大规定空袭很快结束，经过简单统计后，战报由陈诚报告给杨国雄，“我军取得了重大胜利，消灭敌人约300架，敌预警系统被基本摧毁，重创敌地面防空系统。我军损失各型飞机约150架。”此战主角为空军，汇报战果当然最好是空军的人，陈诚则是最佳人选。
“很好吗！”杨国雄说道，“损失是多了点，不过这点损失对我们来说算不了什么。现在有关键是敌人的损失有多少？我们统计的数字是否可靠？”
“统计数字中通常会含有水分，因此我已令人重新检对。不过可以确信的是敌人的损失不比我方少，经此一战，敌人失去主动权。”
“马上总结经验，准备发起新的攻势。”
“是！”陈诚很干脆的回答道，但他犹豫了一下又说道：“我个人建议推迟计划。”
“为什么？”杨国雄的语气之中毫无不悦之感，相反让人感到他是在与讨论问题。
陈诚非常认真的解释道：“此战我军虽胜，但损失不小，暴露出许多问题。原以为“鹰式”、“小榭树”等防空导弹的威胁不大，可它们战斗中构成了相当大的威胁，同时对高炮火力的威胁也估计不足，结果付出了许多不必要的损失。不过主要问题还是在指挥通信方面，由于指挥通信能力的限制使空战中出现了混乱局面，原有指挥方式也不适度应需要。我们需要调整一下空袭方案，不过这就需要一些时间，下一步的作战计划为此应向后推。”
“很好，”听了这些话，杨国雄显得很高兴，“计划可以无限期推迟，我们承受不起几次今天这样的损失。，不过要快，不能给敌人太多的休息时间。”
原定的后继空袭计划被推迟，开始依据已取得的经验教训对计划进行调整。这些事情当然用不着杨国雄本费心，这时他辊想起不久前颜琳来报告说他们取得重大突破，不知现在情况如何了？于是他决定去看一看。
当他来到到网络信息战中心时，里面的人依然在忙碌着，这次风玄由来担任他的“导游”。
“说一说你们的进展吧，”杨国雄问道，“刚才你们不是报告说取得重大突破吗？”
风玄没有象军人那样立即回答“是”，而是回答道：“没有问题，请看一看吧！”接着他一边引导着杨国雄参观，一边介绍道：“台湾人为了追求所谓‘现代化’，建立了一个名为“天盾”的计算机网络指挥系统。他们宣称它是世界上最先进的通信指挥系统，实现了指挥的‘网络化’、‘数字化’、‘自动化’等等。我们发现这个“天盾”并不可靠，甚至可以说漏洞百出。”
这时杨国雄插言道：“台湾的计算机产业好象很发达，其电脑产品行销全世界，怎么会制造出不可靠的东西？”
“其实并非如此，台湾所产计算机主板、硬盘等行销全世界，还有大批的软件人才，然而这些东西都与个人电脑有关，而不是大型计算机方面。‘天盾’系统所使用的是大型计算机全部是从西方国家进口的，且属于民用型。大型军用计算机才是真正的高技术，西方国家不会轻易出口。”也许是习惯于平时无拘无束的生活方式，风玄回答问题时并不象别人那样严谨与拘束，“依赖于大型计算机是正常，也是必然的事，必竟计算机的速度快，可是那些民用大型计算机并不适合于军用。而且使用的软件系统是美国提供的，台湾无法自行开发出软件系统，从某些意义上来说，软件比硬件更重要。更让人想不到的是为了追求系统的先进性，这个系统竟采用了许多不成熟的技术。”
“究其原因，台湾综合实力太差中其根本原因。看来一切还是自已掌握的，将自已的安全建立于别人的基础之上，终究是不行的。对了，你们所说的重大突破是什么？”
“我们打开了台湾的资料库，可能出于管理方便或其它什么原因，台湾将许多资料，如地图、人事档案等都存储在计算机内，而且存储这些资料的计算机属于‘天盾’系统的一部分。”
“你们有什么重要的发现吗？”
“发现的确很多，具体情况正在整理分析中。”
“能介绍一下吗？”
