黄巢得知王重荣叛变，当然大怒，派出他手下头牌朱温率本部兵出同州（今陕西大荔），弟弟黄邺率本部兵出华州（今陕西华县）合力攻击王重荣。王重荣也不是白给的，唐广明元年（公元880年）十二月底，两军在河中大战一场，黄巢军大败，朱温和黄邺被打肿了脸，丢下四十多船粮草逃回长安。王重荣大胜之后，也不敢大意，速和义武军节度使王处存取得联系，请他过来帮忙。二王合兵一处，驻扎渭水北岸，准备对付黄巢大军。
见王重荣不好对付，黄巢改变战略方向，向东南扩张。唐广明二年（公元881年）二月，黄巢以朱温为东南面行营招讨使，出蓝田关攻掠邓州（今河南邓县）。朱温虽然不久前败给过王重荣，但对付邓州刺史赵戎还是没问题。三月，朱温军破邓州，活捉赵戎。黄巢命朱温驻守邓州，控制荆襄路，以防唐军来袭长安。
此时学习老祖宗李隆基“西征”的唐僖宗李儇正留在兴元（今陕西汉中）观望形势，同时诏命天下各道兵速集长安，剿灭黄巢。代州北面行营都监陈景思率沙陀三部落和吐谷浑三万余人驰赴关中，陈景思先遣使去兴元，请僖宗赦免李国昌父子，让他们戴罪立功。李儇知道李家父子有点本事，危急时刻，多一路人马就多一份胜利的希望，也就同意了。
李国昌、李克用父子在代北作乱，被唐代北招讨使李琢、卢龙节度使李可举、吐谷浑赫连铎部三路合击，李家父子连战连败，又被唐军一路追杀，势穷力孤，只好亡命鞑靼部。这次唐天子下诏赦罪，当然愿意痛改前非，李克用受封雁门节度使，带鞑靼兵南下勤王。
各道军阀听说皇帝还活着，知道发财的时候到了，俗话说：“计绝莫过绝粮，功高莫过救驾”，这可是一本万利的买卖，争相出兵关中。泾原节度使程宗楚、秦州经略使仇公遇、鄜延节度使李孝昌、夏绥节度使拓拔思恭（西夏元昊的老祖宗）遣使结盟，传檄天下，共灭黄巢，尊奖王室。唐僖宗见形势略有好转，再拜凤翔节度使郑畋为宰相，领京城四面诸军行营都统，许以便宜从事。
李儇诏书一下，各路纷从而至，只有淮南节度使高骈安坐钓鱼台，李儇派了几拔使者去催高骈起兵，高骈听从狗头军师吕用之的建议，拥兵自重，“为孙策三分之计”，阴求割据江南。高骈上表说镇海军节度使周宝和越州刺史刘汉宏阴谋不轨，因要防备二贼，所以无法勤王，请皇帝陛下自个想办法去吧。李儇气的抓作狂，但也没办法。
而黄巢得知郑畋是唐朝的实际军方领导人，便想先下手为强。唐广明二年（公元881年）三月，派尚让和外甥林言带着五万精锐去攻凤翔，只要拔掉郑畋，扼住山南诸州，就能堵死李儇的北归路。郑畋是唐末名臣，能文能武，史称郑畋有“社稷之才”，是个一时风云人物。得知黄巢军要来做客，速命朔方节度使唐弘夫率兵埋伏在龙尾坡（今陕西岐山县东），郑畋自己带着数千锐卒，来到山地高处，遍插旗帜，以为虚张势。
没多久，尚让军就杀了过来，尚让没把郑畋当回事。郑畋在尚让距离还十几里的时候，击鼓鸣角，尚让不知唐军底细，准备列好阵势迎战。唐弘夫见尚让已经处在包围之中，呼喊着杀出来，劫了尚让的后路。
尚让军大惊，前后失序，军心大乱。唐军四面合击，刀矢齐下，尚让军死伤惨重，战死两万余人，伏尸数十里。尚让和林言侥幸捡了条命，奔回长安。
尚让逃回来后，窝着一肚子的火没地方发泄，尚让看到有人在尚书省门前题诗讥讽起义军，大怒。但不知道是谁写的，开始滥杀无辜，捕杀长安城中的书生，死了三千多人（让人发指！），而识得字的人也没好下场，全都打发去服苦役。
唐军乘势进围长安，王重荣屯沙苑（今陕西大荔南）、王处存屯渭桥（今陕西西安市郊），拓跋思恭屯武功（今陕西武功西北），郑畋屯盩厔（今陕西周至），同时命唐弘夫进击长安。
黄巢见唐军来势汹汹，决定先避其锋芒所及，唐广明二年（公元881年）四月，黄巢率军撤出长安，屯居灞上（今陕西西安南郊）。唐军程宗楚部、唐弘夫部、王处存部争相入城。黄巢军在长安呆了不到半年，长安百姓就已经对他们恨之入骨，见唐军入城，高呼万岁，“以瓦砾击贼、拾箭以供官军。”可见黄巢何等不得人心。
官军入城后，老毛病又犯了，开始抢掠百姓，游手好闲的市井泼皮们也跟着起哄，打着官军的旗号偷东西，抢女人，长安城中一片乌烟瘴气。黄巢见官军如此荒唐，知道机会来了，下令三军反攻长安。义军孟楷部带着几百个弟兄去攻唐弘夫，唐弘夫的官军这几天发了大财，但因为抢的太多，浑身挂满了宝贝，正在气喘嘘嘘时，见黄巢军又杀了回来，因“重负不能走”，几被全歼。唐弘夫被杀，程宗楚也战死乱阵中。其他官军保命要紧，退至武功（今陕西武功西北）。
