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鉴于卢晓航的经验，宋献策紧急准备了一支防疫部队，这支防疫部队由清风带队，临走之前卢晓航交给了他用麻布蒙住口鼻做口罩的方法，并告诉他，接收城市时，必须要在每一处街道喷洒石灰水。
说起石灰在中国七世纪便开始应用了，李时珍更是将这种东西列到了《本草纲目》之中。所以原料倒是不用发愁。石灰水具有消毒杀菌的作用，是一种低成本的消毒制品，相当于今天的八四消毒液。
另外卢晓航命人在江南大量收集防疫的药材，开始向京师运送，宁可信其有不可信其无，万一京师真的又瘟疫，河洛军沾上可就要全军毁在瘟疫之上了。
卢晓航还告诉清风，要在京师的各处修建公共茅厕，卢晓航可是知道，到了后世的解放之前，京师的胡同里还会每天有人提着夜壶倒在街面之上，解放之后修建了厕所这种情况才好一点。所以修建公共茅厕迫在眉睫。
这一个建议被宋献策果断的拒绝了，宋献策的理由便是，谁也不会闲着没事去大街上倒粪便，现在地里的肥料都不够，京师的每一处都有抢着收粪的农户，所以修建公共茅厕没有什么用处，卢晓航说的那种情况绝对不会出现。
卢晓航这才想起来，现在大明还是以农业为主的国家，京师府中的厕所都能作为人情送给乡下人的，不像后世的时候一处四合院里住了十多户人家，人都挤不开更别说厕所了，所以只能往大街上泼洒了。据说解放前同仁堂的伙计每天早晨起来的第一件事就是将自己门前的粪便清扫干净，由此可知随地泼洒粪便情况有多么严重了。
不过这个时代好多了，正如宋献策所说的，粪便都是地里的宝贝，随地泼洒粪便就跟随地扔粮食一样是败家子的行为。
清风带着防疫军走了，这支部队虽然只有几百人的规模，却承担着重大的人物。
与此同时，卢晓航下令大明各地开始进行防疫工作，当然现在大明治下的百姓只能勉强吃饱，对他们谈防疫实在是有点早了，但是这种事情必须要慢慢发展的，若是等天下统一了再发展可就太慢了，最少要现在他们心里种下防疫的种子，而且阮大铖现在可是巡视各地，这种事情他们也不敢违抗圣意，只要养成了防疫的意识，这大的瘟疫便不会在整个大明蔓延。
当然江南之地肯定是要先作为实验的地方开始施行的，毕竟他们比较富庶，今年卢晓航大婚又免了他们一年的赋税，他们闲下来的时候便要开始普及防疫知识，这一点卢晓航命令姜曰广去办了，至于那些大夫担心自己家的秘方外传造成医术泄密不肯传授真的本事怎么办，那就看姜曰广的手段了。
十天之后卢晓航开始启程向着京师进发，史可法也和南京的文武开始启程，在他们这些老臣的心中，北京才是大明的京师，南京只不过是一个陪都，只有被贬出京师的大臣才会送到南京养老，所以一听说进京都很高兴。这才是飞黄腾达，中兴大明的事情，至于有人说的故土难离，不过是因为官做的不够大罢了。
卢晓航想到史可法进京，苦笑一声，史大人，扬州十日保卫战是没你什么事了，这扬州城可没你的纪念碑了，你若是在京师演一出，到了后世可是在天子脚下，到时候纪念碑可就值钱了，我可只能帮你到这儿了。
史可法当然没跟卢晓航走在一起，只是在路上凭空打了几个喷嚏，还在想难不成是路上受了凉？
卢晓航在二十天之后赶到了京师的范围，看着永定门的大门，感概异常，自己第一次来这里的时候是因为着急救莫秋蝶，所以根本没来得及仔细看着永定门的城门。第二次来的时候，崇祯站在这永定门上，斩杀了陈奇瑜全家，逼反了陈奇瑜，这才导致了他吊死煤山，李自成占了京师，这一次来，想不到京师竟然属于自己了，真是世事无常，变幻万千。
周奎和朱纯臣跪在城门之前都快哭了，自己这一辈子都混成三姓家奴了，遗臭万年是跑不了了，更加严重的是，人家当奸臣都是大富大贵，自己当贰臣却混得如此落魄，早知道还不如早点陪着崇祯死了，还能留下一个忠臣之名。
这一次回京师，卢晓航身边带着朱媺娖和朱胜杨，他们两个一个是崇祯皇帝的女儿，一个是建文帝的后人，倒是算得上皇亲国戚，这样一来卢晓航也不至于被人称作孤家寡人，再说若不是蜀中需要一个声威俱全的人守卫，自己早就将朱至澎调过来了，毕竟他家做了几百年的蜀王，若是自立简直就是发一道文书的事，不过卢晓航相信他，所以一直让他守卫川蜀之地。
朱媺娖看着朱纯臣冷笑一声：“朱将军当初可是倒在了血泊之中啊。”说着又转过头：“外祖父，听说李自成一进京师你便将你自己的亲外孙全都交了出去。”
两个人头都大了，这个小祖宗怎么回来了，人人都知道，崇祯皇帝最宠这个小女儿，所以她养成了刁蛮任性的性格，更是时不时带着人溜出宫门，假称微服私访，崇祯不但不生气，反而很高兴，所以朝中的大人们几乎都认识长平公主。
朱媺娖接着说道：“朱慈烺被你们劝着登基为帝，我那两个哥哥呢。”
当初李自成攻进京师的时候，崇祯将朱慈烺、朱慈炯和朱慈照三个儿子全部送到了国丈周奎的府上，谁知道李自成刚一进城，周奎便前去告密，李自成派人来到了周奎的府上拿人，周奎还装作誓死护卫的样子，但是暗中却将他们全都交了出去，这些全都被皇家天字号侍卫看在了眼里，现在天字号侍卫全都在朱媺娖手下，所以朱媺娖自然知道怎么回事。
但是朱慈烺不知道怎么回事，所以他登基为帝之后不但没有怪罪周奎，还以为他是一个大大的忠臣重用了他。