“可以，不过我本人不行，但我可以给你找个人介绍一下。”说道，他把一个正在计算机前工作的瘦子叫了过来，并介绍道：“这是网络步兵营中的情报分析家‘独行的狼’。”
“你好！你的名子为什么叫独行的狼？”
“独行的狼”回答道：“‘独行的狼’只是我的在网络中使用的名子，时间长了大家已经习惯于以这个名子称呼我。”
“那我也用‘独行的狼’来称你，可以吗？”
“完全可以！”
“有什么重要发现吗？”
“我刚才看一些台湾中山科学院的机密财务报表，发现了一些情况，我个人认为台湾不仅在理论上掌握了核武器技术，而且已有能力进行核试验。”
“你的话我有点不相信，这可能吗？”
“有关的资料已经交给有关的专家了，相信很快就会有结论。如果台湾真掌握了核武器，问题就麻烦了！”
这时杨国雄说道：“有什么麻烦？核武器终究是核武器，不是万能的，台湾能否拥有核武器还是一个未知数，既使拥有也不能阻止我们实现统一！”
临走之时，杨国雄叮嘱颜琳等人，“不能放过大好的机会，在不被发现的前提下，尽可能多的收集资料，这些情报将决定整个战争的进程！”
解放军忙于总结经验教训以制定新作战方案，暂时中止了空袭计划。台湾方面则因损失惨重，无力主动挑剔，因此整个上午再没有发生大规模的空战，只有双方战斗机偶尔交火，现在可以说双方正在“中场休息”。
台湾虽然没有失去一城一地，但形势不容乐观。台军此前认为：“仅以防御而言，台海空域无法同时容纳双方的全部战机，最多能容纳500架，双方可同时投入的兵力大体相等，以现有兵力足以满足这一需要的，对方的兵力优势则无法得到有效发挥，同时我方还有地面防空火力的支援，所以胜利属于我们。”并依此结论，台空军制订了详细的作战计划，可是此时的客观情况要让人失望了。台湾地面防空系统受到重创，远程预警系统被破坏，台湾空军更是损失惨重，能够随时参战的战斗机数量刚刚达到防御所需要的最低要求，这点兵力不免显得有点捉襟见肘，整个地面防空网出现了漏洞。
解放军主动暂停攻势，实行“中场休息”，无疑对了台军一个喘息的机会。空袭结束之后，台军就投入到各机场的抢修中。经过空袭之后，台湾的各军用机场受不同成度的损失，跑道上留下了一个又一个深坑，机库坚固的外壳上也是左一个，右一个洞，为抢修机场，不仅投入了全部工兵部队，还征用了不少民间工程公司。大部分机场的抢修任务很快完成，只有花莲和台东机场无法进行抢修。解放军二炮部队将这两个机场当成了靶场，每隔几个小时就会向这两个机场发射一枚导弹，结果抢修工作根本无法继续，谁也不想在随时有导弹落下的地方工作。
在机场进行抢修的同时，飞机全部分散开了，备用机场、公路跑道等全部投入了使用。由于飞机的损失过大，除全力抢修受损飞机外，封存备用的F-5、F-104等战机也启封了，重新投入使用。同时决定重启IDF生产线，计划再生产300架IDF-2，IDF的最新改型。
不过这些都是远水解不了近渴的，损失依然无法得到有效的补充。台湾空军依然可以投入战斗的战斗机不到250架，比前一天减少了一半多；飞行员的损失也相当大，于战斗中阵亡或弃机跳伞被俘或受伤，许多优秀的飞行员失去参战的机会。由于损失较大，部队的建制完全被打乱了，不得不将几个中队临时组编为一个中队，飞行员相互间都缺少了解，相互配合起来很成问题。
惨重的损失令台军上下士气低落，部队普遍出现悲观、失败情绪。
更重要的是，台空军指挥系统失效了。台湾的远程预警早已在空袭中被摧毁，只得从美国方面获取早期预警机情报。由于美国政府尚未就出兵一事作出决定，美军无法向台湾提供直接支援，但提供情报等还是没有问题，但整个情报的传递过程过于复杂，需要经过多个部门，把宝贵的时间一点一滴的浪费了。而且美军提供仅限于预警情报的支持，而不是参与作战指挥。此时台湾自身的通信指挥系统无法实施有效的指挥，地面指挥系统在空袭中损失不小，几个重要的指挥部和通信中心都受到了空袭，虽然没有造成什么重大的人员损失，但各种设备，尤其是通信设备的损失很大。这造成台湾的地面指挥中心无法及时有效的了解空中的情况，也无法及时将信息传递给空中的飞行员。
