刘明远按照后世的模式编制了陆军和海军，最重要的目的是清楚，同时也是想和这个时代的文官系统分离开来。
让文武各自有自己的系统，完全不相干，这也是刘明远心中的一种尝试，同时也是为了保证权力的稳定。
同时刘明远也开始实行军衔制，全部采用后世的军衔制，彻底将文官官阶系统区分开，完全没有了可比性。
刘明远制定最基层的士兵为列兵、然后就是士官，士官分为三级，有初级、中级、高级。之后是尉官，分为少尉、中尉、上尉。然后就是校官、分为少校、中校、上校、之后就是将官、分为少将、中将、上将，最后就是元帅。
刘明远准备在平定湖广之后，开始全面实行军衔制，心中初步估算也要等到龙凤五年的下半年，这期间他需要准备。
军中的指挥权一切都按照军衔决定，这也是刘明远最重要的一个改革，同时也是直接废除了将来可能出现的权贵问题，军队中只看军衔，不看职务。
同时在军队编制中，刘明远新增设了工兵和医务兵、炮兵、观察员等全新的编制，这也是刘明远根据战争形态的发展，组建的全新兵种。
其中工兵主要的任务就是爆破，这也是因为怀远军中随着黑火药的大量使用，需要一些专业的士兵来使用这些黑火药，于是工兵就产生了。
怀远军中的黑火药主要用处就是火器，还有就是炸开敌人的城墙，这些都是工兵和炮兵的事情。
医务兵则是战场救治，这也是刘明远大力发展的兵种，而且医务兵的重要性也得到了怀远军将士们的认可，在军中，医务兵是最可敬的人。
至于炮兵，则是将其专业化，配备上观察员，将专业的训练难度降低，一般的炮手只需要训练操作火炮就可以，因为有观察员给他们准确的方位和目标。
这些都是刘明远军事改革中的一个重点，将军队系统化，各兵种也要全面专业化，最重要的是区分开，这样可以便于指挥，而不是之前一拥而上的打法，各个兵种的职业化也将得到加强。
同时刘明远也制定了全新的服役法令，对之前的怀远军的服役进行了全面的梳理，此时刘明远治下有四千万人口，那么这也就是说兵源基本上不是问题。
此时随着怀远军征战了将近十年，尤其是在江南的这五年中，军队人数开始疯狂扩张，同时也要面临大量士兵转业的问题。
刘明远制定的服役法大部分沿用之前的法令，列兵服役五年，士官服役十年，至于尉官和校官，则是二十年，将官和元帅是终生制，直到六十岁之后可以制仕，也就是退休。
刘明远没有制定退休金政策，这也是因为现在还不成熟，他现在根本就不具备这样的条件，而且他还没有面临大规模退休的时代。
所以刘明远继续沿用这个时代的制仕方式，那就是等到这些人离开军队转业之后，将他们安置到地方担任职务，武将可以进入维持稳定的地方部分，这也是刘明远建立地方行政改革的一部分。
等到六十岁之后，这些人就可以全部退休了，然后他们会得到一份丰厚的制仕金，同时也将得到一份田地，作为安置。
同时刘明远强调家族生活方式，鼓励一个家族的人生活在一起，这样就可以很好地解决养老问题，儿女和子孙都在家中生活，老人就有人照顾。
而且这个时代和后世最大的不同就是医疗和教育的费用非常低，也是因为现在的医学治疗方式不同，主要是以草药治病，费用就相对低一些，至于教育，刘明远在基础教育上是实行全民免费制的。
至于大量的普通士兵转业，刘明远则是以安置地方为主，发放转业金，然后安置地方生产，或者进入工厂生产。
同时刘明远开始着手建立驿站系统，将物流和人员运输融为一体，这也需要大量的人员，也是安置转业军人的好地方。
对于军队改革，还有一个非常重要的部门，那就是枢密院，刘明远在枢密院中依然采用军衔制，也就是枢密院全部都是军人的地盘，没有文官，这是怀远军将士们最欢喜的地方，他们以后也不用担心被文官指挥了。
这也是刘明远将文官体系全面分离的象征，文官在地方任职，根本就管不到军队，也没有插手的权利。
刘明远又对枢密院进行了改革，枢密院是军队作战指挥的部门，责任重大，其中包含战略制定，情报收集、后勤粮草、铠甲兵器等。
于是刘明远将枢密院细化出了一些部门，参谋部、后勤物资部、装备部、兵部。
这四个部门也是职能不同，参谋部主要是制定战略方向和方针，战术制定和推延，管辖情报部门和军令传书部门，也是枢密院最重要的一个部门。
后勤物资部则是负责粮草钱粮的管理，也就是一个钱袋子，军队的所有财务都是在后勤物资部存放，运输等。
