美国人登陆菲律宾，台湾人斩获两艘美国巡洋舰，双方皆大欢喜，只有西班牙人是两手空空，不仅舰队都被美国人击沉在了港口里，而且马尼拉城也是眼看不保。这个老牌的殖民主义国家，从此以后，就再也没站起来，没落成欧洲的三流国家了。
接到内务部关于“小龙虾”行动的秘密报告，刘芾躲在办公室里偷着乐了半天。报告中提到美国陆海军队正在围攻马尼拉，刘芾不禁琢磨着是不是再去给美国人添点乱。思考了一下午，刘芾还是决定不再出击了，怕万一被美国人看出端倪，就不好收场了，到时候把连着3次伏击日本舰队的旧账一起搬出来，台湾承受的压力就太大了。
刚刚压制住内心的冲动，一个不好的消息就来了。据民政部接到的报告，台中的彰化县部分地区发大水了，很多村子都被大水淹没，具体规模有多大还没有统计清楚。
看完了报告，刘芾倍感头疼，外部压力刚刚减缓，内部又事了，真是不省心啊。不过头疼归头疼，该处理的还是要处理，而且要快，台中是台湾重要的蔗糖和亚麻产地，还建有很多糖厂，如果救灾不及时，那么农作物就会大幅度减产，严重影响当地乃至台湾的发展。
如何救灾刘芾还是稍微懂一点，靠当地政府肯定不行，靠国家支援，来不及，最快最有效的就是动用军队。于是刘芾发布了上任以来的第一个总统令：调派彰化附近的驻军，火速赶往灾区，进行第一波救灾，并控制灾害的蔓延。然后再电令彰化县速度查明受灾区域和损失，配合军队做好防疫和安置受灾居民的工作，并把具体数量上报民政部，再决定后续的灾后建设事宜。
总统令一发出，立刻得到台湾社会各界的支持，以前在大清朝，受灾了以后，无家可归的灾民只能自己向附近的城镇转移，饿死病死那是正常，侥幸能跑到城市附近，还不一定能进城，只能再城外等着富户舍粥或者衙门开仓放粮。拿到救济的粮食，也等不到下一季的农作物收获，只能卖儿卖女卖自己。更可怕的是灾后的瘟疫，由于台湾天气温和潮湿，人畜的尸体如果不能及时处理，将污染水源，从而引发各种规模的瘟疫。
现在新的政府虽然也搞了一些遭人反对的措施，比如合作社、银行贷款等，但是那些政策只是一部分比较富裕的地主反对，广大的穷人和社会底层阶级都是愿意接受的。这次总统宣布动用军队救灾，还给灾民安置临时住所，统一发放救灾粮，真是比大清朝强多了。
刘芾布置完救灾的工作，立刻又找来了内务部部长徐增亮，这个徐增亮年龄21岁，是以前“冲锋队”里年龄最大的、各种学习成绩最好的学员。由于在多次参加清洗和灭口行动中表现出很强的协调管理能力，刘芾就任命他为内务部的部长，专门负责国内外的情报、安保等工作。
刘芾这次给徐增亮又派了一个不太难的工作，就是由内务部秘密派遣工作组，融入到各个救灾环节中去，查看在此次救灾和重建工作中是否有人发国难财，然后整理出材料，直接上报给总统。
这次受灾的是彰化县的东南部的二水地区，这里是彰化平原通往中央山脉的必经之地，整个地区非常狭窄，被夹在八卦山与浊水溪之间。浊水溪发源于高山地区，上游落差很大，溪水湍急且量大。在夏季雨水集中的时候，溪水的含沙量很大，致使中、下游河道淤塞严重，以致经常迁徙改道。
今年山区大雨不止，河水暴涨，河道再次更改往北，冲破了原来的堤岸，把附近的几十个村庄都淹没了，受灾人数超过了3000。
由于军队行动迅速，后续措施跟进的及时，除了在水灾中淹死的300多人外，被迫逃离家乡的灾民并没有再继续受难，而是就近安排在南投、员林等地搭建的临时窝棚中。
灾民被军队集中管理，口粮、药品、饮水等都是按时发放，一直到洪水逐渐散去，也没有发生大规模的疫情和骚乱。离家了2个多月的灾民在军队的帮助下，纷纷返回家乡，由当地临时成立的救灾点发放粮食和种子，并鼓励灾民向银行借贷无息贷款，以度过灾后最难的一段时间。
从灾害发生的6月份，到洪水退却灾民陆续返乡完毕的8月份，两个多月的时间里，军队、当地政府、义务救灾民众和政府各个部门的检查小组由各自为战到积极配合，不仅完成了救灾防疫的任务，还总结出很多经验和教训。
任何事情都有两面，当全台湾的军民都关注着救灾的成绩的时候，一份秘密报告就放到了刘芾的桌上。报告是由内务部提交的，报告内容就是在这次救灾活动中，出现的几个异常情况。牵涉其中的有军队部门的官兵、地方政府的工作人员和当地的几个地主，职位最高的是一个陆军团部的后勤官，他和地方政府及地主勾结，倒卖灾民的口粮，然后以次充好，再发放给灾民。其他的如趁机造谣诋毁政府的、聚集灾民哄抢救灾物资的也有几个，不过由于发现及时，损失不大。
刘芾早就料到了这个结果，所以并不意外，只要有人的地方，就有这些东西。至于怎么处理，刘芾倒是想了半天，最后决定，与其偷偷摸摸的处决，不如公开枪毙。虽然这些罪犯大部分是政府人员，公开以后对政府的名声有一些影响，但是谁能没错误啊，能及时纠正，正面意义就抵消了负面影响。
8月20日，在彰化县的救灾表功大会上，21名在救灾中有各种危害国家人民行为的人员，被公开宣判并当场处决，所有非法所得全部充公，其他涉案不严重的一部分被发送到矿山劳动改造，一部分接受教育，除去公职，自此，1898年的大水灾算是画上了一个完满的句号。
水灾虽然过去了，灾后重建也在进行中，但是由这个水灾引发的全台水利设施缺失问题，又摆上了刘芾的桌面。由于台湾的地形所致，平原大多在岛的四周，而岛中央是一条从南到北的大山脉，再加上台湾丰沛的降水量，每年夏季都有规模不同的水灾发生。
但是台湾的水利设施很落后，完善的水库一个没有，山中的栏坝也大多日久失修。为了从根本上预防以后再发生大规模的水害，刘芾又从中央和地方抽调了100多人，成立了台湾水利部。并计划在今后的几年中，在中央山脉的几条主要河溪上修建水库。
这次水灾和救灾规模虽然不算很大，但是新政府在关心民生和打击贪腐两个方面都有出色表现，这给刚刚换届的新政府和新总统本人都赢得了不少喝彩，台湾岛内对政府的质疑声也逐渐消失，在加上前一段和英法等国的谈判中并无卖国辱国举动，台湾新政府的声望进一步得到提高。