相比之下，解放军的损失也不小，但这点损失还可以承受，依然保持着数量优势，战斗结束后不久，有2个师的航空兵部队被增派到了一线，使战机总数恢复到了战斗前的水平。由于早晨取得的胜利，心中充满了必胜的信心，昨天的失落情绪早已不知去向，现在士气高涨，精神状态极佳。
解放军并没有闲着的意思，一面加紧调整作战方案，一面派出侦察机对台湾实施空中侦察。台湾方面对于不断出现的侦察机是无可奈何，原来这些侦察机都是歼侦-8。它由歼8早期型改装的侦察机，保持了歼-8高空高速的特点。由于远程预警系统被破坏了，因此歼侦8只有在接近台湾岛时才能被发现，能留给台军实施拦截的时间就不多了。
歼侦8在飞越台湾上空时，飞行高度经常达到万米以上，这个高度越出了台湾方面在空袭中得以保存下来的地面防空武器的最大射高。能够达到这个高度并有机会实行拦截的，只有战斗机。然而令台湾飞行员头痛的是，解放军总要进行大量的佯动后，让人无法预先知道侦察机何时从何处冲来，采用什么航线，目标是那里。而且这时歼侦8的飞行速度多达2倍音速以上，这个速度不仅令台湾飞行员难以适应，也使其飞越危险区的时间很短，常常是台湾战斗机还没有来得及拦截，歼侦8已经返回安全区。更可怕的是，解放军经常以侦察机为诱饵，引诱台湾的战斗机出战，然后加以伏击，这让人防不胜防。
7月13日下午3点，“中场休息”结束！经过精心准备之后，解放军的新一轮空袭开始了！
解放军二炮部队最先“发言”，数十枚巡航导弹竞相出击，紧接数枚老式地地导弹腾空而起。二炮部队准备继续“清理库存品”。空军的战机开始起飞。这一切没有能躲过美国人的眼睛，美军空中预警飞机时刻注意着台海上空的每一个变化。
美国人的情报一送达台军指挥部，战斗警报即随之发出，于是台湾各机场都响起了战斗警报声，飞行员迅速登机，起飞迎战。台湾空军所有能够参加战斗的战斗机立即紧急起飞，台湾飞行员虽有决一死战的决心，但心情与昨天相比已大不一样。今天早晨的惨败在台湾飞行员心中留下了很深的阴影，悲观、失败的感觉早已占据了飞行员的内心世界，正如一位飞行员对当时的回忆那样：“大家的士气低落到了极点，笑声早已消失了，当空袭警报响起时，除了拼命一战之外，我什么都不敢想了。”
正当台湾空军战机紧急起飞之时，解放军二炮部队的地地导弹就到了，万幸的是全是些老式地寺导弹，精度极差，没有一枚击中重要设备，而且数量很少，一个机场只落下一、二枚。这时机场上并没有停放多少飞机，飞机都是从机库内直接冲向起飞跑道，中间并不停留，同时人员多已进行了掩体。导弹攻击造成的损失很小，甚至可以说是毫无战果，但目的已经达到，导弹攻击成功的制造了混乱，整个起飞过程受到了不小的影响，也给对手造成很大的心理压力。
与此同时，解放军战机已越过海峡中线，如以前那样，台军战斗机立即迎上来，不同的是这次迎战的战斗机数量明显少了。