装备部则是管理陆海军的军事武器装备的生产，铠甲、刀枪、火炮、战船等等，全部都是装备部管理，怀远军治下的大量军工厂都是装备部管理。
兵部则是负责管理士兵的思想教育，军法，军籍档案，转业复原，新兵招募训练、文工团等等，下面主要的管理部门就是军事院校和新兵训练基地等。
刘明远同时规定，枢密院只有指挥作战的权利，但是没有调动军队的权利，一切指挥作战落实到调动军队上面，将必须要得到刘明远的批准，并且在军令上签字盖章。
同时枢密院直接对刘明远负责，这也是为了避免其他人搀和到军队中，而且枢密院和文官体系完全分离，这是前所未有的事情，历朝历代都没有这样做。
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此时怀远军无论是在编制上，还是全新的军衔，还有管理指挥上面，都和文官区分开了，直接避免了文人指挥军队的事情出现，这也是广大怀远军将士们的心愿。
同时刘明远也制定了非军事人员的管理和编制，其中主要涉及的就是文通团和一些文职人员，这些人是不授予军衔的。
毕竟怀远军是以军衔为准的，如果一个作战部队的上校遇上了一个文工团的少将，这该怎么办，到时候听谁的。
虽然可以做出区分，但是刘明远还是直接砍掉了这一块，军衔只授予作战部队，其中医务兵授予军衔，至于后勤保障人员，像文工团，建设工程人员，军工厂工人和技术人员，管理人员、文职人员都不授予军衔，按照另外一套管理办法执行，同时这些人也不会成长的太高，刘明远制定了一套类似文官的制度管理，但是他们还是要归属到枢密院管辖的。
同时刘明远本着精简的方法，避免后勤人员太多，大于作战人员的现象出现，规定作战部队中后勤人员不得超过战斗人员一成。
于是在一个一万两千人的师中，后勤人员在一千人左右，其中包括医务兵，运送粮草的杂兵，野炊做饭，运送伤员，文职人员、管理后勤物资等等，基本上可以满足需求了。
随后刘明远又制作了全新的军服，这也是一个非常重要的部分，之前的怀远军的军服只能用寒颤来形容，虽然比一般的义军好很多了，但是还是没有专门的军服和礼服，这也是刘明远为了增加军人荣誉感的一种重要方式，那就是军服。
这也是文武体系重要的区别之一，刘明远结合这个时代服饰的特点，同时也参考了后世军服的样式，制定了一套全新的军服。
之前怀远军也有军服，但是那只是便装，主要以黑色为主，然后外面穿上铠甲，虽然铠甲非常漂亮，但是里面的便服反倒是一般般。
刘明远设计的军服为两种，一种是陆军军服，一种是海军，陆军以黑色为主，海军以藏蓝色为主，都是暗色，也是凸显军队的气质。
两种军服款式都一样，只是颜色不同，在配上不同的装饰，样式刘明远采用了后世德军军服的样式，上身为翻领修身上衣，下身为宽松的长裤，然后配上皮靴、腰带。
帽子则是采用简单的直筒帽，一个圆形长筒带着帽檐的帽子，顶部是平的，主要是因为这个时代的男子都留有长发，所以不适合那种非常紧凑的帽子，这也是一款非常实用，而且也非常美观的军服。
帽子顶部都是平的，但是将军和士兵还是有区别的，将军的军帽除了单一的黑色和藏蓝色之外，还配上了红色，同时帽顶上面还有一个突出的红色缨穗，元帅为金色缨穗，这样显得更加有气质和威严。
陆军和海军最重要的区别就是军服的颜色，同时还有明显的标志，那就是胸口的一枚标签，铸造出来的一只雄鹰，展开着长长的双翼，雄鹰的身体中间是一个文字，海军是“海”字，陆军则是“陆”字，这也是一个重要的区别，同时也增加了军服的美观。
军服配有肩章，这也是军衔重要的标志，同时袖子上面也配有标志，这个就是部队番号的标志。
列兵和士官的军服都是单衣的黑色或者藏蓝色，等到尉官和校官的军服的翻领上面刺有领花，同时还带着红色的条文，将军和元帅的军服翻领是红色，上面刺有金龙的图案。
刘明远设计的这是一种常服，也可以作为训练服使用，或者在外面穿上铠甲，就可以参见战斗。
之前怀远军的服装全部改为训练服，没有被废弃，同时刘明远还增设了军大衣，还有加厚棉服，这些都是平时训练或者日常中军人穿着的服饰，至于战斗中，则是常服或者训练服外面穿戴铠甲，这些已经足够了，因为如果军人穿戴的太厚，对作战是有影响的。
刘明远的军事改革也是让身边的众人一阵惊骇，他们从来没有见过这样的军事制度，最重要的是将文官体制全部分开，保证了军队的独立性，既让文官没有插手军队的机会，也避免了武将做大的可能。