容燕一块走，则是因为小昭。经历了这么多年的风风雨雨，紫衫龙王除了小昭这个女儿外，在这世上已经再无牵挂。当她听说小昭要跟慕容燕离开，再也不会回来后，就义无反顾的要求要随行。
因为慕容燕是在教皇宫前的广场上离开的，当时目睹了他消失过程的人众多，消息传出后，人们对于这种不能理解的现象展开了各种猜测。时间久了以后，倒是在倚天世界留下了一个“第一代教皇是明尊派下来的使者”的传说。