空战从一开始，台湾空军就处于明显的劣势。数量处于绝对劣势，也谈不上什么质量优势。还有信息不灵使台湾飞行员得不到有效的指挥，只能依据指军中心提供的简单信息来判断情况，谈不上什么整体配合。台湾飞行员发现原先那种强调远程交战的观点并不合实际情况，许多在理论上可行的战斗方案，在实战中并不实用。由于没有及时可靠的情报支援，他们无法先对手起飞，抢先占据有利位置，往往等他们起飞迎战，解放军机群已越过台湾海峡，他们处于非常不利于的位置。对于视距外的远程交战来说，抢占有利的位置并不是决定胜负的关键，可是台湾海峡太狭窄了，只要几分钟双方就会相遇，留给飞行员确认情况、判断、决定，以及锁定目标、发射导弹的时间就非常的有限了。往往进行一轮远程导弹攻击之后，就要进入近距格斗战，甚至远程导弹刚刚发射，就必须进行近距格斗了。可对于近距格斗战来说，抢占有利位置是决定胜负的关键一条。先行起飞的飞行员可以采取先向东飞，与对手拉开距离，然后再转向实施攻击，这样可以多发射几枚远程导弹，可对于最后起飞的飞行员来说，一起飞就要与对手开战，根本没有抢占有利位置的机会和时间。
为加强防空能力，台湾特意以“高雄”号为首的一支舰队开入台湾海峡，希望利用舰上的防空导弹和雷达加强防空力量。“高雄”号是台湾拥有的最先进的军舰，属于从引进的4艘“基德”级战舰中的到货的第一艘，也是唯一的一艘，其余的几艘还没有交货。
“高雄”号正与4艘“成功”级护卫舰组成一个编队，正低速度在离海岸线不远的地方游荡，这是“高雄”号舰长梅军辉作出的决定，他认为这里水浅，大陆的潜艇是不到这里活动的。潜艇被台湾海军认为最危险的对手，必须时刻提防潜艇，尤其是台湾附近海域出现潜艇踪迹之后，提防一点还是好的。此时他的心情可谓中忧心重重，原来美国人答应提供的新式雷达和新导弹还没有到货，现在该舰装备的依然是建成时装备的SPS-48E型三坐标雷达和“标准”防空导弹，按理说这种雷达的性能不错，只是有事没事就出故障，今天没出故障，可是面对天上的数百架飞机，雷达很快就不分敌我了，结果只发射了几枚“标准”导弹就再也不敢轻易发射了，不击中己方战机比击落敌机更重要。令人生气的是，发射的几枚“标准”导弹无一命中目标，检查原因时，才是他们太急了，没到“标准”导弹的有效攻击半径就发射了导弹，这时梅军辉才发现自已有点太紧张了，于是告诫自己不要再紧张了。
“报告，发现敌机靠近！”雷达兵报告道，他刚刚混乱的雷达屏幕上发现了情况。
“多少架？距离？飞弹准备！”机会又来了，梅军辉一边询问，一边下达了命令。
“12架！距离72！”距离还有72公里，还不到“标准”防空导弹的有效射程，梅军辉再次告诫自已不要心急。
梅军辉正耐心等待时，可是雷达兵报告道：“敌机返航了！”
“什么？”糟了！敌机发射完导弹返航了！“小心飞弹！准备发射干扰弹！”梅军辉马上意识到了问题，急忙下达了命令。
果不其然，不久雷达就发现正在接近的导弹，这到没有让他感到心惊，让他心惊的是，导弹的数量太多了，雷达显示的是“一大片”，分不清数目。实际上接近的反舰导弹总数是48枚C802，由12架“飞豹”携带，每架4枚C802，这些“飞豹”在距“高雄”号100公里的地方发射了导弹，然后返航了。
面对如此多的导弹，没有人不会心惊。如何对付正以接近音速的速度飞来的导弹？舰上的“标准”导弹属于早期型号，不具备反导能力。干扰弹发射了！可惜只有几枚导弹上了当，大部分子导弹依然飞向预定的目标，原来这些导弹的制导系统经过了许多改进，性能提高了不少。近防炮开火了，“高雄”号上装有2座6管20毫米近防炮，可要对付这些几乎是同时到达的导弹，可谓是杯水车薪，“高雄”号上的近防炮仅仅击落了2枚来袭导弹，一枚反舰导弹就击中了“高雄”号，165公斤的半穿甲弹头轻松地击穿了舰体，然后在舰体内爆炸。对于这艘万吨级的战舰来说，一枚C802导弹所能造成的破坏是有限地，可接下来又有4枚C802导弹击中了“高雄”号，如此打击是“高雄”号所无法承受地。
