黑旗军，中国19世纪末的一支地方武装，以七星黑旗为战旗，因以得名。前期主要军事行动为抗击清朝统治。黑旗军原是太平天国革命期间，活动于中国广东、广西边境的一支农民起义军，首领刘永福，1851年，刘永福参加广西农民起义， 1865年率部加入以吴亚忠为首的天地会起义军。其军在归顺州(今靖西县内)安德北帝庙前举行祭旗仪式，以七星黑旗为军旗，故称黑旗军。黑旗军的基本成员是贫苦农民，多是归顺、龙州、上思、宁明和钦廉人。它初创时有200多人，起义失败后，“饷源己绝”为了“另觅生机” ，找个立足之地，众人决定不一。根据《刘永福历史草》的记载为同治乙丑，即1865年，刘永福从广西的波斗进入越南的安礼好、高平好， 再经左大州到六安州，接着又把势力发展到中越边境的保胜，并以保胜到河阳一带为根据地， 活动于越南北部。1867年清军的进攻迫使黑旗军进驻保胜（今越南老街）。后在抗击法国侵略越南（中法战争）的战争中多次取得胜利，将领刘永福曾被越南国王授予三宣副提督之职。协同老将冯子材的部队，创下了打死法军千余人的镇南关大捷，从而扭转了战争形势，迫使挑起战争的法国茹费理内阁倒台。刘永福返回清朝后被清廷下令解散。18世纪末，流亡在外的广南国王阮福映，得到法国传教士的协助，1789年，跟法国签订同盟条约，允许法军长驻交趾清朝地区（越南南部），并把土伦（岘港）割让给法国。法国承诺派遣一支军队，帮助阮福映复位。一七九四年，法国远征军攻陷首都顺化，西山党政权消灭。这时正逢法国大革命，无法消化它的胜利果实，而把军队撤回。阮福映继续北伐，灭掉安南王国，统一全境。19世纪初叶，阮福映请求清朝加封，清朝改封他为越南国王，他就是越南历史上著名的嘉隆王。1820年，阮福映逝世，他临死时，嘱咐他的儿子阮福晈说：“不可忘记法国的大恩，对法国要敬爱不衰，但千万不要把土地割给法国。”可是他的后裔对法国却采取敌视态度，法国传教士受到动辄被杀的迫害，法国的愤怒自在意料之中。延迟到1856年，法国才采取行动，海军少将鲁约里到顺化呈递国书，要求越南履行1789年跟嘉隆王阮福映签订的条约。越南**理也不理，原封退回。鲁约里就在土伦（砚港）登陆，摧毁越南炮台。越南**等法国舰队撤退后，把在越南传教的法国传教士，屠杀净光，作为报复。一八五九年，英法联军在中国大沽口挫败，但对越南并不放松。法国舰队再度光临越南，攻陷交趾的首府西贡（胡志明市）。越南只好屈膝，1862年，跟法国签订《西贡条约》，把交趾割给法国。法国**对于占领越南三分之一的国土，似乎已经满意，但法国商人却垂涎被称为“北圻”地区的越南北部，商人久辟酉在北圻首府，交趾古都东京（河内），发现一条可以通往清朝云南省的交通新道，就是红河。他利用这条河道贩卖军火到云南省，卖给正在作战的***教边民和清**的军队。但军火在越南却是违禁物品，越南官员无法阻止他，就要求驻在西贡的法国总督召回这位商人。1873年，法国总督派遣海军官员葛尔里前往调查，葛尔里率领两艘军舰到达东京（河内）后，竟被久辟酉说服，建议总督派兵并吞越南北部——北圻。越南官员对葛尔里痛恨入骨，就跟山区的黑旗军秘密联络，葛尔里遂在黑旗军一次狙击战中，中伏被杀。1885年刘永福率三千黑旗军由安南回国后，历任南澳、石褐总兵将近十载，备受压制，郁郁不得志。黑旗军经过濒年裁减，只剩下三四百名老兵，著名战将亦多离去，这支英雄劲旅被清朝**摧残殆尽。
1894年中日战争爆发，清军水陆大败，台湾孤危，清**把这支“异端”军队调赴危区。当年七月廿六日刘永福奉命渡台，他要求闽、粤总督准其回粤西、桂南招集旧部，重建黑旗军，受到婉言拒绝。他沉痛地说：“当此之时，既无粮钠，何能招军？言至于此，不禁痛哭！此皆福平日有统军之名，无统军之实。”刘永福尽管困难重重，万分悲愤，但他为了保卫祖国领土的完整，救台心切，立即就地补足四营人，续招两营，于八月一日成军，九月二日在汕头乘轮东渡。台湾巡抚邵友濂、蕃司唐景崧忌惮刘永福，奏调黑旗军驻防台南穷荒之地，他们则坐踞台北富庶之区。