而准备入关中勤王的李克用率鞑靼、沙陀各部两万多人来到太原时，河东节度使郑从谠拒门不纳。郑从谠知道李克用不是个安份的人，哪敢放他进城，郑从谠在城上俯身答道：“李君父子自先帝朝就屡立奇功，天下共闻，今借路勤王，从谠本当鼎力。但从谠奉诏守此，责任重大，不敢有闪失。请李将军谅从傥苦衷。”
李克用知道这个老家伙不好对付，就进而求其次，再道：“都是为朝廷卖命，克用也知道相公难处，只是克用粮饷不足，望相公看克用薄面，多少给点吧。”郑从谠实在驳不过去，那就给点吧。郑从谠真是阔气，给了李克用一千贯钱，一千斛米。
李克用大怒：“两万大军，军需浩大，这点小虾米打发叫花子的吧！”下令攻城，太原人心惊恐。郑从谠忙派人去向振武节度使契苾通求救，契苾通领突厥吐谷浑各部急驰来救，在晋王岭大败雁门军，李克用大骂：“契苾通狗拿耗子，老子攻城，关你屁事！”只好撤回雁门再做打算。
黄巢虽然再次占领长安，但唐军对起义军的优势越来越明显，原来归附黄巢的唐朝军阀，多数开始动摇。忠武监军太监杨复光劝原唐忠武军节度使周岌反正朝廷，周岌估算着在黄巢身上投资怕是收不回成本，便决定重新投向唐朝的怀抱。杨复光先命养子杨守亮把黄巢派来的使者全都杀掉，然后起兵。
唐广明二年（公元881年）五月，杨复光带着三千忠武军来到蔡州（今河南汝南），劝蔡州刺史秦宗权起兵攻邓州，为朝廷建功，日后不怕谋取大富贵？秦宗权大喜，把一万多军队拔给杨复光，杨复光将这支军队分为八都，让偷驴出身的王建、鹿晏弘、韩建等八人为将。然后进攻邓州，邓州守将朱温、何勤等人听说太监要来找他们打仗，大笑来战，结果朱温败的一蹋糊涂，狼狈奔还长安。
朱温虽然打了败仗，但黄巢此时已经被周边的唐军弄的焦头烂额，手下缺兵少将，便极力拉拢朱温。朱温到长安时，黄巢亲自出城洗尘，大加抚慰。然后黄巢调朱温扼守兴平（今陕西兴平），防备退至武功一带的唐军各部。
远在兴元（今陕西汉中）观望形势的李儇对能否战胜黄巢心存疑虑，兴平距长安太近，总觉得不太安全，于六月间南下入成都。唐广明二年（公元881年）七月，僖宗下诏，改广明二年为中和元年，大赦天下。任兵部侍郎韦昭度为宰相，侍中王铎为义成军节度使，兼京城四面行营都统，太子太保崔安潜为副。
李儇自继位以来，大权就被田令孜抓着不放，他不过是个“精神领袖”，来到成都之后，形势没有丝毫改变。田令孜仗着兄弟陈敬瑄主政西川，更加跋扈。李儇虽然逃到成都，但四方的进贡还是少不了的，田令孜从中吃大头，中饱私囊，而且只赏禁军，不及川军。川军将士对此极为不满，西川黄头军使郭琪指责田令孜：“川军也是朝廷兵马，大人奈何只赏禁军，不及川军？万一将士不服，肘腋变起，天子将何往？请大人一视同仁，这样才能拉拢军心。”
田令孜见这个小小的黄头军使居然敢对自己这样说话，大不满，冷眼问道：“你有什么功劳？说来我听听，说的好，赏你！”郭琪不服气，站起身撕开衣裳，自报军功：“郭某本是山东人，受命守边，与党项、契丹三十余战，出生入死，身上没块好肉。后来出战吐谷浑，敌刃伤我腹，肠出将死，我用针线缝腹再战，请问大人，这功大不大！”
连皇帝都要让田令孜三分，郭琪如此不给他面子，恼羞成怒，便在酒中下毒，逼郭琪喝下。郭琪知道这是毒酒，慑于身边都是田令孜的人，不敢不从。回到家后，郭琪立刻杀掉一个婢女，吸血触毒（残忍！），吐出毒物。郭琪当下就带着本部兵在成都作乱。田令孜忙带着李儇入东城避免，陈敬瑄调兵来灭郭琪。郭琪虽然勇武，但人马太少，不久就被杀败，逃之夭夭。
这场乱事其实是田令孜逼出来的，田令孜上挟天子，下令群臣，自以为是，飞扬专断，与其说李儇做皇帝，不如说李儇做木偶，大权都在田令孜手中。看到朝廷这个混账局面，正直之士莫不痛心，左拾遗孟昭图上书切谏：“天下事，本当与天下人议之。但陛下独谋于北司（田令孜），不及南司（群臣），久长以往，天下平复无期。”
可惜李儇根本没看到这封奏疏，就算看到了，他也得唯田令孜马首是从。田令孜在第一时间看到此疏，大怒，假传诏令，贬孟昭图于嘉州（今四川乐山）司户，半路上派人将孟昭图沉水溺死。文武官员看到田令孜手段如此毒辣，都噎声不言，谁还敢找田令孜的麻烦？孟昭图就是他们的前车之鉴。
长安方面局势比成都更加混乱，唐军各部正在进行试探性的进攻，拓跋思恭和李孝昌进屯东渭桥（今陕西高平南），寻找战机。因为东渭桥是长安北方门户，黄巢感受了很大的威胁，调朱温来对付拓跋思恭等人。