“高雄”号水线下的舰体虽然没有受到破坏，没有大量进水，但舰上燃起了大火，火势已无法控制，很快军舰就失去动力。“不必救火了！快点抢救伤员！准备弃舰！”梅军辉无奈地下向全体舰员达了命令，可是火势太大了，最终还是有部分被困在机舱内出不来了，然而没有机会再救他们了，大火正向弹药库蔓延，随时有发生大爆炸的可能。“弃舰！”他下达了最后的命令，于是舰员放弃了救援行动，纷纷弃舰逃生了。当梅军辉登上了救生艇，最后望一眼他的军舰时，他禁不流下了眼泪，不仅他，所有的舰员都流泪了。最后他不忍心再看下去，将头转向其它方向时，他发现整个舰队都完了！4艘“成功”级护卫舰都被击中了，正在下沉，水面上都是等待救援的人。这时他的身后突传来了一声巨响，“高雄”号的弹药库爆炸了。
台湾失去了它最好的军舰。如此惨重的损失，让台湾海军再也不敢将大型军舰开入台湾海峡，全部主力舰不是躲在港口内，就是躲到远离大陆的外海。
完成台湾海峡“大清扫”之后，解放军的攻击机群再次对地面目标实施轰炸。此前巡航导弹已“光顾”过台湾防空部队的阵地，这次依然如上午那样，台湾方面还是没有有效的拦截方法。
虽然巡航导弹的攻击令台军地面防空部队损失不小，但地面防空火力依然不弱，甚至较之于早晨有不少加强，看来台湾方面加强了机场等重要目标的防空力量。但这次防空部队显然有点犹犹豫豫的，不敢轻易开火。原来在上午的战斗中，台湾的地面防空兵多次误将己方飞机击落，超过10架战斗机被自己人击落了，这让本就处于兵力劣势的台湾空军无法承受。台军指挥官严令防空部队在未确定敌友之前不得开火。为避免误伤，防空部队变得犹犹豫豫的，误伤的事确实是少了，但许多战机也因此失去，许多次台湾飞行员将对手引进了己方地面防空火力的范围内之后，可是地面防空部队不是不开火，就是太晚了。
这次解放军吸取了上午的教训，改变原来的空袭方案，大量使用反幅射导弹攻击台军的防空雷达。直到在上午的战斗中受到反幅射导弹攻击之后，台军才发现解放军使用的反幅射导弹远比想象的先进，这才想起如何防御反幅射导弹的问题，此前对此一直没有真正重视过。按常规的方法，雷达突然关机，可以摆脱反幅射导弹的跟踪，这是一种最原始的方法，对于装有记忆装置的反幅射导弹无效，除非雷达关机后立即机动，可惜台湾装备的雷达机动能力太差。实施干扰也是好办法，可惜台湾准备不足，能够使用的方法都很简单，实际效果非常不理想。结果台军雷达不是关机，就是被摧毁，使许多防空导弹无法使用；只有高炮还能用，不过也因炮瞄雷达无法使用，只能实施人工瞄准，效率大为下降。
不依靠雷达制导的“毒刺”等型号的导弹被大量的使用，不过这些导弹存在着射程短的问题，对于高空目标无能为力，好在解放军对地攻击的主角是强-5，所以还是很适用的。然而强-5绝不是靶机，强-5凭借着优异的低空突防能力，对目标实施了猛烈的攻击。飞机噪音一直令人头痛，降低噪音已成为飞机设计的一大趋势，然而解放军飞行员将噪音变成一种“武器”，当飞机从超低空，以尽可能高的速度飞过时，那噪音得让人受不了，巨大的噪音中许多人的耳朵流出了血，更不要说由此产生的心理压力，心跳加速、呼吸困难、动作也慢了，甚至犯错误。面对突然从地平线上冒出的强-5，许多人还没有准备好发射手中的“毒刺”导弹，强-5早已投完弹，消灭的无影无踪了。
为给潜艇部队的活动提供方便，台湾海的反潜机航空兵基地被列入重点打击的目标，其实这有点多余，台湾海军的反潜航空兵第一大队的S-2T反潜机能飞的只剩下8架，至于新采购的P-3反潜机，只有8架交货，现在能飞的只剩3架；第二大队的反潜直升机能飞的也不多了。