1895年初，邵友廉设法调回湖南，唐景崧升台湾巡抚，刘永福建议合力守卫台北冲要之地，唐管政务，刘管军事，受到唐景崧拒绝。在籍工部主事丘逢甲是粤东嘉应州人，刘永福的先世亦是嘉应州。他们主张相同，加上同乡之谊，关系甚笃，丘极力斡旋，仍不能阻止唐、刘分军，台湾抗战因而种下祸根。1895年4月，李鸿章赴日本签订《马关条约》，割弃台湾。台湾人民誓死不肯脱离祖国，于五月二十五日成立台湾民主国，挽留唐景崧、刘永福主持杭战。唐景崧接大总统印时，向北三跪九叩首，大哭而入。他电奏清廷说：“ 臣先行，民断不容，各官亦无一保全；只可臣暂留此，先令各官陆续内渡，臣当相机自处。”刘永福的态度和唐迥然不同：他在台南军次，接到唐景崧送来“台湾民主国” 大将军印，立即出布告激励军民共守危疆。他说：“ 自问年将六十，万死不辞” 。表示“ 抗不奉诏，“弃职而为” 。刘永福不但在宣言中慷慨激昂，而且行动上也做了认真准备。据《台湾战记》载：“刘永福守台南，尤民望所归。自安平至旗后各港，重重布置，百姓咸恃以无恐。”六月二日，清**派李经方到台北海面向日本台湾总督桦山资纪递交割台清单。三日，日军在基隆港外登陆，四天后即占领了台北首府。唐景崧私微服出走，溃军难民涌向新竹。新竹、苗栗一带团结性强，自动联防保乡。丘逢甲的部将吴汤兴、徐骧、徐绍祖率领义军，在三角涌歼灭日军樱井队六十余人和敌侦察队十九骑。双方相持月余，互有胜负，使日军占领新竹后不敢贸然南下，台中、台南军民赢得时间进行战斗准备。台北陷落后，台南绅民商议再立民主国，迎刘永福入驻府城，三次进呈大总统印，刘永福都坚拒了。他说：“ 区区此印，无能为力。” 号召人民出钱、出枪、出力，才是当务之急。沿海督抚张之洞、谭仲麟，边宝泉等相继函嘱刘水福坚守，答应源源接济饷械。刘永福内受台民热诚所感动，外恃祖国大陆的支援，便以帮办台湾军务的名义主持大局。六月间，台南数千军民集会，刘永福率十七名文官员登台歃血誓盟，盟书十七款，有关战守、财经、奖惩等事宜。在盟书里，反映了刘永福等将领的爱国爱民思想，守土抗敌的决心，民主团结的作风。军民公推刘永福为军统，台南总兵杨泅洪为分统，指挥台湾的军事。又选举七名委员组成议院，谘商政事和财务。台南抗战中心的建立，面临着一系列复杂问题。由于清廷传谕各官内渡，文武官员纷纷向刘永福缴印辞职，役吏开小差，军队缺员。刘永福本着去留自愿原则，擢选了一批忠勇之士担任黑旗军、新楚军、镇海军以及台中、台南义军的统领和管带。委任了一批自愿留台的文官，充任台中、台南两有八县的官员。经过整顿后，台湾军民团结在刘永福黑旗军的周围，安定了社会秩序，重振了人心。但严重的问题在于经济。由于台北财富之区丧失，藩库、军械局、兵工厂尽落敌手，台中、台南贫困，不足养战，饷械须仰赖于沿海官民的支援，但是清朝下令严禁，日舰拦截，只能少量暗济。刘永福想方设法就地筹晌，盘点库存银二十多万发行钞票廿五万元，发行邮票得数千元，动员凤山盐商捐军响得十一万元，总数约五六十万。当时台湾驻军、义勇近百营，每月需饷十七万两，加上政费、杂费开支，这笔钱仅可支持两三个月。八月，三国干涉还辽的问题结束，日本增兵两万到台湾。一面派兵舰骚扰台南各港，牵制黑旗军北援。主力则从新竹分三路南下台中进迫府城彰化。为了配合军事进攻，桦山致书刘永福，威迫他停战撤兵，日本负责用船“礼送还国。” 刘永福立即回书驳斥，指责日本无端侵略台湾，表示“余奉命驻防台湾，当与台湾共存亡。……台南一隅，虽属偏小，而余所部数十营，均系临阵敢死之士，兼有义民数万众，饮血枕戈，誓死前敌。” 劝告桦山“将台北地方全行退出。……否则余将亲督将士，克日进征。”这封信义正词严，表现了崇高的民族气节。刘永福回信后，知道一场恶战即将到来，他加强了台南沼海的防务，筑炮台，挖陷阱，装竹签，防敌登陆。月初，派遣四营黑旗军进援台中，连他的亲兵七星队和新装备起来的旱雷兵也源源派赴前线，稳定了台中地区纷乱的局面。