长崎的教民和非教民之间的矛盾已经很深了，正常来说随着传教士们的继续传教，那些非教民最后也会慢慢皈依，或者那些被排挤的非教民会离开长崎，这个矛盾也就慢慢解决了。
但是丰臣秀吉来了。
丰臣秀吉了围住了长崎，虽然长崎靠海有港口，丰臣秀吉无法切断长崎的补给。
但是民众只能撤进到了城中，而拥挤的城市也开始激化矛盾。
原本城市之中，教民的数量是大于非教民的，但是随着乡村的人撤退到城市中，非教民的人数开始大于教民。
而为了守卫长崎，大村纯忠又出台了一系列的守城政策，又提高了对非教民的税赋。
在这种情况，整个长崎城内的矛盾被彻底点燃了。
导火索是一户教民和非教民因为房屋开始争吵，双方为了争夺房屋之间的土地，教民在两户人家之间的土地上搭建了窝棚，用来出租给那些挤进了城市内的百姓。
而另一户非教民市民对于侵占他家土地的行为非常愤怒，于是将邻居告上了官府。
这个案件又被发回了地区教堂，地区教堂的牧师来看过了之后，立刻将这片土地判给了教民。
这名牧师还称赞侵占土地的教民，搭建窝棚是为了帮助其他人，是值得赞许的行为。
有了这个判决撑腰，那些教民都开始疯狂侵占非教民的土地。
争产本来就是非常严重的矛盾，教区牧师的这样处理方式更是增加了矛盾。
在这种情况下，失去土地的非教民家的冲动长子冲入了教民家中，将他们家人全部都揍了一顿。
这户教民又将揍人的凶手告上了官府，教区牧师看到这个案子之后，立刻判处了揍人的非教民死刑。
这下子算是彻底点燃了仇恨的火种，儿子被判了死刑，自家土地又被邻居占了，这户人家最后选择一把火将邻居家全部烧死。
而由于如今长崎非常的拥挤，大量违法搭建的窝棚和房屋将住宅都连接在一起，所以这把火迅速蔓延开，开始烧向了整个街区。
随着这把火一起点燃的，就是长崎城内教民和普通百姓之间的长期矛盾。
皈依后的歧视政策，地区主教和牧师的不公平对待，经济上的重负，看到着火之后，非教民们立刻冲进了教民家中抢劫。
紧接着，这些非教民冲进了教堂，开始抢夺教堂中的财宝，他们赫然发现，平日里道貌岸然的传教士们，竟然在教堂中建设了以供淫乐的密室！
愤怒被点燃，火焰燃烧了整个长崎，耶稣会向大村纯忠求援，但是大村纯忠此时已经自顾不暇了。
非教民的士兵们夺去了城门，他们打开了城门。
丰臣秀吉本来还有一些犹豫，他以为这是大村纯忠的陷阱。
但是看到冲天的火光，以及从长崎城内传来的消息，丰臣秀吉完全明白了，这不是对方的计谋，而是长崎城真的乱了。
丰臣秀吉果断命令军队进城，迅速控制了城门和炮台。
大村纯忠此时也知道大势已去了，他找到了耶稣会的传教士，请求他们带领自己离开长崎。 可是让大村纯忠没想到的是，这些传教士竟然直接绑了大村纯忠，然后将他献给了丰臣秀吉。
丰臣秀吉进城以后，立刻命令投降的军队和自己的军队参与到救火之中，不过因为长崎大量的木质房屋，整个火灾蔓延了半个城市，大量的市民流离失所。
丰臣秀吉忙着指挥灭火，镇压城内的乘火打劫行为，平定城市内的争端。
等到他疲惫的返回自己的军营，那些等待多日的耶稣会教士们，已经在门口恭敬的等着他了。
丰臣秀吉难掩心中的厌恶之情，但是对方毕竟是本次攻打长崎的“功臣”，所以丰臣秀吉还是让他们进了军营。
耶稣会修士首领阿济格对着丰臣秀吉恭敬的行礼，接着用流利的日语说道：
“尊敬的将军，我们只是西洋来的传教士，本无意于掺和贵国内部的争端。”
丰臣秀吉立刻打断他说道：
“如果是只是商人，就应该老老实实的经商，而不是在城市内建造教堂，随意传播信仰！”
“我曾经在中原的大都督麾下效力，当年大都督在澳门驱逐教士，捣毁教堂的时候，我还有些不理解，如今才知道大都督的英明之处！”
听说了丰臣秀吉还曾经在东南那位大都督麾下效力过，这些教士们立刻惶恐起来。
阿济格连忙说道：“我们耶稣会只是合法的宗教组织，我们保护的也是自己的信徒，并没有干涉政治的目的。”
丰臣秀吉已经弄清楚了长崎的矛盾，他厌恶的说道：
“你们这帮教士，内部道德沦丧，讲的都是一些蛊惑人心的道理。在基层建立教会，蛊惑教民随你们一起败坏，也难怪大都督要坚决清除你们。”
“织田家督崇尚佛法，厌恶伱们这些外来的和尚。”
阿济格露出绝望的表情，却听到丰臣秀吉说道：
“我决定仿效东南的政令，如果你们葡萄牙人想要留在长期，必须要遵守这些命令！”
听说了还能继续留在葡萄牙，诸多耶稣会的修士们又抬起头。
“首先，你们这些外国人只能在港口区活动，想要进入长崎市区，必须要等到许可，你们的商铺和教堂，也同样只能建造在港口区，城内的教堂全部捣毁！”
“无论是教徒还是非教徒的犯罪行为，都只能交给官府审理，教堂无权审判并且处罚任何人，而你们传教士的犯罪行为，也必须要由官府审理。”
说完这些，几个武士上前，将几个藏污纳垢的传教士押下去，阿济格等传教士脸色惨白。
“你们耶稣会无权征税！之前所收的什一税，必须在半年内退还！”
阿济格脸色惨白，但是丰臣秀吉根本不给他讨价还价的机会。
同样的事情，也发生在朝鲜的港口，有了苏泽提供的模板，这几招可以说是针对了这些西方传教士的命门。
占领长崎后，丰臣秀吉一边向织田信长报捷，一边派遣船队联络东南和朝鲜，请求通商！