这次台湾的主要港口也被列入攻击目标名单，不过出于登陆作战以及战后的台湾重建工作的考虑，攻击部队接到了不得破坏港口设施的命令，只要求他们击沉几只船，将港内的其它船只“吓”走。为了执行这一仅将“船只赶走”的任务，2架“飞豹”对高雄实施了攻击，每架“飞豹”对高雄港内船只各发射了2枚C701反舰导弹，这时港内停留着的因各种原因而没有离开的商船象靶子一样，导弹发发命中，4艘商船被击中，可惜C701反舰导弹的威力较小，没有一艘船被击沉。
与此同时，另2架“飞豹”对台湾的另一个大港基隆港发动了攻击，攻击也是成功的，不过这次有点意外，一艘船被击中后发生爆炸，那是一艘天然气运输船，而且当时是满载的，导弹引爆了船上的所装载天然气，制成大爆炸，。爆发声可谓“惊天动地”，港口附近的许多房屋的玻璃被爆炸声震破了，人们可以从很远的地方看到爆炸所形成的烟柱。好在，除天然气运输船上船员全部遇难外，没有制成太大的伤亡。此次爆炸事件又为西方指责中国提供了一个好借口，理由是中国破坏自然环境。
高雄港与基隆港受到攻击的消息产生了巨大的影响，许多正前往台湾的船只调头了，还留在台湾的船只也纷纷离开了，台湾的海运因此受到了巨大的影响。
解放军还对台湾的电力系统发动了攻击，攻击的目标不是发电站，而是输变电系统。这些目标很容易从空中用肉眼发现，进行攻击也很容易了，效果也好，只要摧毁几根输电线杆或变电站就可以让至少一条输电线路中断。电力是现代文明的动力，大规模停电除对士气有影响外，对台湾经济的影响更大，对台湾输变电系统的攻击行动被一位西方经济学家称为：“这几乎要了台湾经济的命！”
占数量优势的解放军采取轮翻作战，一批战机的油料和弹药消耗的差不多了就返航，由另一批战机接替其任务。而台湾的战斗机则只能在战斗的间隙找个机会在附近的机场或公路跑道上降落，然后立即隐蔽起来，以免受到来自空中的攻击。由于没有新的兵力接替来它们的任务，天空很快被解放军控制了。
经过连续2个多小时的轰炸，解放军确信任务已经超额完成之后，才停止轰炸，激战随之结束。虽然这一次，解放军付出的损失也不小，但与所取得的战果相比，还是微不足道的。
13日中午时分，“海龙”号正在潜望镜深度低速潜航，艇长葛新正通过潜望镜观察着水面上的情况。现在他要做的是最终确认目标，声纳不久前发现一大型目标正向他们驶来，可潜艇的声纳可以确定船的位置、航速等情况，要确定船的国籍等，只能用人的肉眼。他终于看清楚，那是一艘大型集装箱货船，从船身上的标志看，那是中国远洋运输公司的船，通过与资料的核对，进一步确认这一点，并且知道该船的船名为“黑河”，是往返于中美之间的定期货轮，属于可攻击的目标范围内。经过仔细的侦察，他确信附近还没有解放军的舰只或飞机，于是决定实施攻击。
“黑河”号的几位船员正在船甲板上聊天，这时一位船员突然大叫到：“那是什么？”并且用手指明着左弦外的海面，其它几位船员顺着他所指的方向望去，发现不远处的水下有一个东西，看上去象一条“鱼”，但后面带有不太明显的航迹，它正高速冲向“黑河”号。
“黑河”号船长正好从这里经过，他也跟着望去，当过海军鱼雷艇艇长的他，马上大叫道：“鱼雷！”
可惜发现的太晚了，他的话音刚落，船就被鱼雷击中了。只听着一声巨响，随之整个船体就发生了剧烈的震动。突然之间发生的变化使船员们有点惊慌失措，不过大家很快就恢复了清醒，当即组织了自救。鱼雷击中了货船上的一个已经空了的机油舱，爆炸形成了一个几米宽的大口子，并造成船体内部多处破裂，使大量海水灌入船内。经过努力“黑河”号得救了，但由于动力机舱被淹，船失去动力，只能浮在水面上。情况稳定之后，清点了一下人员，发现全体船员都在，只有几个人受了轻伤，这时船长才轻了一口气。对于受鱼雷攻击一事，他确信是台湾潜艇所为，因为在这个时候能发动攻击的只能是台湾潜艇。此时的他非常后悔，因为他不应该忘记战争已经开始，不应该麻痹大意，即便这里远离台湾。实际上无论是谁都可能犯与他相同的错误，因为谁也不想到台湾的潜艇会出现在这里，这里距离战场太远了，这距大陆海岸线只有几十海里，上海市距此已经不远了。