黑旗军的前敌主将吴彭年，浙江人，流离广东，充刘永福文案，自请领兵救台中，他组织前线各军扼守彰化北面十里的大甲溪，和日寇隔溪大战，适有一队日本粮船开进溪来，黑旗战士冒着枪林弹雨，跳进河中俘获两艘敌船而回。八月二十三至二十八日，两军隔溪大战，黑旗军果不负众望，一上阵就锐气百倍，“日军多死伤，不能前，别军转由溪上下涉，七星队则望对岸战而北，五人为伍，以背相向，迥环放枪散成数十队，呼声大进。” 这支训练有素的精兵，表现出熟练的战术动作和勇敢精神，使得敌人惊愕，友军赞叹。这一仗日军伤亡惨重，被俘多人。大败奔入山内。吴彭年率兵追杀，封锁住山口，准备聚而歼之。刘永福接到捷报，拍案惊叫：“ 书生误事矣！” 他知道内山有小路通彰化城外的八卦山，中了敌人的奸计，立即电令全军退守八卦山，急派王德榜率军四营驰援彰化。果然，日军以汉奸引路，廿九日抄袭八卦山，排炮连翻施放，步兵满山遍野往上攻；守军死守不退，逐山肉搏争夺，主将吴彭年、吴汤兴阵亡，七星队全部殉国。彰化城内汉奸树起白旗，日军冲进城内，黑旗将士多在巷战中牺牲；义军首徐骤突围入高山族地区，重组队伍。黑旗军在彰化决战中精锐尽失，但却表现出败而不馁的顽强精神。八月三十一日杨洒洪到前线督师，兵不满五百，到嘉义后就夜袭大林甫，日寇全军溃奔，杨在追擒日酋时中弹身亡。刘永福来到嘉义，组织反攻彰化，以肖三发、王德标为主将，招编绿林简成功、叶义成、黄荣帮参加抗战，围歼他里雾日寇，收复云林县城，声势复振。日寇本想乘战胜之威形成破竹之势，遇到哀兵拼死再战，被迫收缩兵力，谴守彰化。这时刘永福推行联庄法，“ 一庄联十，十庄联百，由台南联至台中，由台中暗联至台北。侨至则协力攻侨，屡去则严查土匪。只待粮铜筹足，即约台北同时并举。”台湾抗战有了转机。但是财政状况继续恶化，八月间各军已无晌，仅发伙食，到九月连伙食也没有了。刘永福扫库得银八千两解济前线，途中被土匪劫去三千。刘永福派人向沿海督抚哭求援助，无一应者。他电质张之洞说：“谕福守两月，俄即出援，今两月有余，南中幸无恙，今仍未见，何以战守？” “乞为大局计，痛哭流血，乞设法救援，守走生死，望公一言为定。”张之洞回电说：“ 守台之举，出自阁下义勇，鄙人并未置词。至守台两月俄即来援之说，实系讹传，鄙人并未发此电。或去或留，仍请阁下自酌，鄙人不与闻。自协济晌械，屡奉谕旨严禁，万不敢违。”这位保台运动的策动者，为了自己的乌纱帽，翻脸食言了。刘永福仰天长叹:“ 内地诸公误我，我误台民。”此电一传开，市面上拒绝使用民主国的银票，台南经济崩溃。苍海横流，更显英雄本色。肖三发召集前线诸将商议，与其饿死，不如战死，舍命夺彰化以求活路。这支衣衫槛缕的饥军，肉搏攻城两天，前仆后继，黄荣帮倒下，林义成重伤。十月上旬，日本为了避免引起国际干涉，决心一举解决****，调集陆军五万，战舰三十多艘，实力与黄海海战相当，分水陆三路进攻台南。陆路从彰化南下，十月九日，台南门户嘉义陷落，肖三发阵亡，日近卫师团长能久亲王也被击毙。十日第二路日军在布袋咀登陆，十一日第三路日军在枋寮港登陆。日军进攻台南，遇到了黑旗军和当地居民的顽强抵抗。日寇惊呼：“东南西北，到处无不战斗” 、“可称为中日战争以来未曾有的勇兵。”但是敌我力量十分悬殊，战线节节瓦解。侵略者叫嚣说：“台南四面已成铁桶，不管刘永福如何强悍，插翼亦难飞了。”十九日台南城绝食，刘永福移驻安平炮台，仍亲自发炮击敌舰，但亲信们已为他安排了出走计划。二十晚城内乱起，刘永福急欲回城，部将们曰：“军心散矣，各路倭兵又大至，此城万不可守，请公去。” 公曰：“吾何以报朝廷，何以对台民！”仰天推胸，呼号恸哭。部将陈树南日：“天下多事，愿公留有用之身，切勿留连。”左右遂拥刘永福上艇，乘英轮爹利士号驶向厦门。日舰两次追来反复搜查，在船主掩护下，刘永福侥幸脱险。时人诗曰“孤城无援计终尽，拨队归来气亦雄。”刘永福出走时，黑旗军和台湾义军数千人还坚守在台南北面的曾丈溪一线，在日军的全线猛攻下，徐骥、柏正才、林义成血战阵亡，王德林、简精华突围而出，不知所终，全军玉碎。时人诗云：“难呜孤掌忿，风雨吊台南。”