这时一位船员发现有一只船正向“黑河”号高速驶来，船长立即举起潜远镜望去，同时下令道：“准备发信号，通知来船这里危险，让他们马上离开。”
副船长听了，问道：“为什么？我们需要救援！”
船长听了不以为然，一边用潜远镜观望着，一边回答道：“敌人的潜艇可能还在附近…。”可他说到这就突然停了，过了一会他说道：“不用发信号了，那是我们的军舰。”
正高速驶来的是导弹护卫舰539舰，“黑河”受到攻击时，该舰就在“黑客”以北不远的地方，当时该舰正在进行改装之后的海上试航，以测试舰上的新装备。
此时“海龙”号还潜伏在附近。葛新确认鱼雷击中目标之后，等了半天见没见货船沉没，于是他下令再发射一条鱼雷，可在艇员准备发射鱼雷的时候，他回想起一战时，德国U21潜艇连续击沉三艘英国巡洋舰的战例，于是他想使当年的历史再演。
当他把想法告诉艇员时，不禁有人问道：“你是不是疯了！”
葛新说道：“也许这是疯狂的想法，但这是可行的。这样接近上海，对我们来说应该是危险的地方，可从目前的情况看，解放军在这一带疏于防范，也许这正应了‘最危险的地方，也是最安全的地方’这句话。现在货船动不了，估计经过这里的船一定会停下来救援它，那时我们再将它们击沉不是很好吗？如果来的是一艘军舰不是更好吗？”
于是“海龙”号就潜伏下来了，不久“海龙”号的声纳兵报告道：“发现一个目标！”这是539舰的镙旋桨发出的声音，此时539舰正全速前进。
听了报告葛新非常高兴的说道：“机会来了！准备战斗！”
539舰长邵节没有急于实施救援，而是下令准备搜索敌潜艇，对此随舰参加测试的专家邱维加感到不解，于是问道：“为什么不马上救援？”
舰长邵节回答道：“不是我不想救援，而是担心敌人的潜艇还在附近，一旦我们停下来救人，那么我们就成了活靶子了。”
“我想敌人的潜艇已经走远了，不然它不会让货船还浮在水面上。”
“从接到报告到我们到达这里没有用多长时间，在这段时间内它走不了多远。甚至可能就埋伏在附近，正等着伏击我们。所以我们要找到它，然后击沉它。”
“虽然我不是军人，不太了解战术上的问题，但我想这样可能性是存在的，我们的确不能大意。”
“可惜这次试航舰载直升机没有随舰出海，看来只能依靠你们研制的新装备了。”
“请你对我们的新设备放心！如果它在附近，就一定能找到它。”
他们所说的新装备是一种新式水下探测雷达，刚刚装上539舰，可是舰上没有人能熟练的操作这样新装备，所以由研制单位请来了几位专家来传授技术并参加这次试航。虽然这几位专家是来传授技术的，不过现在他们成了战士，负责操作这种新装备。
搜索了一会之后，邱维加叫道：“好象有点不正常，是不是机器出了故障？”说着把同行的技术员叫了过来，可是技术员检查了一下后，回答道：“不是，设备没有问题。”
这时一旁的邵节过来看了一下，下令道：“注意一下，这可能就是目标！重新扫描一下！”
很快邱维加就报告道：“好象是，不过还不能确定。”
过了一会，邱维加大叫道：“没错！这就是目标！”
邵节听了非常高兴，于是下令道：“准备攻击！”
“反潜火箭装填完毕！”
“准备发射！”
“发射准备完毕！”
“预备！”
“放！”随着一声令下，舰上的反潜火箭炮发射了，反潜火箭弹一发接着一发的飞向远处的目标。可就在这时，舰上的声纳兵听到了鱼雷发出的巨大噪声，原来此时“海龙”号也瞄准了539舰，几乎在539舰发射反潜火箭弹的同时，发射了一条鱼雷。
虽然539舰立即躲避，但最终还是被鱼雷击中了。好在这条鱼雷没有爆炸，不过它在539舰舰身上制造了一个大洞，制成大量海水灌入舰内，经过全体舰员努力，最后军舰保住了，而且还能依靠自身动力前进，当然只能是低速的。
此时“海龙”号的情况可不妙了，当它发射完鱼雷，539舰发射的反潜火箭弹也到了，反潜火箭弹就在“海龙”号附近爆炸了。这时该艇本身的问题曝露出来了，生产厂家为降低成本，在制造过程中，对原有的设计进行了改动，使该级潜艇原本并不强的防护能力变得更低。爆炸很容易就使“海龙”号出现多处漏水，更糟的是该艇存在预备浮力太小的弱点。艇员尽了最大的努力，可情况还是越来越糟，最后不得不紧急上浮，很快“海龙”号就冲出水面。上浮时，葛新相信攻击他们的军舰已经被击沉了，可是声纳损坏了，使他无法确定鱼雷是否命中目标，但他相信鱼雷一定会命中目标。事实上鱼雷的确击中了目标，只可惜没有爆炸。当他发现539舰并没有被击沉之后，他不得不下令投降了，因为在水面上潜艇无法与水面舰艇对抗。
不久葛新见到了邵节，邵节称赞葛新道：“你是一个优秀的潜艇指挥员！”
“谢谢你的称赞！可我不明白你为什么能发现我？当时我确信你们的声纳不能找到我们。”
“声纳的确没有发现你们，我们是用新式水下探测雷达发现你们的。”
“原来如此！这是天意！”
“这怎么能说是天意？”
“如果你没有发现我，那我的攻击一定会成功。如果鱼雷爆炸了，你们一定会被击沉，那样我就可以安全的从水面上逃走。如果预备浮力能大一些，我就不用上浮了，而你已经受伤了，无法再追我了，我就可以从水下逃走。这些不是天意是什么？”
对于539舰被“海龙”号击伤一事，经过一番调查之后，得出的结论是：“这一次经典的战斗！539舰长及其舰员的表现都无可指责，那条鱼雷是不可能被躲开，多次计算机模拟结果也证明了这一点，同时“海龙”号艇长及其艇员的表现也是无可指责的。葛新和邵节都是优势的舰长！”
受伤的539舰也依靠自身动力返航，再次进入造船厂，开始了长达3个月的大修，除修复战损外，还进行了大改装。被俘获在“海龙”在539舰舰员的帮助下，补好漏洞，阻止继续漏水，避免了没沉的危险，然后在解放军舰艇的护卫下，依靠自身的动力航行驶入上海军港，然后与539舰一起进入造船厂开始大修，在大修期间“海龙”号迎来大批参观者，上海市民争先参观这开战以来，最大、最重要的战利品，同时也迎来大批中国技术人员，他们是来研究的目的是研究该艇及艇上设备的，为此“海龙”号差一点被肢解。经过6个月的“大修”后，该艇再次被编入潜艇部队，艇名依然为“海龙”，只不过已改挂“八一”军旗。
与“海龙”号被俘获相比“海虎”号的结局要惨许多。“海虎”号出航不久就被我军的一艘正在巡逻的潜艇发现，此后“海龙”号的一举一动就都处在解放军的监督之下，而“海虎”号对此还一无所知。“海虎”突然南下的举动引起南海舰队的注意，尤其是开战之后，南海舰队即调集大批反潜兵力，准备围剿“海虎”。13日早晨，围剿“海虎”的战斗开始，直到这时“海虎”才发生自已陷入包围之中。“海虎”号的性能不错，人员素质再高，所以多次摆脱困境，甚至绝境，然而它始终无法冲出包围圈。对于此次围剿“海虎”号的行动，解放军被其视为一次难得的“练兵”机会，因此调集了绝对优势的兵力参与围剿，不象进行一次战斗，而是进行一次训练。最终“海虎”被击沉于香港以东南约100多海里的地方，时间是14日6点34分。
至此，台湾海军损失了仅有的两艘作战潜艇，只剩下两艘只能用于训练的老式潜艇。数年前，美国人答应提供8般潜艇给台湾，可惜订购的潜艇还处于建造中，一艘也没有交货。再加上，当时以“高雄”为首的舰队全军覆没，实际上台湾海军已受重创，从此基本上退出战斗。